五年生に進級したジョーのクラスに、なんとキラとキャップが転入してくる。そしてもう一人、メガネと名乗る謎の転入生がいた。ある日、ジョーはメガネに呼び出され…。

アバクの宣言によって幕を開けた『キング・オブ・デュエマッチ』。魂ポイントを奪い合って世界中のデュエリストが熱戦を繰り広げることになる。さっそくジョーも対戦相手を探すのだが…。

『キング・オブ・デュエマッチ』の記念すべき初戦の対戦カードはアバク対キラ！保有するすべての魂ポイントを賭け、両者の切札がぶつかり合う。果たして勝利はどちらの手に！？

ジョーのクラスに、なんとボルツまで転入してきた。ボルツは今、ラーメン屋の親父の所に居候しているらしい。そんな中、街では魂ポイントを狙った詐欺事件が起きていた。

ジョーの住む街で、人々がチェーンソーを持った男に襲われる事件が起きた。おもいがけずチェーンソー男に遭遇したジョーは、デュエマで退治しようとする。

大会の次なるステージを目指して魂ポイントを貯めるデュエリスト達。ところがジョーは手っ取り早く魂ポイントを集めようと考え、新たなジョーカーズ「ツルーマン将軍」を生み出す。

授業で風景画の写生に出かけたジョー達のクラス。そこへ突然、火文明にあるはずのドラゴンの卵が飛んでくる。ジョーとボルツは、どこかに落ちた卵を必死に探すが…。

キングマスターカードが欲しいキャップ。入手条件はなんと強さを示せというキングマスターカード直々のクエストだった。さらに、キングマスターカードの持主候補としてもう一人、下級生で極度のアガリ症の安賀里が選ばれるのだった。 果たしてキングマスターカードはどちらの手に！？

アバクに敗れたキラはパワーアップの為にキングマスターカードを手に入れるべく、ありとあらゆる勝負を挑む事になった。格闘技やスポーツなど100勝を目指すキラの激しい戦いが幕を開ける！！

パワーアップの為、ジョーは新たなジョーカーズ「スイート」を生み出した。 しかし、触れたものをキャンディーにできる力を持ったスイートをジョーは怒らせてしまうのだった。怒り狂うスイートは町中をキャンディーで固めていってしまう・・・

ジョーからヒドい扱いをされたモモダチの三匹は、ジョー家を飛び出してラーメン屋を営む事を計画するも、ラーメン屋開店には莫大なお金が必要だった。そんな中、モンキッドがワル知恵をひらめくのだった・・・

何者かに攫われたももちゃんを探すジョー達は、街に散らばった紙飛行機からももちゃんのメッセージを見つけるのだった。紙飛行機の飛んできた方角を探ると謎のテーマパーク『MOMOタウン』を発見するのだった・・・

『MOMOタウン』のお城にとらわれたももちゃんを救出すべく乗り込んだジョー達は、様々なアトラクションをクリアしついに最後の敵である大魔王にたどり着く。そこで待ち受ける大魔王の正体とは・・・

大魔王の驚くべき正体を知ったジョーは、デュエマ対決に挑む。その一方でももちゃん救出に向かうキラ、ボルツ、キャップ。果たしてジョー達はももちゃんを助けることができるのか？！

見事ももちゃんを救出したジョー達は、『キング・オブ・デュエマッチ』の戦いに熱中する。そんな中、自然文明へ戻る時が近づくももちゃんが初めてのデュエマに挑戦！ももちゃんのデュエマデビューの行方はいかに！？

夏休みが始まったジョー達は、今まで一度も行ったことがない場所へ行く計画を立てる。地図で見つけた人里離れた一軒家に興味を持ち、早速向かうことにした一行だが、村人にその家について尋ねると何やら不穏な雰囲気で・・・

新学期を迎えたジョー達は、『キング・オブ・デュエマッチ』1次予選の終了日を迎えようとしていた。魂ポイントを1000ポイント以上獲得したデュエリストは予選通過となるが、たくさんの戦いを勝ち抜いたはずのジョーは1000ポイントに届いていない。ジョーに何があったのか？！

デュエルマスターズキングの座をかけた『キング・オブ・デュエマッチ』の2次予選がいよいよ開幕！世界中の強豪が河越に集まる中、謎の黒いカードを使って勝ち続ける正体不明のデュエリストの噂が立ち・・・？！

『キング・オブ・デュエマッチ』2次予選参加者の祝賀パーティーで盛り上がる参加者たち。そこに突如現れた謎の黒いカードを持つデュエリスト！「…お前、黒に沈めてやる…」そう呟く彼は、一体何者なのか？！

遂に『キング・オブ・デュエマッチ』の2次予選が幕を開ける。第一試合に選ばれたのはボルツ！対戦相手となるチョウキは、1次予選で大量の魂ポイントを集めた実力者だ。果たしてボルツはチョウキに勝利することができるのか！？