ボトルマン……それは今世界で最も熱いエンターテインメント！ スタジアムの建設中の橋を壊してしまった甲賀コータ。 多額の修理代のため、偶然手にしたボトルマンと共にバトルへ参加することに！？ 『紅蓮の猛牛』赤牛ツバサ、そして活動休止していたはずの『蒼龍の連射プリンス』帆狩リョウも参戦！ 大歓声の渦に包まれ、熱く燃え上がるスタジアム！ 期待の新人ボトルバトラーここに爆誕！

自分以外は全て敵！？ 大混戦のボトルロイヤル。 謎の新人ボトルバトラーとしてスタジアム中の注目をかっさらうコータは、持ち前のセンスとラッキーでなんとトップ10にランクイン！！ 多くのボトルバトラーたちがコータを狙う！ その中には宇佐美セイメイの姿もあって……。 思うような動きが取れず焦るコータの前には、立ちはだかるリョウの姿が！ 絶体絶命のコータは、一か八かの賭けに出る!

白熱のボトルロイヤルもクライマックス！！ コータの危機を救ってくれたボトルマンエンジニア葉加瀬カオリは、コーラマルDXを解析したいと興味津々。 そんなカオリにドン引きながらも、勝利を狙うコータはカオリと協力することに！？ 一発逆転のために、目指すは大量ポイントが獲得できるDXターゲット！！！ 一方、リョウとセイメイの二人もコータを狙って動き出す。 勝利は一体誰の手に！？

コータの前から忽然と消えてしまったコーラマルDX。 相棒を失ったことで元気がなく、ボトルバトルにも身が入らない 絶対に取り戻すと決めたコータは、街中を必死に探し回るが……。 そのころコーラマルDXを手にしたカオリはワクワクしながら解析に全力を注ぐが、エラーと表示されるのみで何も解析できない。 果たしてコータは、相棒コーラマルDXと再会することができるのか！？

コーラマルDXの解析を諦めきれないカオリは、コータにボトルバトルを申し込む！ レアキャップにつられ、コータは勝負を受けて立つ。 バトルではコータとコーラマルDXの強力なパワーが炸裂！！ しかし、弱点も浮き彫りになってしまい……。 コーラマルDXのデータが手に入って、喜ぶカオリ。 コータは苦戦しながらも、ワクワクがとまらないっ！ 追いつめられたコータはシュワッと閃く！！

コータの前に再び姿を現したセイメイ、そしてリョウ。 コータとリョウはコーラマルDXをかけてボトルバトルをすることに！？ リョウが立て続けに三連射を繰り出す一方、焦りから空回りしてしまうコータ。 負けじと締め撃ちショットを繰り出すが……！ コータとリョウ、二人の技がぶつかり合う！！ パワーVSスピード！ 勝つのはどっち！？ コータは相棒のコーラマルDXを守れるのか！！！

コータ、リョウ、セイメイでチーム戦ボトルロイヤルに参戦！？ 優勝すると元ボトルキング帆狩イオとのバトル権！ そこにボトルスター三闘神、赤牛ツバサの参戦に盛り上がるスタジアム！ 楽観的なコータ、クールさを欠いたリョウ、なれ合いを好まないセイメイ。 3人のチームワークはバラバラ。 そんな様子をモニターから見つめる怪しげな女性・帆狩マチコ。 果たして勝負の行方は？！

ボトルロイヤル中盤戦。 チーム戦に単独出場ながらも、トップを走るのは三闘神のツバサ！！ 強烈なパワーショットで圧倒的な強さを見せつける！ チームワークが取れていないコータ、リョウ、セイメイの3人チームも、優勝を目指してボトルターゲットを次々と倒していくっ！ ツバサに追いつくため、3人は大量得点のチャンスターゲットに狙いを定める！！ キメるか!?スーパーショット！！！

チャンスターゲットを撃破したものの、引き換えにセイメイがリタイアしてしまう！ ようやく息のあってきたコータとリョウ、1位を独走するツバサを追いかける！ DXターゲットでツバサは2人を仁王立ちで待ち構える。 残り時間はあとわずか！ 最後のショットをコータに託すリョウの想い！！ 勝負はツバサとコータ＆リョウチームの接戦に……！ ボトルロイヤルを制するのは果たしてどちらだ！？

あと一歩！ 届かず逃した勝利に、浮かない様子のコータ。 一方、優勝者ツバサは、先代ボトルキング帆狩イオと熱いバトルを繰り広げる！！ パワー自慢のツバサと、スピード重視のイオ。 ふたりのボトルマンが激しくぶつかり合う！ その試合を見ていたコータは、なんだかじっとしていられなくなり、さらなる強さを求めてカオリと共に特訓を開始する。 高みに向かって、シュワッとはじけろっ！！！

なんだかコーラマルDXの調子がおかしい？ カオリのドクペピオンDXと一緒に、ボトルバトルの練習に取り組むコータ。 なぜかシュワッとせず絶不調のコータは、カオリとのバトルに苦戦を強いられる。 不安にゆれるコータは、戦う気持ちがしぼんでしまう……。 そこへ突如現れたツバサの言葉が、コータの闘志に再び火をつけるっ！ 迷いをふりきったコータのショットが、まっすぐに放たれた！！

失踪中のボトルキングの捜索を頼まれたリョウ。 路地裏でボトルスター亜末ローランドと出会うや否やいきなりボトルバトルが始まる！ リョウのバトルスタイルに憎しみを感じ取ったローランドは、「美しくない」と言い放つ。 ローランドの語るボトルバトルへの思いに全く共感できないリョウ。 ふたりの異なる信念がぶつかり合うっ！ 一方、コータはツバサとの熱い修業に打ち込んでいて……！？

俺たちはスエゾウ会長をはじめ帆狩家の護衛、 そしてBMAの運営任務を行っている黒服だ！ 期待の新人、甲賀コータが現れてからどうも忙しい！ 三闘神やボトルスター、個性豊かな実力者たちも勢ぞろい。 そんななか、今や注目度ナンバーワンラッキーボーイ……いったいどこまで駆け上がる！？ キャップが大好き！うちの会長にも困ったものだ。 仕事もどんどん増えるし、俺たちの苦難は続く！

「キミとコーラマルは、狙われている……！」 イオの忠告も耳に届かず、ボトルロイヤルへの出場を決めたコータ。 自分以外はすべて敵の、このバトル！ リョウ、セイメイ、カオリ。いつものメンバーに加え、ボトルスターのローランドも続々参戦！！ フィールド内では、謎の凄まじい連射攻撃により大量リタイアが発生して……！？ さっそく波乱の大予感、連射の主は一体だれだっ？？

三闘神が一人、金士師レオがサプライズ参戦！？ 『百獣の殲滅王』レオは、独特な戦闘スタイルで次々とボトルバトラーを喰らっていくっ！ 熱いバトルを繰り広げるリョウとカオリの元へもレオの連射が炸裂っ！！ ローランドとのバトルを楽しんでいたコータだったが、 乱入してきたレオによってふたりのバトルは中断してしまう……。 逃げる獲物と追う獣、ボトルロイヤルは大荒れだっ！！！

絶好調のレオの勢いは、誰にも止められないっ！？ ツワモノボトルバトラーたちも続々退場してしまう！ 一方コータの問いかけに答えないリョウ。 怒りのままにキャップを放つも、コータは笑顔がこぼれ出る。 「お前とバトルすると、すっごくシュワッと来るんだよ」 そんなふたりのバトルに飛び込んできたのは、またもやレオっ！！ コータとリョウはレオを倒すため、共闘することに……！！！

レオとのバトル中、感情を爆発させて とびっきりの気合いを込めた必殺技を放ったコータ！！ しかし直後に倒れてしまう！？ そんな超絶ピンチのコータを助け出したセイメイ。 「こいつが絶対必要になる」と、コアボトルをコータに託す。 レオの圧倒的な強さでボトルバトラーたちは次々とリタイア！！ フィールド上に残っているのはコータとレオのふたりだけっ！ 最後に勝つのはいったいどっち！？

ついに修理代を払い終えたコータっ！ 気持ちを新たに、ボトルバトルへの想いを熱く燃え上がらせる。 ファン感謝デーのイベント会場！ コータと開いていく差に悔しさをにじませていた宰田ミツヤは、 最新式ボトルマンを手に入れるっ！ 喜びをかみしめるミツヤの前に現れたカオリが、 勝負の相手を名乗り出て……！？ コントロール勝負のボトルバトル、 勝利の女神はどちらに微笑む！？

コータVSミツヤ！！ 親友の水野イロハのジャッジのもと、ボトルバトルが始まったっ！ 高速連射のコーラマルDXスピードコアカスタムと 正確無比なコントロールのアロサイダーＤＸ。 観客が注目する中、互いに笑顔で技をぶつけ合い、 必ずコータに追いつくと誓うミツヤ！ そのバトルの様子を見ていたローランドとリョウ。 ここでもふたりの意見は食い違うが…。 果たして勝負のゆくえはっ！？

失踪中のボトルキングがこの街にいるっ！？ 突如飛び込んできたニュースをよそに、 技の練習に熱中するコータ。 そこへ、ルールに厳しいミスターフェアプレイこと 伊獣院シマンが現れる！！ 平和を愛し、力を持つ者としての義務を説くシマンに、 コータは共感できない……。 ボトルバトルの平和を守れってなんだっ！？ 意見の食い違いから、 またまたコーラマルＤＸをかけて勝負開始だっ！！