労働力の大幅な自動化プロジェクトであるエリシオン計画が失敗し、その中核となる人工知能アルテミスが人類との戦いを選んだ末、荒廃した二十年後の地球。とある基地の地下研究施設で、ひとりの少女、エンプレスが目覚める。だが彼女には以前の記憶がない。基地内で貴重な水を集めていた幼い兄妹、ノリトとミヤと出会いともに地上を目指すエンプレス。だが目の前にはたくさんの敵の姿が。エンプレスたちは次第に追い詰められていく。

ノリトたちが暮らす山の街まで送ることに決めたエンプレス。その道中、もと仲間のストレングスに突然襲われる。エンプレスが自身の右腕からうまれる強力な武器、コイルガンで応戦しようとするが、エネルギー不足のためにうまくいかない。不利な戦況の中、その場から逃げるように立ち去る。山の街に到着し、ノリトに近くにある病院跡地から必要な物資を持ってきてほしいとお願いされる。だが、そこにはとても危険な『ハチの巣』があったのだ。

平和構築軍の駐屯地へ向かうエンプレスたちの前に無数のライトが見えた。それはカルト集団＜教育機関＞の武装車両だった。自分らの追っ手だと判断したエンプレスは、武装車両へと向かって行く。ところが彼らは、教育機関から逃げ出した少女、モミジを追跡していたのだ。結果的にモミジを助けてしまったエンプレスたち。そして彼女からとある儀式のために移動中の教育機関の装甲列車から、友だちを助けてほしいとお願いされる。

平和構築軍の拠点で合流した増援部隊の隊長ボルトから、軌道エレベーター完成までのタイムリミットが、あと一ヶ月であると聞かされたエンプレスたち。そんななか、またもデッドマスターが現れ、エンプレスに交渉を持ちかける。交渉は決裂。デッドマスターが攻撃を仕掛けようとしたそのとき、教育機関が放った改造人間、シャーロットに襲撃される。反撃を試みようとしたエンプレスを、大佐が制止する。その理由とは……。

偶然出会ったノリトから助けを求められるストレングス。妹のミヤが教育機関に捕まりゲームの獲物にされているらしく、もと仲間であるエンプレスを呼び出してほしいとのことだった。そこへノリトを追う教育機関の兵士らが現れ、攻撃を仕掛けてくる。本能的な危機を感じたストレングスはアームの片方を強制パージする。敵から逃れたものの、ギガンティックアームがないことでストレングスの性格は一転、臆病者に早替わりして……。

教育機関に拉致されたミヤを助けるため、ストレングスとノリトは敵の陸上空母内へ突入する。ふたりを援護するかのように、エンプレスらも教育機関の護衛武装車両部隊との戦闘を開始。陸上空母内のラボにはヘーミテオスユニット化の適合実験の失敗により、ゴミ同然に扱われた少女たちの死体が転がっていた。奥には拘束されたミヤを発見する。そして、そこにはアルテミスの化身、ルナティックの姿があった。

護衛武装車両部隊との戦いで故障したブラックトライクから自己修復できないとの訴えがあり、モニカが修理を請け負う。しかし必要な希少部品が足りず、平和構築軍記念図書館へ部品を集めにいくことになる。そこでライブラリアン・アンドロイドのアンディと出会う。部品の確保をしつつ、大佐の情報を検索したモニカは、大佐の妻、ジェシカの経歴に不審なものを見つける。調査を続行しようとした矢先、床を踏み外して地下へ落下してしまい…。

月面からのケーブルが地球側の軌道エレベーターと接続されるまであと二週間。それまでにエンプレスが軌道エレベーターを破壊できれば、人類の敗北は避けられる。だが、そこへ向かうためには鉄海を渡る必要があった。鉄海近くの港町の酒場に「鉄海渡り」を請け負う漁師、イサナが現れる。イサナに水先案内を依頼し鉄海の周辺を探査すると強力な生体パーツの反応を確認する。反応があった浮島へ向かう一行。

高熱が続くエンプレスを回復させるには、肉体の再調整が必要だった。気を失っていたエンプレスが目覚めたのは、目指していた場所、孤児院「ライトハウス№８」。戦災で崩壊した施設にはヘーミテオスユニット関連の情報は何もなかったが、ストレングスが別の場所にあるラボの手がかりを見つける。ラボに到着したエンプレスたちは、調整室のなかで大容量の記憶媒体を発見する。そこには、ある人物からのメッセージが残されていた。

「ライトハウス№８」のラボ跡地では、教育機関と平和構築軍との戦いが続いていた。その戦いを軌道エレベーターの傍から見下ろしていたルナティックが、地上へ向けて強力なビームを発射。そして、攻防戦を繰り広げるデッドマスターとストレングスの前にルナティック自身が降臨する。その頃、ラボの調整室では大佐がシャーロットに襲われ、トドメを刺されようとしていた。危機迫る大佐を助けるため、そこにエンプレスが現れる……！

大佐のもとへ偵察部隊から、急激に鉄海が広がっているとの緊急連絡が入る。想定外の出来事に大佐らも戸惑いを隠せない。さらに天文台より、月面から兵器らしきものの打ち上げが確認されたこと、軌道エレベーターが接続されたとの報告が。それでも大佐は、エンプレスを軌道エレベーターの間近まで送り込み、破壊することを目的とする作戦を全軍に伝える。着弾１時間前。平和構築軍の自走砲部隊が砲撃を開始！ついに最終決戦が始まった。

荒野で繰り広げられるドローン軍隊と平和構築軍の死闘。自らに差し伸べてきたルナティックの手を払いのけ、最後まで自分の意志を貫くことを告げるエンプレス。軌道エレベーターへ向かう大佐にはドローン軍の弾幕が降り注ぎ、死を覚悟したとき、シャーロットが現れる。戦場は死屍累々。精鋭のドローン軍との激闘の末、ストレングスやデッドマスターも大ダメージを負い、軍もほぼ壊滅状態。果たして起死回生の策はあるのか……！？

エンプレス（CV:石川由依さん）とブラックトライク（CV:久野美咲さん）が語る、これまでの旅路を振り返る特別編集版。 【放送情報】 TOKYO MX：日曜23:00～ サンテレビ：日曜24:30～ KBS京都：日曜24:00～ テレビ愛知：日曜26:05～ BS11：日曜23:30～