突如として不思議な力を発現した星矢。彼の前に現れた謎の男、城戸光政は、星矢が希望の闘士、聖闘士(セイント)として悪と戦う運命だと告げる。

修行を経てペガサスの聖衣(クロス)を手にする星矢。アテナを守る真の聖闘士となるため、星矢は銀河戦争(ギャラクシアンウォーズ)への参加を迫られる。

キグナス氷河は聖域(サンクチュアリ)の予言を信じ、城戸沙織を亡き者にしようとする。星矢は、最大のライバルであるドラゴン紫龍との戦いに挑む。

戦いを好まないアンドロメダ瞬はユニコーン邪武に対し、星雲鎖(ネビュラチェーン)で防御を固める。野望に燃えるグラードは、部隊を出動させる。

フェニックス一輝から黄金聖衣(ゴールドクロス)を取り戻そうとする星矢。だが、グラードが生み出した暗黒聖闘士(ブラックセイント)が、行く手を阻む。

一輝の強大な力は、強い憎しみによって築き上げられたものだった。青銅聖闘士たちが力を合わせなくては、一輝から黄金聖衣を奪還することはできない。