脚本：福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：二瓶勇一／演出：飯村正之／総作画監督：前田明寿／作画監督：石原満・山根理宏 波動機関が停止したヤマトは重力圏に沈んでいった……。 からくも離艦できた真田たちは、波動実験艦銀河へと移乗。 そこで彼らは、惑星再生能力を失った［コスモリバースシステム］ですら戦線に投入し、 時間断層で艦隊の増強に明け暮れる、追い詰められた人類の現状を知るのだった。

脚本：福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：岩崎知子／演出：球野貴裕／総作画監督：前田明寿・結城信輝／作画監督：千葉充・常盤健太郎 総員退艦の際に頭部を負傷した雪は、４年分の記憶と共に古代への想い――その"愛"すら失って目覚めた。 満身創痍のヤマトが不時着したのは、かつてガトランティスを創り出したゼムリア人の故郷。 都市帝国に囚われた惑星の上で、ガトランティスとズォーダーの"愛"と"絶望"の歴史が語られる。

脚本：福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：大倉雅彦・羽原信義／演出：小谷野竜成／総作画監督：前田明寿／作画監督：乘田拓茂 地球＝ガミラス連合艦隊の奮戦虚しく、都市帝国は火星絶対防衛圏を突破しようとしていた。 山南が重力圏に捕らわれたヤマトの存在を確信した一方で、ＡＩは人類存続の為の［Ｇ計画］を発令。銀河に戦線離脱を命じた。 艦長の藤堂早紀は、機械の命令とヤマト救出との間で選択を迫られる。

脚本：福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：平川哲生／演出：中原れい／作画監督：結城信輝 いまだヤマトには正体不明のスパイが潜んでいた。 空間騎兵隊が怪しまれるなか、疑惑を否定することができずに斉藤は苛立つ。 やがて決戦に向けて、緊急改装を行ったヤマトが発進した。その針路を塞ぐように現れる〈ノイ・デウスーラ〉。 何を想いデスラーは、ヤマトと相対するのか……。