イスカンダルに達したヤマトと僚艦２隻は、デスラー艦隊と合流を果たした。デザリアムはイスカンダルをさらにワープさせるべく、エネルギー資源としてボルゾン太陽系の惑星ガルマリオを狙っている。その作戦を挫くべく古代は、波動砲によるガルマリオ破壊を決断するのだが……。

デザリアムの自動惑星ゴルバの前に為す術もない地球・ガミラス艦隊は、イスカンダルにいる全員の救助を優先する方針を決定する。しかし古代は、波動砲使用の後ろめたさからスターシャの説得を固辞。そんな古代にデスラーは、侮蔑の言葉を投げつけるのだった。

イスカンダルの地下に広がる聖所サンクテルに、スターシャは古代とデスラーを招き入れた。星のエレメントを保管する大記憶庫で、古代は亡き兄・古代守と再会を果たす。あまねく知的生命に平穏をもたらすイスカンダルの「救済」の真実、そしてガミラスの真実とは――!?

愛ゆえにデスラーは、ゴルバに一矢報いるべく古代に波動砲を撃てと叫んだ。その現実を受け入れようとしたとき、土門の若き熱意が古代の心を動かした。全員を救う。土門が立案した作戦を実行すべく、古代たちは試製次元潜航艇コスモハウンドでスターシャのもとへと急ぐ。