翔子は流星学園中等部に通う中学生。仲良しだった姉・響子は、5年前に海外留学してから一切の連絡を絶っていた。そんなある日、得体のしれない何者かが突然翔子を襲う。襲ってきたのは、かつて女神アテナが封じ込めた邪神エリスの手下・邪精霊（ドリアード）たちだった。翔子、そして銀河戦争を目前に控えた城戸沙織が出会った時、運命の歯車が動き出す…！

「邪神の器」である自分の身代わりに、響子が邪精霊に連れ去られたことにショックを隠せない翔子。アテナの侍女で身辺を警護する「女子」のまま聖闘士となることを許された「特別な存在」を知った翔子は、自身が強くなり姉を救いたいという思いから、その「聖闘少女」になることを決意。沙織は白銀聖闘士パーヴォのマユラに翔子の修行を託すが…。　 一方、聖域のミロとアイオリアは、邪神エリスの不穏な動きを感じていた。 脚本：高橋郁子 絵コンテ：森本育郎 演出：浅見松雄

邪神エリスの配下である邪精霊、マリス（悪意）のエモニ、マーダー（殺戮）のフォノスが、アテナの首を取りエリスに捧げようと沙織を急襲。「出来損ないの神様」と沙織を罵倒するエモニに、美衣は立ち向かう。マユラとの修行で燃え上がる翔子の小宇宙。聖衣箱の異変からアテナの危機を察知した翔子は、果たして、沙織を救うことはできるのか…！？ 脚本：山口亮太 絵コンテ：玉川真人、杉村苑美 演出：玉川真人

逃げ去るフォノスを追い、エリスの神殿に乗り込むことに成功した翔子。姉・響子を救うため神殿を捜索するなか、アテに衝撃の事実を告げられる。愕然とした翔子の隙をつき激しい攻撃が降りかかったその時、黄金の閃光が翔子を包みこむ――！　 翔子に加勢する為、エリス神殿へと向かった美衣、そして沙織も合流するが、そこで少女たちが目の当たりにしたのは、変わり果てた響子の姿だった。 〔脚本：高橋郁子／絵コンテ・演出：玉川真人〕