2002年11月。大会での鉄棒競技中に落下してしまった荒垣城太郎。 城太郎はコーチの天草から、成績不振、怪我、娘の玲のことを考えて現役を引退するよう告げられてしまう。自らの引退した姿を想像できずに苦悩する城太郎だったが、玲のため、ついに覚悟を決める。 どうする！？　サムライ！ 脚本：村越 繁 絵コンテ：清水久敏 演出：松田 清 総作画監督：崔ふみひで、本田敬一 作画監督：柴田志朗、村長由紀、冨永拓生、?田正幸

引退会見中、まさかの引退撤回を宣言した城太郎。まだ体操をやらせてほしいと天草に頼み込むが、もう面倒は見ないと突き放され、クラブを追い出されてしまった。居場所を失い、一人、自ら考えたメニューでの練習を始める城太郎。しかし、何一つ思うようにはいかず…… 頑張れ！　サムライ！ 脚本：村越 繁 演出：西畑佑紀 絵コンテ：城所聖明 総作画監督：佐々木貴宏、本田みゆき 作画監督：斉藤美香、小野田貴之、村長由紀、濱田悠示、柴田志朗、五月麻帆

突如クラブに現れた鉄男は、城太郎に勝負を申し込む。しかもそれは、負けたら今度こそ体操をやめろという無茶な条件つき。困惑する城太郎に代わり、勝手に申し出を受けてしまうレオ。さらに城太郎の復帰を見込んだ天草の思惑などもからみ、一か月半後、命運をかけた勝負が行われることになるが…… 負けるな！　サムライ！ 脚本：金田一 明 演出：田中千駿 絵コンテ：古川順康、城所聖明、新井宣圭 総作画監督：崔ふみひで 作画監督：藤田亜耶乃、?田正幸、吉岡敏幸、石井百合子、斎藤香織、濱田悠示、小野田貴之

鉄男が見せた演技の完成度に刺激を受けた城太郎は、次の目標を定めつつ、NHK杯に向けて練習を始める。一方、居候中のレオは、アルバイトに精を出す日々。そんなある日、お使いの途中で学校帰りの玲を見かけ、声をかけようとするレオ。だが、玲の様子はなんだかいつもと違っていた。 サムライの娘も、いろいろ大変！ 脚本：安藤えりか 演出：まついひとゆき 絵コンテ：森本育朗 総作画監督：本田敬一 作画監督：冨永拓生、柴田志朗、村長由紀

復帰戦となるNHK杯に向け、城太郎は演技の仕上げにかかっていた。大会が楽しみなあまり、カレンダーに印をつけてカウントダウンをするレオは、ひょんなことから別の日にも印がついていることに気付く。聞けば、それは玲の誕生日であり、その日は必ず家族全員で過ごすというルールがあるらしい。 サムライ一家は、とっても仲良し！ 脚本：金田一 明 演出：藍崎 灯 絵コンテ：古川博明 総作画監督：佐々木貴宏 作画監督：岡崎洋美、本田みゆき、濱田悠示、斉藤美香

NHK杯を終え、天草から聞いた日中合同合宿への参加を望む城太郎。しかしその期間は玲の誕生日と被ってしまっていた。胸を痛めつつも事実を打ち明けると、参加を許してくれる玲。ホッと胸を撫でおろす城太郎だったが、その実、玲は一人になると寂しそうにカレンダーを眺めていて…… サムライ！　しっかり！ 脚本：村越 繫 演出：後藤康徳 絵コンテ：松田 清 総作画監督：崔ふみひで 作画監督：?田正幸、藤田亜耶乃、小野田貴之、本多みゆき

鉄男、堂島、錦織、岡町らと中国との合同合宿に参加した城太郎。世界王者であるリュウ・リュウショウ擁する中国の選手たちを前に緊張感が高まる中、マイペースな城太郎は思いがけない行動にでてしまう。 サムライは、我が道をゆく！ 脚本：金田一明 演出：下司泰弘 絵コンテ：北川朋哉 総作画監督：佐々木貴宏 作画監督：柴田志朗、冨永拓生、村長由紀

新技『アラガキ・マーク2』の練習に取り組んでいた城太郎は、完成への突破口を見いだせずに悩んでいた。そんな時、自分にも練習を手伝わせてほしいと申し出るレオ。 一方、合同合宿で玲と友達になった中国人選手のキティ・チャンが、荒垣家に遊びにくる。 サムライの娘も、お年頃！ 脚本：安藤えりか 演出：大槻一恵、久保田雄大 絵コンテ：吉村 愛 総作画監督：佐々木貴宏 作画監督：ヤン チャン、濱田悠示、岡崎洋美、斎藤美香、李 少雷

レオからのヒントにより新技完成への道に光明が差した城太郎は、間近に迫る全日本体操競技選手権大会に向け、練習を重ねる。城太郎からの感謝の言葉に、大きな喜びを感じるレオ。しかし、レオの献身に隠された真実を、城太郎はまだ知らない。 油断大敵！サムライ！ 脚本：?村清子 演出：まついひとゆき、久保田雄大 絵コンテ：二瓶勇一 総作画監督：崔ふみひで 作画監督：崔ふみひで、?田正幸、小野田貴之、本多みゆき、藤田亜耶乃、浅尾宏成、Um Ikhyu、七霊石

レオが、城太郎と玲の前から姿を消した。怪我を負いつつも、選手権では必ずレオとつくりあげた新技を成功させ、最高の体操をしてみせると誓う城太郎。応援する玲も、なんとか城太郎の体操をレオに見てもらいたいと願う。しかし、予選が始まってもレオの席は空いたままで…… 信じろ！　サムライ！　　 脚本：金田一明 絵コンテ：阿保孝雄 演出：後藤康徳 総作画監督：本田敬一、崔ふみひで、佐々木貴宏 作画監督：崔ふみひで、松岡秀明、冨永拓生、柴田志朗、村長由紀、七霊石、studio massket

レオと対面し、城太郎の体操を見に来て欲しいと伝える玲。しかしレオは、イギリスに帰るのだと玲に別れを告げた。いよいよ決勝戦当日、予選での不調を完全にふっ切った鉄男の眼差しに、厳しい戦いを予感する城太郎。それぞれの想いが交錯する中、限界を超える戦いが幕をあけようとしていた―― 跳べ！！　抗え！！　サムライ！！ 脚本：村越 繁 絵コンテ：宇田鋼之介 演出：清水久敏、宇田鋼之介、大槻一恵、久保田雄大、下司泰弘、吉村 愛 作画監督：吉田正幸、浅尾宏成、本多みゆき、藤田亜耶乃、斎藤美香、濱田悠示、青木里枝、戸沢 東、柴田志朗、松岡秀明、山門郁夫、桑原幹根、村長由紀、崔ふみひで、岡崎洋美、本田敬一、冨永拓生、野崎真一、大津 直、Studio Bus