脚本：福井晴敏、岡秀樹／絵コンテ：榎本明広／演出：加戸誉夫／作画監督：前田明寿、髙木弘樹 あのイスカンダルへの大航海から3年。コスモリバースシステムによって蘇った地球は、急速に復興を遂げようとしていた。 一方、人類とガミラスの混成艦隊が、謎多きガトランティスの前衛部隊と武力衝突を繰り広げる。 その渦中に、元宇宙戦艦ヤマト乗組員・古代進の姿があった──

脚本：福井晴敏、岡秀樹／絵コンテ：アミノテツロ／演出：上坪亮樹／作画監督：高見明男 最新鋭戦艦アンドロメダの観艦式が盛大に執り行われる。 新しく樹立された地球連邦政府は、軍備拡大路線を突き進んでいるのだった。 沖田艦長の命日に英雄の丘へと集う元ヤマト乗組員は、イスカンダルとの条約を反故にしてまで再軍備を進める地球の現状に、 激しい違和感を覚えていた。

脚本：福井晴敏、岡秀樹／絵コンテ：二瓶勇一／演出：川崎ゆたか／作画監督：前田明寿、齊藤格、髙木弘樹、千葉充 ガミラスのバレル大使からテレサのことを聞いた古代は、地球降下後、キーマンの案内によってさらに驚愕の事実を目にする。 それは〈コスモリバースシステム〉が生み出した負の遺産であった。 ３年という短期間に、奇跡の復興を達成させた正体とは……!?

脚本：福井晴敏、岡秀樹／絵コンテ・演出：加戸誉夫／作画監督：髙木弘樹、前田明寿、石原満 真田から艦長代理を任された古代は、旧乗組員の賛同を得てヤマト出撃の準備を進めていた。 その動きを察知した藤堂長官は、最後の説得を試みるも、 惑星テレザートへ向かうという古代たちの決意は変わらなかった。 一方、上層部はヤマトの出撃を阻止すべく、ドックに武装隊を派遣する。

脚本：福井晴敏、岡秀樹／絵コンテ：中村里美／演出：矢野孝典／作画監督：高見明男 地球を飛び立ったヤマトに、月面から山本らの航空隊が合流。 その中には、あのキーマンの姿もあった。 一方、ヤマトの出撃阻止に失敗した芹沢は、演習中だったアンドロメダにヤマト追撃を命じる。 避けられぬアンドロメダとの対決という難局を乗り切るため、ヤマトはある奇策を用いる。

脚本：福井晴敏、岡秀樹／絵コンテ：榎本明広／演出：星野真／作画監督：石原満、前田明寿、小林千鶴 中央を追われた土方竜や斉藤始ら空間騎兵隊が駐留する第十一番惑星に、ガトランティス先遣部隊の侵攻が開始された。 助けを求めて脱出した空間騎兵隊員・永倉は、からくもヤマトに収容される。 だがテレザートへと急ぐ古代たちは、彼らの救援に向かうか否か、苦渋の決断を迫られてしまう。

脚本：福井晴敏・岡 秀樹／絵コンテ：加戸誉夫・羽原信義／演出：小谷野竜成／作画監督：髙木弘樹 第十一番惑星の岩塊に埋もれながら、かろうじてヤマトは健在であった。 しかし頭上にはおびただしい数のガトランティス増援艦隊が到着。波動砲を封印したヤマトに、現状を打破する術はなかった。 はたして古代は自らの決断で封印を破り、指揮官としての覚悟を示すことができるのか……!?

脚本：福井晴敏、岡秀樹／絵コンテ・演出：加戸誉夫／作画監督：髙木弘樹、前田明寿、石原満 戦い終えて、犠牲を防げなかった自責の念で古代の心は沈む。 看護士としてヤマトに密航してきた婚約者・森雪との再会も、気持ちの整理ができず混乱するばかりだった。 様々な人の様々な思惑と陰謀を乗せて、ヤマトは一路、避難民をガミラス艦隊に託すため惑星シュトラバーゼへと向かう。

脚本：福井晴敏・岡 秀樹／絵コンテ：加戸誉夫・羽原信義／演出：伊藤 浩／総作画監督：前田明寿／作画監督:渡辺浩二 ガミラス艦隊と接触したヤマトは、そこで反乱軍一派の襲撃を受けてしまう。 一方その頃、遺跡に単身誘き出された古代は、ガトランティスの大帝ズォーダーと邂逅を果たしていた。 “愛”を巡る対話を繰り広げたすえ、ズォーダーは「おまえの愛を示せ」と、古代に恐るべき選択を迫る。

脚本：福井晴敏・岡 秀樹／絵コンテ：アミノテツロ／演出：川崎ゆたか／作画監督：高見明男 テレサの祈りに応じて故郷を発ったヤマトを見据えるように、針路の先にはガトランティスの主星とおぼしき白色彗星が待ち構えていた。 ズォーダーとの対決で精神的に疲弊した古代が外を見ると、宇宙に淡い光を放つホタルの群れが……!? 神秘的にヤマトを照らす宇宙ホタルの正体とは!?

脚本：福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：二瓶勇一／演出：孫承希／作画監督：高見明男・髙木弘樹・岡辰也 突如、瞬間物質移送機にて送り込まれた無数のミサイルがヤマトを包囲する。 それはガトランティスによって復活を遂げたデスラーによる、ヤマトとの再戦の口火であった。 その正体を知る暇もなく、ワープによって危機を脱したヤマト。しかし艦は次元の断層へと迷い込んでしまう。

脚本：福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：寺岡巌／演出：矢野孝典／作画監督：石原満・小林千鶴・前田明寿 先の戦闘で敵に位置が筒抜けだったことから、ヤマトにスパイがいるのではという疑念が広がっていた。 キーマンと透子の挙動を不審に感じていた山本玲は、透子にカマを掛けるのだが……。 その時、白色彗星が突如としてワープを敢行。あまりにも巨大な姿をヤマトの眼前に現し、荒れ狂う白色の渦の中に艦を呑み込もうとする。

福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：岩崎知子／演出：伊藤浩／総作画監督：高見明男・前田明寿／作画監督：島崎望 ヤマトと航空隊、空間騎兵隊の全戦力を以て、テレザート上陸作戦が開始される。 陽動のために波動砲の使用も織り込んだ作戦は順調に進むかに見えたが、ゴーランド艦隊の放った破滅ミサイルによって形勢は逆転。 これを打開するには、波動砲で敵艦隊を直撃するしかなかった。決断を迫られた古代は……。

福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：二瓶勇一／演出：小谷野竜成／作画監督：前田明寿・髙木弘樹・山岡信一 ザバイバル陸戦師団と斉藤率いる空間騎兵隊による攻防は熾烈を極めていた。ガミラスから奪った反射衛星砲で空間騎兵隊を迎え撃つザバイバル。 次々と仲間が倒れる中、斉藤はその中枢へと突入し、単身でザバイバルと対峙するのだった。 そして遂に古代たちの前にテレサがその姿を現し──。

脚本：福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：アミノテツロ／演出：大槻敦史／作画監督：髙木弘樹・石原満 あの地球とガミラスの戦いの真実、イスカンダルへの想い……デスラーのすべてを、テレサは見通していた。 テレザリアムに駆けつけたキーマンは、そんなデスラーを前についに自らの正体を明かす。その時、古代たちは──。

脚本：福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：実原登／演出：川崎ゆたか／作画監督：前田明寿・山根まさひろ 活性化した反波動格子により機能不全に陥るヤマト。テレザートを掌中に収めたデスラーの目的とはなにか？ 一方、キーマンは選択を迫られていた。あらかじめ定められた任務をやり遂げるべきか、それとも──。 逡巡するキーマンに、テレサは……。

脚本：福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：二瓶勇一／演出：いとがしんたろー／総作画監督：結城信輝・髙木弘樹・石原満／作画監督：名倉智史 ついにガトランティスの地球侵攻が開始された。 旗艦アンドロメダを中心とする波動砲艦隊と、バルゼー率いるガトランティスの大艦隊が、太陽圏で激突する。 地球の、宇宙の命運を決する戦いの行方は──!?

脚本：福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：麻宮騎亜／演出：小谷野竜成／作画監督：結城信輝 木星に匹敵する大きさを誇る白色彗星。いま、その内奥に眠る都市帝国が、ついにその全貌を現す。 そして再び突きつけられるズォーダーの“悪魔の選択”。 ラスト、かつてない衝撃がヤマトを襲う──。

脚本：福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：二瓶勇一／演出：飯村正之／総作画監督：前田明寿／作画監督：石原満・山根理宏 波動機関が停止したヤマトは重力圏に沈んでいった……。 からくも離艦できた真田たちは、波動実験艦銀河へと移乗。 そこで彼らは、惑星再生能力を失った［コスモリバースシステム］ですら戦線に投入し、 時間断層で艦隊の増強に明け暮れる、追い詰められた人類の現状を知るのだった。

脚本：福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：岩崎知子／演出：球野貴裕／総作画監督：前田明寿・結城信輝／作画監督：千葉充・常盤健太郎 総員退艦の際に頭部を負傷した雪は、４年分の記憶と共に古代への想い――その"愛"すら失って目覚めた。 満身創痍のヤマトが不時着したのは、かつてガトランティスを創り出したゼムリア人の故郷。 都市帝国に囚われた惑星の上で、ガトランティスとズォーダーの"愛"と"絶望"の歴史が語られる。