人類の英知・ディバイングレイスシステム関連のすべてを破壊する宇宙生命体ネルガルに全力で挑む地球連合艦隊。 人類の負け戦が続く中、最後の希望は、世界中の遺跡から発掘された古代ロボット兵器“G’sフレーム”を操れるバリアントを持つ少女だった。 主人公・南宮麗香は、ネルガルとの戦闘で行方不明となった第1次AG部隊所属の姉・麗雨を探すため、 親に内緒でAG部隊のパイロット選考試験へ友人の美咲とともに向かう。 試験の帰り道、ネルガルに襲われた彼女たちは――！