デュエマ大好きな小学5年生・切札ジョー。ある日ジョーは、夢の中で不思議な声を聴く。相棒のデッキー、そして友達のキラ・ボルツ・キャップ・もも達と謎を解明すべく、切札家の地下を探索する。果たして、何が起こるのか・・・？！新たなる物語、「王来篇」スタート！！

謎の巻物に「12枚の伝説のカード」を見つけるよう命じられたジョー。カードを見つけるための鍵は、どうやら過去にあるらしい。過去に飛び込むため、ジョーは新たなクリーチャー・ピョンチキを生み出す！その一方で、同じく伝説のカードを集めようと目論む「ガットルズ」が暗躍し始めて・・・？

ジョー達と同じく伝説のカードを探している謎の組織・ガットルズ。彼らを従えるジェンドルは、新たな仲間を入れることを画策していた。狙いは「破壊王ライトニング・ジェレミー」と自ら名乗る男だ。決して強くはないジェレミーをスカウトしようとするジェンドルの狙いとは一体・・・？

今まで見たことのないカードを使うデュエリストが周りに増えていることを訝しむジョー達。その前に現れたのは、かつて世界を滅ぼそうとしてゼーロの息子・ゼーロジュニア！どうやら彼も伝説のカードを探して過去の世界へ飛び回っているらしい。先を越されないよう、ジョーは意気込むが・・・

なかなか伝説のカードを見つけられずにいるジョー。キラ達と河越の街を歩いていると、突如ピョンチキがカードの気配を察知する！その場所はなんと、人々からお化け屋敷と呼ばれている家だった！！そこでジョー達は「三種の神器」の看板を発見する。果たしてカードの手がかりになるのか？！

どこへ行くときもジョーと一緒の相棒・デッキー。ある休日、ジョーはいつものようにデッキーと出かけようとすると姿が見当たらない！どうやら誰かにさらわれてしまったらしい！！モモキングとピョンチキが必死に探していると、なぜか次々とデュエマを挑まれるキラの姿が？！

巻物に新たなクリーチャーのシルエットが出現した！ジョー達が次に探しに行くのは・・・ガイアール・カイザー！！早速ピョンチキの力で過去へ向かうジョー達だが、たどり着いたのはなんと江戸時代だった。果たしてこの時代に手がかりは見つかるのか？！

ガイアール・カイザーの手がかりを求めて過去にタイムスリップしたジョー達。しかし、そこに待ち構えていたガットルズの罠にはまり、ジョーとキャップはヒミコに洗脳されてしまった！一方、行方不明になってしまったボルツ！ジョー達はこのピンチを乗り越えられるのか？！

見たこともないカードを次々と繰り出すガットルズに対し、ジョーは闘志を燃やしていた。そんなジョーの前に現れたのは、ゼーロジュニア！どうやらジョー達の知らないところでガットルズと接触しているらしい。その一方で、ジェンドルは次の一手に向けて動き出そうとしていた・・・

ジョーの前に立ちはだかるのは、ジェンドルの切札・聖魔連結王 ドルファディロム！アルカディアスを白鳳のもとに戻すべく、ジョーは闘志を燃やしていた。ジョーとジェンドル、直接対決もいよいよ後半戦！勝負の行方は果たして・・・？

アルカディアスと心が通じ合ったことが嬉しくてたまらないジョーは、絵を描いてその思いを表現していた。こうして誕生したのは、ハッピーな感情があふれ出す新たなるジョーカーズ！しかし、このジョーカーズがきっかけとなり時空が滅茶苦茶になってしまい・・・？

ハイドにガイアール・カイザーを奪われてしまったことをずっと悔やんでいたボルツ。そんなボルツの前に現れたのは、ガットル3のエスパー・マギだった！しかもマギの手には、ガイアール・カイザーが！！ボルツは奪還のチャンスをものにすることができるのか！？

デッキー、ピョンチキ、ダチッコ、スマホン・・・彼らは月に一度、ひそかに集まって話し合いをしていた！ガットルズの分析や、伝説のカードの所持状況などを議題にのせるミニキャラ達。ジョー達も知らないこの会議、一体どうなる！？

次なる伝説のクリーチャーが巻物に浮かび上がったとき、突然石になってしまったボルツとキャップ！ジョーとキラは危険な力を持つクリーチャーを探し出すために、禁断の古代遺跡へ向かった。遺跡ではジェンドルとヒミコが現れて・・・

ジェンドルによって新たなディスペクターが生み出される。犠牲となってしまった光文明伝説のクリーチャー・ミラダンテを救うべく、ジョー達は作戦会議をしていた。そこでボルツは、ガットルズをだましてカードを奪い取ることを提案。正義に反するこの作戦、果たしてうまくいくのか？！

かつてデュエマーランドで大人気だったマスコットキャラクター・デュエマウス。そんなデュエマウスの現在を明らかにする番組を偶然みかけたジョー達は、いまもなお夢を追い求める彼の姿に感動するが・・・

ドキンダムXの弱点を探すべく、赤城山バサラを探しているジョー。デュエマウスに、ジョーの母・るるが知っているのではないかと助言を受け、早速聞いてみることに。しかし、今のるるはバサラがどこにいるかを知らなかった。そこでジョーは、ピョンチキの力で昔のバサラがいる時代へ向かうことに！

過去にタイムスリップして赤城山バサラを探すジョーだが、なかなか見つけられずにいた。思いがけず有力な手掛かりを得たものの、たどり着いたのは別のデュエリストがいる場所だった。ようやくバサラに会えたジョー。ドキンダムXの弱点を教えてもらうことはできるのか？！

久しぶりに過去から帰ってきたジョーとモモキング。ドキンダンテとまだ戦ってすらいないにもかかわらず、彼らは祝勝会を始めてしまった！油断するジョー達、果たしてこのままで本当にドキンダンテを、そしてジェンドルを打ち負かすことができるのか？！

光文明の影響を受け、様子がおかしくなってしまったモモキング！ジョーに対する態度も変わってしまい、周囲は大困惑。そこに目を付けたのはガットル2・ヒミコ！モモキングを罠にはめようと画策していて・・・？！