5つの異世界との門が開き、ゼクスと呼ばれるモノたちが世界に現れて数年。当初は争っていた人類やゼクスたちは休戦条約を結び、その関係に変化を見せ始めていた。 そんな中、不治の病に侵されていた少女・各務原あづみは異世界のひとつ ｢青の世界｣ から、病の治療の代償にリゲルと呼ばれるゼクスとともにとある学園への入学を命じられる。 あづみとリゲル、出会ったばかりでぎこちないふたりは駅で天ノ川衣奈と出会う。彼女もまた学園に入学する生徒のひとりだった。 そして入学当日、学園は新たなる脅威に直面する。

新たなる脅威に晒され破壊される学園、逃げ惑う生徒たち。 あづみとリゲルは見知らぬ施設へ逃げ込んだ。偶然訪れたその場所こそ、新たなる脅威と戦うために造られた「ドライブシャフト」と呼ばれる施設。 学園長カール・ワイバーンの指示に従い、あづみとリゲルは脅威と戦うために出撃する！ 同じように施設に避難してきた生徒、東雲纏、鬼神野シュリ、月形由仁、そして天ノ川衣奈とともに――

脅威の名は異存在「イネルマ」と名付けられた。そして、富士御崎学園は異存在の襲来を予期した「評議会」が、彼らに対抗するため創設したものであると明かされる。 学園に残った30人の新入生で６つのチームが編成されることとなり、あづみは一緒に戦った面々と同じチームに配属された。しかし、思うように連携が取れず、あらかじめ提示された最低ランクよりさらに格下である「Ｅ」の評価を下されてしまう……。 失意の中、宿舎に向かった彼女たちを待っていたのは、イラと名乗る教師だった。

ランクＥチーム、通称「Ｅ組」を強化するべく、イラの容赦ない指導が始まった。特訓の一環で、あづみとリゲルは鬼神野流剣術の達人であるシュリと模擬戦を行う。 リゲルは戦闘に怯えるあづみのために一瞬で決着をつけようとするが、シュリの超絶剣技に思わぬ苦戦を強いられてしまう。“守らなければ”と焦るリゲルは、本来のパフォーマンスを発揮できずにいた。

熱血教師イラの指導により徐々に力をつけてきたあづみたちＥ組を待っていたのは、他チームとの対抗戦だった。初戦の相手は石動北斗率いるランクＤチーム。 実力差は大きくないはずであったが、過去のトラウマを刺激された纏が暴走してしまう。限界を超えた力で、敵味方構わず無差別に攻撃を繰り出した結果は――ひとり落ち込む纏に、衣奈がそっと寄り添うのだった。