王道遊我(おうどうゆうが)は「ロード」と呼ぶ自分の発明でキュークツなデュエルの世界を変えたいと考えていた。 ある日、「デュエルの王」を目指す隣のクラスのルークからある伝説を聞く。 ルークと共にたどり着いた先には謎の石碑(せきひ)があり、そこにはホログラムの男が待ち受けていた。遊我が「デュエルの王」として認められるためには、制限時間内に勝利して新しいルールをインストールしなければならない！ 「僕の考えたロード、“ラッシュデュエル”ならできる！」

ホログラムの男を打ち破り、ラッシュデュエルをインストールした遊我たち。 デュエルを管理するゴーハ社に秘密にしようとするルークと「みんなで楽しくデュエルがしたいだけ」とオープンな姿勢の遊我が対立する。２人がラッシュデュエルで対決することに！

広がったラッシュデュエルにゴーハ社からの削除の手が伸び始めるが、遊我たちに直接接触してくる様子はない。 泳がされている、と感じたルークたちは、あやしい動きをするロミンを調べ始める。 遊我がロミンの気を引くようにラッシュデュエルをすすめるが…。

ゴーハ７小生徒会長、蒼月学人(そうげつがくと)は自分のふるまいに悩んでいた。ラッシュデュエルを認めるか否か。 そんな朝、毎日の日課であるカード占いで引いたカードは自分のエースモンスター「魔将ヤメルーラ」だった。ヤメルーラを見てガクトは何かをひらめく。

遊我たちのもとへ学校の新聞部が取材にやってきた！紙に印刷された新聞なら、ネットを監視するゴーハの目にとまらずルールを広められる!? しかし、新聞部の目的はラッシュデュエルを“底の浅いルール”と決めつけることだった！ラッシュデュエルを悪く言われたルークは怒りにふるえ、立ち上がる！

７小新聞のおかげで、ラッシュデュエルが街に広まり始めた。 　記事の中で、行きつけの食堂が閉店することを知った遊我たちは、閉店前に名物のラーメンを食べようと向かう。 　店主が作るラストラーメンをめぐり、グルメデュエリスト麺三郎と前代未聞（ぜんだいみもん）のラーメンデュエル？の幕が開く！

ラッシュデュエルを消すことに苦戦していたゴーハ社が注目したのは、遊我が持っている“秘密のノート”だった。 そしてゴーハ社６人の幹部である“トップ・オブ・ヘキサゴン”の１人が転校生として７小へ送り込まれてきた。 遊我たちは大人たちの手からラッシュデュエルを守れるのか？

ものすごーく暑い日差しの中、遊我たちが飲み物を買おうと自動販売機へ向かうと、巨大な影が立ちふさがった。 なぜかルークに恨みを持っていて“世紀末決闘王”を名乗るヨシオが、ルークにラッシュデュエルを挑んでくる！ 強大な力の源(みなもと)はスパゲティナポリタンにあった!?ルークは一体どう戦うのか？

ゴーハ市に“ゴッシー”という恐竜が出現した、という噂が聞こえてきた。恐竜に男のロマンを感じると意気投合した遊我とルークの２人は、さっそく市内を探索開始！ 　すると、ゴッシーの正体を“ラッシュデュエル恐竜”であると考えるゴーハ２小の伯佛(はくぶつ)カンたちに出会う。 　ルークの案内で彼らと市内をめぐる遊我たちは、カンたちのゴッシー探しには興味以外に別の目的があることに気づいて…。

ラッシュデュエルをかけた３対３の闘い。初戦はルークが勝ち、このまま勝利をつかもうとガクトが新・蒼月流で戦いに臨む。だがそこに対戦相手として現れたのは、まさかの人物だった！

ラッシュデュエルをかけた３対３の闘い。 初戦はルークが勝ち、このまま勝利をつかもうとガクトが新・蒼月流で戦いに臨む。 だがそこに対戦相手として現れたのは、まさかの人物だった！

２戦目を落としてしまった遊我たち。ラッシュデュエルの所有権がかかった最終対決で、遊我とロアがデュエルをスタートさせる。 デュエルが進む中、遊我しか使っていないセブンスロード・マジシャンが不正カードである可能性が！ なんと遊我がセブンスロードを引いた時点で敗北するという絶体絶命のピンチに…。

ついにセブンスロード・マジシャンを引いてしまった遊我。不正により敗北かと思われたとき、地中からオーティスが現れる！ 遊我がセブンスロードを手にしたきっかけ、そしてオーティスの正体も明らかになる!?

ロアロミンとのチームデュエルに勝利した遊我たち。しかし、ルークはロミンに「裏切りスパイ工作員と話す口などない！」と言って、そっぽを向く。 ションボリとさみしそうなロミンに対して、遊我たちが考えた仲直り作戦は心のこもった手料理!? 料理は爆発だっ！

また“イセキ”が現れた!!というカイゾーに遊我たちが案内されたのは、船が校舎のゴーハ水産小学校だった！ そして遊我たちが乗り込んだこの船は、なんと１カ月間は海の上だという。 さらに遊我は、カイゾーをめぐる誤解から、船長にして漁師デュエリスト・間黒七海(まぐろななみ)との海中デュエルに突入する！

逃げた偽カイゾーを追いかけ、遊我たちがたどり着いたのは、あのＡＩレストラン！ 目的を忘れて食べまくったルークのおかげで、皿洗いをする羽目に。 そこで出会ったゴーハ３小“洗い物クラブ主将”洗井新太(あらいあらた)の罠に、ロミンがはめられてしまう。 洗井とのラッシュデュエルに敗れると、ロミンはタダ働きの皿洗いをし続けなければならない…。

ゴーハデュエルのすべてを管理し、謎の言葉“セツリ”を口にする少年、西園寺(さいおんじ)ネイル。カイゾーのデータを奪ったのはネイルだった！ 　カイゾーのオリジナルデータを取り戻すためには、遊我たちのデュエル・アカウントをかけ、ネイルたちを倒さなければならない！ 最初の相手は、…猫でも人間でもあるかもしれない!?

ネイルとの闘い２人目の相手は、なんとロアロミンのメンバー、平(たいら)ゲッタだ！ゲッタは、ロアへの不満を爆発させ、バンドを飛び出したという。 そこへ、「ゲッタとデュエルをする約束をしていた」というロアが姿を現し、ゲッタとの因縁(いんねん)のデュエルに…。 ぶつかり合うシャウトとビート！ 二人の友情？の行きつく先は…。

突然、ロード研究所の前にマッサージチェアが出現！ 遊我たちが、もみごごちを楽しんでいると、地下へ送りこまれてしまう。 そして、闇の中から現れたのは、自らを「ネイル様の執事、兼玉座(ぎょくざ)」と語る、マッサージチェア型ドローンのセバスチャンだった！ 遊我と“椅子の王”、デュエル開始！

遊我たちと一緒に、地下に来てしまったヨシオ。 自分の夢について悩んでいたヨシオは、デュエルの中で夢を見つけるため、ネイルの刺客とのデュエルに志願する。だが、その刺客の正体はゴーハ幹部のミミだった！ ヨシオは相手が母とは知らず決闘に挑み、ミミはヨシオのために闘う！バブルvs世紀末、ここに完全決着!?