カードゲームが大好きな少年ケズル。ある日、新たなカードゲーム「マジカパーティ」を作ったマジカ社のCEOからマジカギアという特別なアイテムを渡される。ケズルがマジカギアを手にすると、風船と猫が融合したマジン、バルニャーが現れた！バルニャーに追われる中、ケズルはなんと魔法使いに変身！ケズルはカードにバルニャーを封印しようとするが…？

バルニャーと契約したケズルの前に現れた謎の少女 アーニャ。 彼女はケズルに魔法学校「マジカアカデミー」への招待状を渡す。 だがマジカアカデミーに入学するためには、試験をパスしなくてはならない。 フクロウと何かが融合したマジンを手に入れろと言うのだが、そのマジンとは一体…！？

ケズルの通う中学には「クラ部」と呼ばれる部活があった。大音量のミュージックに身を任せて踊るところで、昔は「ディスコ」と呼ばれていた場所だ。 夢で見たのと同じリズムに導かれてやってきたケズルは、そこで「ディスコウ」と言うサングラスをかけたマジンを発見！ 契約しようとするが、ディスコウのラップでディスられまくったバルニャーとフクロックは……！？

「マジカアカデミーランキングマッチ」の招待状がケズルに届いた。 魔法使いのランクを決める重要な大会で、今回の種目は『マジカサバイバルレース』。魔法を使ってゴールまでの速さを競い合うサバイバルレースだ。 「優勝目指して、強いマジンを手に入れちゃいまショウタイ～～～ム！」と出かけたケズルの前に、マジンのワニスケと仮面をつけた謎の魔法使いが立ちはだかる！ 謎の魔法使いの正体は、ななな、なんとーーーーー！？

もうすぐ「マジカアカデミーランキングマッチ」が始まる。 ケズルとバルニャーは特訓を開始！ケズルはカードを削りまくり、バルニャーはギガントネコパンチを出しまくる。 そして始まったランキングマッチ。 親友のクラっちを救うためには、絶対にワニスケに勝たなければならない！ ところがバルニャーはワニスケに追い詰められてしまう。 「バルニャー、あきらめるな！」 ケズルがカードを削って魔力を送ると、なんとバルニャーが…！

マジカアカデミーの入学試験を受けることになったクラっち。 学園に隠されたダツビーのマジカを７枚集めて、クイーンをゲットする宝探しだ！ だがパートナーになったばかりのクラっちとワニスケは、ケズルとバルニャーのようには息が合わない。 「オラオラオラ～～～！」と突っ走るワニスケだったが、「ぐはっ！」「くっ…」「なにっ！？」とやられっぱなし。 このままでは入学試験にパスできない！　そこでワニスケは…！

ケズルはヒーロー的なマジンが現れる夢を見た。きっとそのマジンを手に入れろということだと、バルニャーやフクロック、ディスコウとともにマジン探しに出かける。 そして見つけたマジン、アカトリシロウと契約！ 同じころ、クラっちも新たなマジンと契約していた。そのマジンとアカトリシロウは昔からの知り合いだったようなのだが、いきなり勝負を始めて…！？

「間もなく、新たな魔法使いが、あなたたちの前に現れます」 アーニャからの知らせが届いたその日、ケズルとクラっちのクラスに転校生がやってきた。カンナというちょっと変わったお嬢様だ。カンナが新たな魔法使いなのか？　もしそうならどんなマジンをパートナーにしているんだ？ 興味津々でカンナの後をつけるケズルとクラっちだったが…！？

街でツバサミというマジンによる事件が発生！ ケズルとクラっちが解決に乗り出すが、「おっ待たせ～♪」と現れたカンナはなぜか魔法少女のかっこうをしていた。魔法使いになったばかりのカンナは魔法少女の真似をすることで、強くてイケてる魔法使いになろうと考えたのだ。 ところがそこに新たなマジン、ドライチータまで現れた。 その時、カンナのパートナーマジン ジャグージャは…！？

ケズルたち魔法使いとマジンたちのたまり場が出来た。カンナが作ってくれた ゴージャスなヒミツ基地だ！　こんな素晴らしい場所は絶対自分たちだけのヒ ミツにしたい。 ところが、いつの間にか見知らぬマジンが紛れ込んでいた。そのマジン、どうやらワニスケにベタ惚れしているらしい。愛が重めなそのマジンは、次々と危険な攻撃をしかけてくる。そこでフクロックとディスコウはある作戦を立てて…？！

マジカアカデミーの校長から、マジンたちの頂点に立つ伝説の７マジンのもとへ行くように言われたケズルとクラっち。もし７マジンを手に入れられたらマジ盛り上がる！と出発した二人だったが、はぐれてバラバラになってしまう。ケズルとクラっちに厳しい試練が待ち受けていて……。 一方、初めてマジカアカデミーにやってきたカンナは生徒会長のエリックという少年と出会う。親切に案内してくれるエリックだったが…？！

マジカアカデミー生徒会長のエリックは、成績優秀、性格も良くてみんなの人気者。 「僕は世界一の魔法使いになる」と言うエリックに、「俺と勝負しろ！」とケズルはバトルを申し込む。 エリックのパートナーマジンで鋭い刃を持つキリサメは、風船のバルニャーにとって強敵！ エリート生徒会長エリックとオラついたヤンキーのキリサメがなぜパートナーになったのか？ エリックの過去には秘密があるようで…？

ケズルたちの世界を初めて訪れたエリックとキリサメ。ケズルたちが町を案内していると、突然一人の少年が現れた！ 彼の名はシルヴァー。ワンナイトというマジンをパートナーにしている魔法使いだ。 神に愛され過ぎた男シルヴァーは、これまで一度も“敗北”したことがないと言う。 「俺に味合わせてみろ…！ 人生で初めての、敗北を…！」 エリックに戦いを挑んできたシルヴァー。果たして彼の望みとは…！？

「ゴールドウィザード」――それはマジカアカデミーの特別な魔法使いのことである。 ゴールドウィザードになれば、マジカギアの力が解放され魔法使いもマジンも今より強くなれるのだ！ ゴールドウィザードを目指して校長の試練に挑むケズル、クラっち、カンナ。 しかしエリックは挑戦しないと言う。そんなエリックに、パートナーマジンのキリサメは「賭けをしよう」と言い出して…？！

あっけなく校長を打ち破ってしまったシルヴァー。 彼はケズルに戦いを申し込んだ。 「俺に味合わせてみろ…！ 人生で初めての、敗北を…！」 「俺が味わわせてやるぜ！」 ワンナイトとバルニャーもバトル前から既にバチバチ！ クラっちやカンナたちも見守る中、バトルがスタートする。 バルニャーは、割られないためにある対策をしていたようで…？！

マジカアカデミー最強の魔法使いを決めるバトルトーナメントまで、あと４８ 時間と１７分！ 優勝を目指すケズルたちは、カンナが作ったトレーニング用のゲーム、『天才！　 カンナのケズってマジカパーティ！ 最強の魔法使いになっちゃうカンナ！☆』 をプレイすることに。パートナー同士が力を合わせてバトルするゲームだ。 戦いの途中、ケズルたちはパートナーマジンと出会った時のマジ最高な出来事 を思い出し…？！

ついにバトルトーナメントが始まった！ 第１ステージは、校内に仕掛けられた罠をかいくぐり、脱出するまでの順位を競うレースだ。 クラっち、カンナ、エリックは、ワニスケ、ジャグージャ、キリサメとはぐれてしまう！ 一方、ケズルとバルニャーの前には、トラップという魔法使いと、そのパートナーマジンのコンエナが現れた。「弟子にしてください！」と頼りにされて悪い気はしない。彼らとともにスタートするケズルとバルニャーだったが…？！

バトルトーナメントの予選突破を目指すケズルとバルニャー。しかし、ライバルの魔法使いトラップとコンエナのしかけた罠にはまりまくり！ゴールにたどりつくことができない。 トラップにはケズルの邪魔をしたい理由が何かあるようで…？ 懸命にゴールを目指すケズルたちだったが、トラップに追い詰められて絶体絶命。そんなピンチもノリで突破しようとするケズルとバルニャー。その時、マジカギアから不思議な声が聞こえてきて…？！

バトルトーナメントのベスト４決定戦。勝ち残った者が先に進み、残った者はそこで失格という厳しい戦いだ。広大なバトルフィールドへ次々と飛び出していくケズルたち。カンナがやってきたのは危険なジャングル！ そこで出会ったのはルードヴィッヒという魔法使いとビークルマジンのゾウボウシャだった。 ベスト４進出を賭けて戦い始めるカンナとジャグージャ。ところがゾウボウシャがいきなり攻撃を止めて…？

エリックとキリサメの前にTVレオンというマジンが現れた。カメレオンの精霊とテレビが融合したデジタルマジンだ。エリックはTVレオンを仲間にしたいと思ったが、キリサメは「こんなやつ、エリックにふさわしくない！」と言い、TVレオンと勝負する。 さらにエリックはベスト４を賭けて、魔法使いサップとそのマジン、ソラヤンマとバトルすることに。追い詰められたエリックたちの前に現れたのは、なんと魔法使いプライズのマジン、イノロン！プライズがいないのに、なぜ彼のマジンがここに？　その理由とは…？！