Z/X Code reunion

5つの異世界との門が開き、ゼクスと呼ばれるモノたちが世界に現れて数年。当初は争っていた人類やゼクスたちは休戦条約を結び、その関係に変化を見せ始めていた。 そんな中、不治の病に侵されていた少女・各務原あづみは異世界のひとつ ｢青の世界｣ から、病の治療の代償にリゲルと呼ばれるゼクスとともにとある学園への入学を命じられる。 あづみとリゲル、出会ったばかりでぎこちないふたりは駅で天ノ川衣奈と出会う。彼女もまた学園に入学する生徒のひとりだった。 そして入学当日、学園は新たなる脅威に直面する。