突如飛来した隕石により、ネオワールドのキャプテンシティは大きな混乱に陥る。サージェントヴェルデバスターガンダムとその部隊は事態を収拾すべく出動するが、そこに待ち受けていたものは．．．。 この騒動はやがて、世界に混乱を招く引き金となるのであった。

ラクヨウにある過去の遺産「転移門」が起動し、「三蔵」と名乗る謎の人物と通信が繋がった劉備達。そこで三蔵から聞かされたのは、世界の危機に関する重大な事実であった。その危機を乗り越える為には、世界中に散らばっている５つのハロが必要だと聞いた劉備達は、旧知の仲である孫堅ガンダムアストレイ達に協力を要請し、世界各地に旅立つのであった。

劉備の要請を引き受けた孫堅ガンダムアストレイ親子は早速パイレーツワールドに向かったが、突如現れた謎の海賊団に襲われてピンチに陥ってしまう。だが、駆け付けた旧知の海賊ベンジャミンV2ガンダムとエドワードセカンドVによって、難を乗り切るのであった。孫堅から世界の危機とハロの話を聞いたベンジャミン。彼の心当たりを頼りに、一向は早速動きだすのであった。 一方、劉備達はナイトワールドへ向かう途中の街で．．．。

嵐の中を進むベンジャミンの海賊船。向かうはハロの在りかと思われる海底宮殿。そこには伝説の女海賊が眠っていて、侵入者は生きて返さないと言い伝えられているが、果たして孫堅達は無事にハロを手に入れられるのか？！ 時を同じくしてムシャワールドでは、信長ガンダムエピオンが「天下布武」を胸に、新たな野望を打ち立てるのであった。

無事に海底宮殿へ辿り着いた孫堅一行は、早速内部へと足を踏み入れる。行く手を阻む数々のトラップに苦戦しながらも、知恵と連携プレーで乗り越え、ハロの眠るお宝部屋へと辿り着いた。だがそこで待ち受けていたのは、伝説の女海賊の亡霊であった。孫堅達は亡霊を退け、ハロを手にすることが出来るのか。一方、趙雲ダブルオーガンダムはハロの情報を求めて再びネオワールドへと訪れていた。キャプテンシティの警察や不良たちと一悶着起こしてしまうが、その甲斐あって、とある男の情報を手に入れるのであった。

ムシャワールドを旅していた曹操ウイングガンダムは、空腹のため街中で倒れてしまう。親切な男に食事をご馳走され回復した曹操だが、なんとその男とは信長であった。信長は曹操を戦場に連れ出し、自分の軍の強さ、そして自身の圧倒的な力を見せつけ、部下に引き入れようとする。しかし曹操は、信長の誘いを断り、彼との再戦を予見するのであった。一方、劉備たちはナイトワールドにたどり着き、街に一泊するのであったが…。

ムシャワールド統一を目指し、西へ進軍していた信長とその軍は、前祝いとしてホンノウジで英気を養う事にする。しかし突如、部下であるはずの光秀が謎の仮面の軍勢を率いて謀反を起こし、ホンノウジに火を放った。少しずつ追い詰められ、敗北を悟った信長は、辞世の句を歌って舞っていたが、歌が終わると同時に謎の男が姿を現す。そして、その手には謎の軍勢と同じ仮面が．．．。

キャメロット城周辺の偵察をしていたロビンフッドガンダムAGE-2は、劉備達を察知する。報告を受けたナイトワールドの王、アーサーガンダムMk-Ⅲはロビンフッドに様子見を命じ、ロビンフッドは早速劉備達のもとへ向かう。劉備達を足止めするためにロビンフッドは悟空と諸葛亮を拘束する。悟空は諸葛亮に、暴力は駄目だと諭されていたが、劉備が攻撃を受けるのを目にして暴走！その時、再び悟空の身に！？