次元高校に通う白山純平は、とある石を拾う。緑ヶ丘流星、黄川田剛、水上ゆりおらと、教師・桃谷総司が行う補習を受けていると、その石が突然しゃべり始めた！「破壊の魔神を退治してくれ！」スプーディオ22世と名乗るその石の力でアニメの世界に引き込まれる5人。出現したスフィンクスに謎解きを強いられることに。

ワイルドな黄川田と、おとなしくて身体の弱い水上は、なぜかいつも一緒で仲がいい。だが最近、黄川田は水上の思いつめた表情が気になって仕方がない。そこで黄川田は、白山に理由を探ってくれと頼むことに。そんな中、再び教室にスプーディオ22世がやってきて・・・

消えた黄川田を取り戻すにはスフィンクスを倒すしかない。教師・桃谷のアドバイスを受け、水上は謎解き特訓を開始する。自信を付けた水上は、スプーディオに前回と同じ次元に連れて行ってくれと頼む。そして、スフィンクスとの真っ向勝負に挑んだが、出されたのは超難問だった！

白山と緑ヶ丘は、幼い頃は仲が良かったが、中学時代にあることがきっかけで仲たがいしてしまう。プライドが高い緑ヶ丘は、それを今もひきずり、白山に冷たい態度をとり続けていた。ある日白山は、緑ヶ丘がアロマティカスを欲しがっていると知る。これをきっかけに仲直りしようと鉢植えを準備して渡そうとするが…

プライドを無くした緑ヶ丘は、人が変わってしまったかのようにハイテンションで痛々しい言動を繰り返すようになってしまった。見かねた白山は、緑ヶ丘のプライドを取り戻すため、水上と黄川田の反対を押し切って一人で異次元の教室に乗り込み、スフィンクスを倒すと決心する。

白山と緑ヶ丘は体育館に呼び出される。待っていた黄川田は「お前らを仲良くさせてやる！」とバスケ対決を申し出る。桃谷先生の生写真がご褒美と聞いて緑ヶ丘もやる気になり3人でバスケをしていると、突然スプーディオ22世が現れ、３人を異次元教室に飛ばした。だが、何かいつもと違う！アドリブ芝居を含む番外編。

桃谷は異次元での不思議な体験と、消えたお金を取り戻す方法について再び考えていた。そして、白山に話しかける。「スフィンクスの脅威を見過ごしていいのか？」と。白山は、もう二度と異次元に行くことはないと安心していたが、再びスフィンクスと対決することになる。そこで桃谷がしたこととは！？

白山たちは桃谷の過去を調べ、高校時代、大出紫郎という親友がいたが、大出は事故で亡くなったことを知る。そして桃谷はその原因が自分にあると感じているのではないか？と考えた。だからスフィンクスに親友に会わせろと頼んだ？白山は何か疑問に思い始める。

異次元の教室では、黒いスフィンクスとの対決が続いていた。 相手は老獪で恐ろしいほどの強敵だ。 次々と出される謎問題に敗れ、白山たちはすでに二人が食われていた。 そしてまた一人が食われ、残ったのは一人だけ。 スプーディオは焦って叫ぶ。「このままでは3次元世界が終わってしまうぞ！」

黒いスフィンクスとの対決を終え、元の世界に戻った白山たち。食われたメンバーはそれぞれ一番大切なものを失う中、 白山だけは、自分が何を失ったのか分からずにいた。 水上たちは白山を元気づけようと「励ます会」を開催するが、途中でスプーディオ22世がやってきて異次元へと飛ばされてしまう。

異次元の教室では、白山の提案によって特別ルールで始まった謎解き対決が続いていた。 相手は想像を超える強さで、ついに問題は10問目を迎えていた。 そんな中、スプーディオ22世は白山にある事実を打ち明ける。すべての謎が解き明かされる最終章！？

西暦2029年、白山たちは平和な日々を送っていたが、ある時恐ろしい噂を知る。 廃校直前の次元高校にしゃべる石が出没するというのだ。 白山たちは真相を突き止めるべく、夜の学校にやってくる。アドリブ芝居を含む番外編。