1998年9月15日。駒木咲代子は日本帝国軍佐渡基地の戦術機部隊に着任する。僚機となる草野に基地を案内される中、この地に生きる人々の暮らしぶりを垣間見、国民に道を示せていないと嘆く…。そして、大規模なBETA群が佐渡島に迫るー

2001年10月22日。白銀武は目覚めると自分の部屋にいた。 家を出ると見覚えのある廃墟と荒野が広がっていた。 “あの日”に戻ったことを確信した武はある人物の元へ向かう。 今度こそ人類を救うために――

2001年10月24日。再び訓練兵となった白銀武は、その体に刻まれた記憶を活かし、自分を知らぬ、かつての友の成長を促した。しかし、そのあまりに遅い歩みは、武の胸を焼く焦りを消すことはできなかった。何かを変えなければ世界は変わらない。白銀武は己の記憶を探り、香月夕呼に予言した。その日、多くの人々が命を落とす―― 脚本：浦畑達彦 / 絵コンテ：高橋亨 / 演出：田中貴大 / 総作画監督：谷 拓也、つなきあき / 作画監督：五十川久史、鎌田均、千葉茂、中島美子、金 澤龍

2001年11月24日。総合戦闘技術評価演習を優秀な成績でクリアした白銀武たちは、いよいよ戦術機操縦訓練へと移った。 初めてのシミュレータで前人未到のスコアを叩き出す武。高く評価された武たちには訓練用の戦術機が充てがわれることとなった。 そして訪れた格納庫で武は、この国で唯ひとつ――将軍専用の戦術機を目撃するのだった。 脚本：イシノアツオ 絵コンテ：斎藤 久 演出：曽根利幸 総作画監督：谷 拓也　つなきあき 作画監督：緒方浩美　安達祐輔　吉田和香子　山村俊了　小澤和則　清水勝祐　上西麻耶　和田伸一

2001年11月28日。珠瀬壬姫の父親・珠瀬国連事務次官が横浜基地を訪れた。 しかし、滅多に会えぬ父を喜ばせるため、壬姫は小さな嘘をしたためた手紙を送ってしまっていた。自己嫌悪に苛まれる壬姫を救うため、白銀武の極秘計画が発動する。 脚本：鈴木貴昭 絵コンテ：白井宏旨 演出：村上勉 総作画監督：谷 拓也　つなきあき 作画監督：重松晋一　鈴木信一　服部憲知　金凱

2001年12月1日。白銀武の「元の世界の自分に聞け」との言葉から着想を得た香月夕呼は、オルタネイティヴⅣの鍵を握る数式を回収するために武を元の世界に戻す実験を行う。実験には武が社霞と同じ部屋で暮らすことも含まれていて―― 脚本：イシノアツオ 絵コンテ：セトウケンジ 演出：Won Chang hee 総作画監督：谷 拓也、つなきあき 作画監督： Oh Eun soo、Jeong Yeon soon、Lim Keun soo

元の世界に戻った白銀武は鑑純夏と再会し、「元の世界」へ帰るために「この世界」を救う未来を勝ち取る決意を固める。2001年12月4日。民間人の居住が許されない危険地域への帰還を強行した元住民の救出作戦を帝国軍が実施したとの報道を見た武は、また時間を短縮できたと喜ぶ。そんな武に冥夜は、この国は力無き者に負担を強いていると怒りを露にするのだった。 脚本：鈴木貴昭 / 絵コンテ：西本由紀夫、高橋亨 / 演出：鷹取聖夜 / 総作画監督：堀光明 / 総作画監督補佐：谷 拓也、つなきあき / 作画監督：泉明宏、金元会、白樺鳩、林隆祥、林信秀、Wei Xu Long、Qki

2001年12月5日。帝都でクーデターが発生。千鶴の父・榊是親首相（※）を初め閣僚数名が沙霧尚哉大尉率いるクーデター部隊によって暗殺された。武たち207B分隊にも実戦想定の出撃待機命令が下る。出撃を前に慧は、自分に送られてきていた手紙は沙霧大尉からのものであることを武に告げる。 脚本：浦畑達彦 / 絵コンテ：西村純二 / 演出：白石道太 / 総作画監督：谷 拓也、つなきあき / 作画監督：坂本千代子、齋藤格

神宮司教官を隊長として臨時編成された武たち第207小隊は、後方警備任務として箱根の塔ヶ島離城に配置された。離城には冥夜と容姿が瓜二つの政威大将軍・煌武院悠陽が戦場となった帝都から脱出してきていた。第207小隊は悠陽を横浜基地へ送り届ける作戦を開始する。 脚本：鈴木貴昭 / 絵コンテ：大塚健 / 演出：於地紘仁 / 総作画監督：谷 拓也、つなきあき / 作画監督：工藤慎也、北条裕之、江口麻里、LEE EUN-YOUNG

追う者、追われる者――時間と共に狭まっていく包囲網。繰り返される加減速は煌武院悠陽の肉体を蝕んでいく。 この難局を突破するためには窒息の危険を伴う薬剤を彼女に射たねばならない。白銀武は将軍という立場に課せられた重責を知り、逡巡するのだった。 脚本：イシノアツオ 絵コンテ：西本由紀夫 演出：高橋亭 総作画監督：谷 拓也、つなきあき 作画監督：吉田翔太、東美帆、工藤慎也、王振、山口聰

束の間の停戦―仲間たちの想いを白銀武は訴える。そして立脚点の異なる者たちの因縁を聞き遂げた煌武院悠陽は、自らの手で忠臣たちを誅すると決意した。だが、その御前に御剣冥夜が現れる。幼き頃に分かたれた姉妹の運命が再び交錯し、戦場は新たな展開を模索する。 脚本：鈴木貴昭 絵コンテ：大畑清隆 演出：大畑清隆 総作画監督：谷 拓也、つなきあき 作画監督：斎藤大輔、大西紀子、谷川政輝、寺尾憲治

１発の砲弾がすべてを破壊した。平和を求める願いも虚しく戦場は再び炎に包まれる。斬る者、斬られる者―同胞たちの争いは、ひとつの結末を迎えた。流された血に見合う何かはあったのだろうか。 脚本：浦畑達彦 / 絵コンテ：大河広行、セトウケンジ / 演出：西本由紀夫、鹿谷拓史 / 総作画監督：谷 拓也、つなきあき / 作画監督：林怡君、北條裕之、重松晋一、松本勝次、金凱