ウルトラマンが役目を終えてから十数年後、早田進は地球に迫る新たな危機を知る。そして彼の息子、進次郎は、超人的な力の兆しを見せ始めていた。

プロトスーツに身を包んだ早田は、進次郎を襲うベムラーに立ち向かうが、窮地に追い込まれてしまう。父を救うべく、進次郎は大きな決断をする。

ベムラーの後を追うように、地球では異星人達が暗躍を始めていた。それを知らされた進次郎は、科学特捜隊のエドからウルトラマンになるよう頼まれる。

闇に隠れて人間を襲う、恐ろしい異星人を抹殺する任務に就いた進次郎。だが、異星人は市街地へと逃走し、多くの人々が戦闘に巻き込まれてしまう。

奇怪な殺人事件が多発し、科特隊は異星人による犯行だと断定。諸星は、異星人達が暮らす隠された街を訪れ、事件の手掛かりを求めて情報屋に接触する。

進次郎は凶悪な異星人の抹殺にためらいを抱き、その様子に諸星は憤りを隠せない。早田は、ウルトラマンとして戦うことの意味を、悩める息子と語り合う。

街で暴れる大型の異星人から人々を守るため、ついに進次郎は迷いを捨て、潜在能力を開花させる。大切なライブに臨む佐山レナに、危険が迫っていた。

レナのライブ会場にアダドと名乗る異星人が現れ、ウルトラマンと戦闘を開始。その最中、突如としてベムラーが現れ、事態はさらなる混乱に陥ってゆく。

ウルトラマンの正体を知る下級生に出会い、動揺する進次郎。戦闘中に追い詰められた彼を助けに現れたのは、世間で話題の第3のウルトラマンだった。

北斗は、自分を科特隊で雇ってほしいと直訴。動機を聞かれた北斗は、異星人が姿を隠すことなく地球で暮らせる日を実現させるために戦いたいと語る。

北斗は、ウルトラマンの力の扱い方を巡って進次郎と激しく火花を散らし、さらには諸星にも戦いを挑む。レナは、ウルトラマンへの思いを進次郎に託す。

12年前の航空機爆破事故の実行犯を追う北斗。危険の中に飛び込んでいった北斗を救うべく、諸星と進次郎、そして科特隊の部隊は現場へと急ぐのだが…。

ボロボロになりながらも、エースキラー率いる部隊に立ち向かう進次郎、諸星、北斗。絶望的な状況に追い詰められたその時、ついに進次郎が覚醒する!