公元前中国的秦国。以“天下大将军”为目标的“飞信队”队长信，因在国门函谷关与合纵军的攻防战中的功绩被认可，晋升为“三千人将”。而且，曾一度离队的副长羌瘣也回归，飞信队活力再现。另一方面，王都咸阳也因秦王嬴政喜得王子而沸腾。在因函谷关攻防战这一大战而疲惫的各国，纷纷进入考验各自国力的“内乱期”之时，秦国也将迎来新的波澜之时，但……！？

在合纵军战后复兴推进之时，围绕国家实权的秦王嬴政与相国吕不韦之争愈发激烈。借助弟弟成蟜之力扩大势力的嬴政阵营，与运用财力增加阵营的吕不韦之争几乎势均力敌。就在此时，成蟜的第一夫人瑠衣归省中的故乡屯留遭到赵军入侵。此处虽是秦国东北要冲，但有能力的将军们都远征各方，无法立刻派兵前往。面对此状况，成蟜亲自提出出征。

本应去压制赵军的成蟜军，反而在屯留发动叛乱的消息传来，咸阳哗然。对此，吕不韦考虑到以屯留为中心的东北部地区成蟜的人气，主张应在叛乱扩大前派出讨伐军。但察觉一连串动向有阴谋气息的嬴政，以讨伐叛军、并查明真相为目的，派遣侧近昌文君麾下的将军壁的军队、以及作为别动队的信率领的飞信队前往屯留，目的是活着将成蟜带回都城。

飞信队与壁军会合，屯留攻城战终于开始。此次飞信队的任务是速战速决，因此军师河了貂让战力出众的信和羌瘣一同前往成蟜处。另一方面，因计谋被囚于牢中、从代理城主蒲鶮那里听说了此次叛乱内幕的成蟜，为了救出被囚于另一牢房的瑠衣，阻止蒲鶮的野心，策划越狱。究竟互相担忧着对方安危的成蟜与瑠衣能否再会？而被托付了营救成蟜任务的飞信队又将如何！？

与羌瘣和飞信队的伙伴们一同，信搜寻着成蟜和瑠衣可能被囚禁的场所。但屯留城内已陷入混战状态，别说成蟜，连叛乱主谋蒲鶮都找不到。另一方面，在与叛军的交战中身负重伤的成蟜，拜托救出的瑠衣去带援军来，自己则留在原地迎击蒲鶮等追兵。为了给成蟜带去援军而奔跑的瑠衣，以及被托付了营救任务的飞信队，能否拯救成蟜的危机，与他一同返回都城！？

在秦国与魏国边境附近的著雍，飞信队与王贲的玉凤队作为增援部队，被正在与大将军吴凤明率领的魏军交战的秦国将军腾召集。然而，三支神秘的军队与魏军会合，秦军在战力上处于不利。为了打破状况，腾试图向在赵国边境附近扩阳布阵的王翦军请求援军，但王翦的嫡子王贲反对。其真意是！？在各国豪杰们的注目下，秦能否攻略新的要冲著雍！？

根据王贲的进言，秦国以腾麾下的録呜未军、玉凤队、飞信队三军为主攻，采取攻击魏军布阵微小间隙的策略。作为主攻之一，向魏军本阵突进的飞信队，为了克服战力差，在军师河了貂的指挥下首先彻底打击敌第一阵。此时，对战的魏军将军凯孟亲临前线，向飞信队队长信提出单挑。向魏国引以为傲的刚将、曾名震战场的“魏火龙”之一凯孟，信发起了挑战！！

乱战之中，河了貂被凯孟军带往本阵。对于被敌军掳走的军师河了貂，是优先营救，还是继续执行作战？飞信队意见分歧。此时，羌瘣说，为了营救河了貂，有一个方法可以一试。另一方面，与首日受挫的飞信队形成鲜明对比，王贲的玉凤队凭借原本的高战斗力，加上新加入玉凤队的王翦将军侧近之一关常率领的千人队的活跃，持续快攻，但……！？

朝魏军本阵持续进击的玉凤队面前，另一位魏火龙紫伯率领的军队阻挡了去路。智勇双全的紫伯，以卓越的战术玩弄玉凤队。因其在屡次死地战斗中锤炼出的、已达“极致”的“枪”，玉凤队员接连倒下。目睹此景的关常，解开混战立刻向王贲进言脱离部队。但王贲为了执行自己制定的作战，放言要就此讨伐敌将紫伯。

著雍之战第三日。飞信队、玉凤队之后，録呜未军也正式加入战斗，决战的时刻终于临近！连日与凯孟军交战不断的飞信队，终于与凯孟军本队激突。然而，即便遵照军师河了貂的作战、以队长信为中心奋勇作战，也无法突破凯孟军军师荀早那毫无破绽的布阵。另一方面，与紫伯军作战的玉凤队，以相对有余力的关常队为主攻试图攻略，但也陷入了苦战……！？

一度败北的“枪之紫伯”，王贲再次向其挑战。自幼通过不懈努力与锻炼，以堪称“达人”境界的枪术战斗的王贲，却无法突破在死地锤炼出的紫伯的枪法。当初就对本作战表示为难的关常，让玉凤队副长番阳劝王贲撤退。就在此时，王贲的枪开始捕捉到紫伯了！作为继承王一族宗家之人，王贲怀有必须承担的责任所带来的强烈信念。

飞信队、玉凤队、録呜未军突破眼前的敌人，一齐袭击魏军本阵。为了取下总大将吴凤明的首级，展开最后的激战。面对意想不到的展开，魏军陷入混乱，但其中冷静思考的吴凤明，为了攻击秦军作战唯一的弱点，立刻开始行动。在各国注目之下，向魏国豪杰吴凤明发起挑战的秦国年轻将领们，能否在这场战斗中获胜，达成著雍攻略！？

结束了由腾、魏军吴凤明分别担任总大将的著雍之战，秦国为了今后进一步强化军事要地的目标而行动。由此王都咸阳的动向也繁忙起来，在嬴政率领的“大王派”、吕不韦率领的“相国派”之外，另一个势力——以嬴政生母太后为顶点的“后宫派”突然出现，提出要统治军事要地之一的“山阳”一带，并宣布由三大家推举的宦官嫪毐担任“山阳长官”。

在三大家的支持下，开始着手统治山阳一带的太后、嫪毐等后宫势力，越过山阳，在秦国最北之地“太原”宣布“将这一带建立为‘毐国’”。虽然宫廷内为之震动，但一般认为由与政治无缘之人进行的建国，最初会受挫。然而毐国的建国进展顺利，趁此机会楚军开始向秦国进攻。毐国与楚国之间的密约趋于确定，吕不韦则沉着地注视着这一事态。

毐国建国引发的混乱被各国乘机而动，秦国为了应对事态，将著雍之战中有功者晋升，以图强化新军。另一方面，在得到列国援助、势力进一步增强的毐国，太后对超乎预期强大化的国家状况感到警惕，对嫪毐提出忠告。从一个假宦官成为太后的爱人，进而被捧为毐国“王”的嫪毐，对自己的立场再次感到恐惧。此时，大臣虎历向嫪毐提出了某个建议……？

其爱人嫪毐与她之间有私生子一事在咸阳暴露。接到无法避免制裁的情报，毐国骚然。大臣虎历向太后和嫪毐提出二选一：要么举兵，要么献出太后、嫪毐及其子女的首级投降。在已无法挽回的状况下，太后会做出何种决断……？另一方面，在秦国旧都“雍”，为了第31代秦王嬴政的“加冠之仪”，典礼的准备正在稳步推进。

秦国的旧都雍汇集了国内外的要人，第31代秦王嬴政的加冠仪式终于要举行了。出现在眼前的嬴政的堂堂姿态让所有人屏息，仪式庄严地进行着。然而就在仪式过程中，接到急报：毐国军通过某种方法穿过了函谷关，正在逼近王都咸阳！接到报告后，相国吕不韦宣告中止仪式，但嬴政制止了他，宣布仪式照常进行。

最早察觉迫近王都咸阳危机的飞信队，抵达了咸阳附近的“渭水”。渡过这条河，王都便近在眼前。在这样的飞信队面前，曾在合纵军之战时与大王嬴政并肩作战的民兵等“蕞”的士兵们作为援军出现。为大王危机而奋起的蕞之士兵们，与飞信队一同乘船渡渭水，目标咸阳。然而，为了迎击他们而控制了对岸的敌军展开了猛烈攻击，渡河变得极其困难。

与圧军会合的飞信队和蕞的士兵们，抵达了正处于攻城战最激烈时刻的咸阳。然而，守备薄弱之处被钻了空子，加上与敌军内通者的背叛，敌军已经攻入都城内部，信等镇压军也被大军阻挡无法靠近。另一方面，见证了嬴政加冠仪式的昌文君，正欲急忙赶往处于困境的咸阳，此时“意想不到的人物”向昌文君搭话。

结束了加冠仪式的嬴政，预见由咸阳之战决定的未来，与吕不韦对峙。吕不韦将嬴政所怀的“中华统一”宿愿一刀两断为“不是有血有肉之人应走之路”，并开始阐述自己所想的“天下的起源”与“人”。那时在咸阳，秦军苦于叛军的猛攻，在后宫生活的宫女向决心守护继承嬴政血脉的自己的孩子丽，与好友阳等人急忙向安全地带避难。