忍者の末裔が噛むと、潜在能力を強力に引き出すことができる「ニンジャガム」。その開発を極秘でおこなう研究員のバートン、ベレッカ、ロンの3人は、実験を始めて丸３年、失敗記録を更新し続けていた。そんなある日、いつものように失敗に思われた実験だったが…

ニンジャガムによって子供の姿になってしまったバートンとベレッカ。２人はそれまでWNA（世界忍者協会）で「ニンジャガム」の開発をしていたが、その研究所も封鎖されてしまった。為す術なく、それぞれの自宅へと帰っていくが、彼らの家はすでに何者かによって解約され、スマホも使えない状態になっていた…

運動神経バツグンな少年バーンは、大好きなバスケットボールで今日も大活躍。 ある日、離れて暮らす父親の夢を見るが、夢の中で父は何者かに襲われてしまう。胸騒ぎをおぼえたバーンは意を決し、父の家へ。そこでバーンは、父と忍者が戦う場面に遭遇し…

明るい性格で友達思いの少女ルーシーは仲良しのサツキ、サリーと一緒に、アイスを食べながら歩いていた。すると、サツキが誤って、二人組の不良の一人にアイスをつけてしまい、トラブルに。友達を助けようと「やめろ！」と叫ぶルーシー。その時、ルーシーの右眼は赤い閃光を発し…

倉庫街では、マフィアたちによる闇取引が行われていた。そこへ颯爽と現れる、天才ダンス少女のエマ。彼女は踊るようなアクションでマフィアを撃退。その様子を目撃者がスマホで撮影し、ニュースとして拡散した。これを見たWNAの職員ウォーレンは、エマに接触を試みることに…

子供の姿になったバートンとベレッカは、入学式が行われるWNAアカデミーへ行き、新入生としてまぎれこもうとする。そこには、バーン、カッペイ、ルーシー、エマらの姿もあった。そして校長が、ニンジャとしての素質があるかどうかを見極めるため、バートンとベレッカの瞳を覗き込む…

ついに始まったアカデミーでの生活。バートンら6人の担当になったのはマッチョなブルースと、セクシーなエイミー。各々がアカデミーでのルールなどについてブルースに質問をする中、ルーシーは「ここ、やめたくなったら、やめてもいい？」と、みんなが驚くようなことを言い出す…

WNA本部にあるサーバー室への潜入を企てたバートンとベレッカ。どうにかこうにか本部の屋上へとたどり着き、通風ダクトからの侵入を試みる。点検作業の10秒間だけ回転が止まる排気ファンの隙間を通って先へ行こうとするのだが、バートンはリュックが挟まり、身動きが取れなくってしまう…

WNAアカデミーが休みの日。街の一角でストリートダンスをしていたエマの耳に、犯罪を企てる男たちの声が聞こえてくる。一方その頃、ビルの屋上から町を見下ろしていたルーシーは、まさに今、トラックを盗もうとしている２人の男の姿を目撃する。正義感の強いエマと好奇心旺盛なルーシー、それぞれの奇妙な尾行が始まる！

ある日、アカデミーに途中入学してきたロンとジェーンを前に、言葉を失うバートンとベレッカ。ロンとジェーンには何やら企んでいることがあった…

初めての屋外訓練で、バートン、ベレッカ、ロン、エマのチームは密林から、バーン、カッペイ、ルーシー、ジェーンのチームは砂漠から、それぞれ自力でアカデミーを目指すことに…

ゴーストタウンにやって来たバートンたちは、そこで「かくれんぼ」をすることに。そんな彼らを、町を囲む森の茂みの中から何者かが眼を光らせながら見ていた…

野外訓練でジャングルにやってきたバートンたちは、ポリスとギャングに分かれて、追いかけっこバトルをすることに。そんな生徒たちの訓練を、藪の中から何者かが見ていた…

一緒に講演会へ行く約束をしていたバートンとベレッカ。しかし当日、バートンの姿はどこにも無かった。ロンの姿も無かったことから、ベレッカはよからぬ想像を巡らす…

ＷＮＡ本部のラボでは未確認生命体がカプセルの中に囚われていた。深夜、そこに侵入した何者かが機材のスイッチを触ると、未確認生命体がいるカプセルのふたが開く…

地球外生命体の出現により、ＷＮＡでは討伐隊が結成された。そして、生徒たちは初忍務として、謎の浮遊する光が目撃された洞窟に行き、その正体を確かめることになる…

WNAで起こるさまざまなことに不信感を募らせていたロンとジェーン。仮病を使って授業を欠席した2人は、協力してWNA本部への侵入を試みようとしていた…

一向に減らないスペースニンジャに頭を悩ませるWNAの幹部たち。バートンたちには、スペースニンジャを尾行してすみかを突き止めるという忍務が下された…

バートンたちは、未確認生物が目撃された場所を調査することに。現地へ向かうバスには、デイジーという見知らぬ先生が乗っていた。やがて一行は、不穏な雰囲気を放つ村に到着する…

ベレッカは、父の同僚で親友だったレナードと遭遇した。何者かに命を狙われているレナードと話をするため、ベレッカたちは、追っ手から彼を守りながらアジトまで連れてくることに…