脚本：福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：二瓶勇一／演出：常盤健太郎／総作画監督：前田明寿／作画監督：石原満・山根理宏・山岡信一 ズォーダーの傀儡たるミルが、キーマンに突きつけた「悪魔の選択」。 しかし古代はその選択を拒絶し、逆にガトランティスへの投降を申し出る。 戦いを終わらせる為に、引き金を引かない。それが古代の選択だった。 その答えに激高して、銃を放つミル。刹那、銃弾は雪の身体を貫いて──。

脚本：福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：岩崎知子／演出：中原れい／総作画監督：前田明寿・結城信輝／作画監督：乘田拓茂・千葉充 彗星都市帝国に放たれるトランジット波動砲。地球を背にヤマトは最後の決戦を挑む。 大いなる和の縁──ガミラス艦隊、そして桂木透子の協力を得て、都市帝国内部へと侵入を果たすヤマト。 目指すは大帝玉座の間。多くの血が流れ、多くの犠牲を払い、古代はズォーダーの元へと辿り着く。

脚本：福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：麻宮騎亜／演出：小谷野竜成／総作画監督：前田明寿／作画監督：石原満・山根理宏・那花優統 ズォーダーの意志で［滅びの方舟］は目覚めた。 都市帝国の残骸を喰らい、真の姿へと変貌を遂げる［滅びの方舟］。 地球を覆わんばかりの超巨大な姿となった［滅びの方舟］に対峙する、満身創痍のヤマト。 もはやヤマトに戦う力は残されていない。艦長として古代は、最後の決断を下す。

脚本：福井晴敏・岡秀樹／絵コンテ：アミノテツロ／演出：羽原信義／作画監督：結城信輝 生き残った者たちが、真新しい慰霊碑の並ぶ英雄の丘に集う。時は西暦2203年。 あのガトランティスとの戦いから半年── 平和が戻ったかに見えた地球だが、本当の「試練」はこれから始まろうとしていた……。