散逸した御刀の調査蒐集を主な任務とする赤羽刀調査隊。 安桜美炎は、調査隊の仲間と共に職務と鍛錬に励む日々を送っていた。 『年の瀬の大災厄』から数か月後のある日、特別刀剣類管理局は、江ノ島にて正体不明の荒魂の気配を感知する。 行方をくらました荒魂の居場所を探すため、美炎たち調査隊は、療養中の鈴本葉菜の補充要員として、新多弘名という刀使を新たに迎え、捜索任務にあたるが……

人型の荒魂コヒメは、美炎たち赤羽刀調査隊の面々と過ごす中で、人間に対して心を開くようになっていた。 しかし「刀使は荒魂を斬って祓うことを使命とする」という事実を突きつけられ、再び心を閉ざしてしまう。 刀使と荒魂は敵対している――そのことに思い悩むコヒメと、そんな彼女を心配する美炎たち。 ある日、調査隊が荒魂討伐の任務に赴いている中、コヒメは折神家の施設を抜け出して美炎たちの元へ向かうが……。