公安九课成员搜寻一位名叫菲利浦·库库什金的俄罗斯男子，他对创造后人类一事知之甚多。

美国的特殊作战军联手公安九课，合力对战一个心狠手辣的后人类 — 水金铃鹿。

在拷问库库什金之时，公安九课发现了关于某一人工智能程序的惊人信息，而该程序的开发者是美国政府。

少佐担心普林可能是美方间谍，于是派一队塔奇克马去调查她神秘的过去。

德古沙终于意识到他一直困在自己的记忆中，清醒后的他突然发现 2045 年的东京竟是一片荒芜。

收到德古沙的消息后，巴特等人出发前往东京。在福岡，少佐得知某个后人类劫持了一艘核潜艇。

普林实现了全身义体化，起死回生的她试图搭便车去东京。美国的特殊作战军引得铃鹿大发雷霆。

巴特等人从标准处得知有关后人类形势的最新消息。在东京，少佐和普林与其余成员聚首。

为了夺回遭劫持的核潜艇，公安九课将矛头对准了铃鹿以及岛村孝。

苏醒后的岛村决定孤注一掷，使草薙及其队员陷入难以置信的处境。

为了结束与 N 的核对峙，美方准备启动一项残酷计划，草薙及其团队竭尽全力阻止该计划的执行。

公安九课的队员们开始回归正常生活，好似之前的事情从未发生过。然而，草薙却对这一切心生疑虑。