小智遇见皮卡丘之前，只是个爱赖床的孩子。另一方面，独自住在野外的皮丘融入某个家庭之中。

枯叶市开了一间新的宝可梦研究所，小智和皮卡丘受邀参加开幕典礼。他们在那里听说某个传奇宝可梦可能会现身。

小智与皮卡丘和超迷宝可梦的新朋友小豪动身出发，以樱木研究所宝可梦研究员的身分，展开第一项任务。

小智和小豪前往伽勒尔地区，调查巨型宝可梦出没的谣言。两人抵达后，随即碰上一只调皮捣蛋的陌生宝可梦。

小智和小豪一路寻找，来到伽勒尔地区的旷野地带。与此同时，先前遇到的调皮宝可梦也紧跟在他们后头。

小豪成功收服他的第一只宝可梦后，决心收服更多，但可不是每只宝可梦都心甘情愿被收服。

小智和小豪进入丰缘地区的对战开拓区玻璃哨杯。小豪展开生平第一场训练家对战，自己一人努力抵挡一名劲敌的攻势。

小智和小豪在枯叶市港口遇到一只疲惫不堪的波加曼，为了将它还给训练家，两人出发前往神奥地区。

小豪得知有人目击传说宝可梦「凤王」出现在城都地区，但这事太梦幻了，令人难以置信。

小智和小豪听闻一座有快龙出没的岛，便准备要扬帆启程前往，但他们得先抓到一只能带他们去快龙岛的宝可梦才行。

小豪和小智欣赏他们最近在樱木公园收服的宝可梦。同时，樱木研究所不断发生古怪神秘的事件。

小智和小豪得到宝可梦世界锦标赛决赛的门票。这场比赛将判定谁是全世界最强的宝可梦训练家。

宝可梦世界锦标赛进行时，一只超极巨化暴噬龟在竞技场大闹，小智不得不派出皮卡丘对战。

小智和小豪来到合众地区，发现一处神秘遗迹。他们相信会在这发现新的宝可梦，于是开始仔细搜寻。

小豪久违地回家，还带着炎兔儿，不过他抵达时，只有外婆等着迎接他。

樱木博士实验室耿鬼再度出现，而且对小智超有兴趣，害他稀松平常的每日琐事都变成一场梦魇。

炎兔兒努力學習使出火花，但小豪堅持說這沒必要。他的好意勸說沒用，反而讓炎兔兒的決心更強。

为了提升排名，小智加入宝可梦世界锦标赛，并在训练道馆赢得第一个徽章。

百变怪从片场逃跑后落入火箭队的手里，他们企图用它的变形能力执行完美计画。

小智、小豪和樱木博士在一场宝可梦定向友谊赛中互相较劲，看谁能找到最多宝可梦。