六葉町の片隅に双子の兄妹が営む小さな会社があった。宇宙人トラブル相談所、通称“ＵＴＳ”。『ネコさらい星人』を探していた王道遊飛(おうどうゆうひ)と王道遊歩(おうどうゆあむ)は、偶然迷い込んだ宇宙船で、一人の宇宙戦士＝ユウディアス・ベルギャーと出会う。

ＵＴＳを訪れた新たな依頼人。しかし、その依頼人の正体は“ＭＩＫ”こと迷惑異星人監視機構所属のエージェント、蒼月(そうげつ)マナブだった！不法滞在迷惑異星人として投降を求められたユウディアスは、自らの自由を懸けてマナブとデュエルをすることに!

六葉町で次々と巻き起こる襲撃事件。ある者はカードを眺めているときに、また、ある者はイラストを描き上げたときに、そして、ＵＴＳの八木(やぎ)さんまでもが犯人の毒牙にかかってしまう。一見、なんの関連も無さそうな被害者たちの、意外な共通点とは…。

チュパ太郎(たろう)にそそのかされ、集積所へと連れてこられたユウディアス。持ち前の身体能力でチュパ太郎が仕掛ける罠を次々と突破するユウディアスだったが、ついに捕らえられて絶体絶命のピンチに陥ってしまう。一方、慌てた様子の遊飛も集積所に現れ…。

クリーニングに出した服がびしょ濡れだったことに怒り、店長に詰め寄る遊飛。だが、その店長こそ遊飛のアースダマーを奪った宇宙人、合羽井(かわい)テルだった！合羽井にデュエルを挑む遊飛！しかし、濡れたデュエルディスクが壊れて動かなくなってしまい…。

ズウィージョウの行方を追う遊飛たちだったが、気付けば今月の収入はゼロ…。ＵＴＳの評判を上げようと、子どもたちが恐れる都市伝説の真相を突き止めることに。都市伝説の一つ“３メートルさん”を探すユウディアスは、廃工場の中で不思議な椅子を発見する。

自分の未熟さを感じたユウディアスは、ラッシュデュエルの特訓をして欲しいと遊飛に申し込む。特訓メカと特訓ＣＤを駆使してユウディアスを鍛える遊飛。次々と問題を解いていくユウディアス。一見、順調そうに見えた特訓だったが、特訓メカが暴走しはじめ…。

ムツバケーブルテレビ唯一の人気番組、『楽しく学べる・最強ゴーラッシュ！』に天才子役の安立(あたち)マニャがやってくる！マニャの幼なじみとしてデュエルの対戦役を頼まれた遊歩だったが、５年ぶりに再会したマニャの変わりように戸惑いを隠せずにいた。

安立マニャちゃんチームと御当地小学生チームのラッシュデュエル対決、第２戦の対戦相手としてマニャに指名されたのは、なんと、客席にいた蒼月マナブ！そして、そのマナブの対戦相手として現れたデュエリストは…、な、なんと！マニャの愛犬、ボチであった！

ムツバケーブルテレビのスタジオに乱入し、デュエルさせろと暴れるチュパ太郎。心配したユウディアスは対戦相手を買って出る。しかし、チュパ太郎が『魔法羊女(まほうようじょ)メェ～グちゃん』を召喚した瞬間、デュエルディスクから妖しい光が溢れ出し…。

ズウィージョウの居場所を知らないかとユウディアスに詰め寄るマナブ。どうやら先日起きたムツバケーブルテレビでの騒動にズウィージョウが関係しているらしい…。己の無力さを痛感し、自分を鍛え直したいというユウディアスに、マニャが提案する地獄の特訓とは!?

直感を信じてムツバタワーへと向かったユウディアスたちは、ついに、ズウィージョウと相対する。ラッシュデュエルとアースダマーを闘いの道具にしようとするズウィージョウ。道を外れた上官の企てを阻止するために、ユウディアスはラッシュデュエルで勝負を挑む！

ベルギャー星団の平和を求める、二人の宇宙戦士。争いを無くすために、ラッシュデュエルを学ぼうとする者。勝利するために、ラッシュデュエルを武力に変えようとする者。交錯する二つの正義。ユウディアス、ズウィージョウ、譲れない闘いに決着の時が訪れる！

ＵＴＳを訪れ、迷子になった女の子を探して欲しいと依頼する霧島(きりしま)ロンドン。その子がいなくなったのは地下にある『宇宙人居住区』だという…。遊飛たちを危険な場所に行かせたくない田崎(たざき)さんが、依頼人ロンドンとデュエルをすることに！

『ゴーハ・ユウナ』を見つけるために宇宙人居住区へとやって来た遊飛たち。捜索を始めるも『ジャージ・デビルズ』と名乗る三兄弟に行く手を阻まれてしまう。“デュエルパワー”という謎の力を懸け、ユウディアスと長男ジョウジ・ジャージのデュエルが始まる！

ジョウジから「ユウナの居場所は“情報屋”なら分かる」と聞いたものの、遊飛たちは情報屋を見つけることができず、ＵＴＳへと帰還することに。お風呂で一息ついていた遊飛だが、突然照明が消え暗闇に包まれてしまう。すると、不気味なコーラスが響き渡り…。

姿を現した情報屋フィッシャー・須海(すかい)。須海はズウィージョウとの一件以来、ユウディアスに興味を持っているらしい。ユウナの情報が欲しい遊歩は、ユウディアスの情報を取引材料として須海に勝負を挑む。二人の高度な情報戦デュエルが繰り広げられる！

“パーロン城”、そこにユウナがいるかもしれない…。しかし、パーロン城に入れるのはデュエルの最高ランク『マッチョ』のデュエリストだけ！遊飛たちはマッチョを目指してゴロツキが集まる闘技場“ゴロッセオ”を訪れる。遊飛の初戦の相手は謎の予言者ノムラトダマス！

ゴロッセオでデュエルをする遊飛たちは、マナブから宇宙人居住区には来るなと警告を受ける。そこに突然現れたＭＩＫ本部長の七星(ななほし)ランランは、乱れきった宇宙人居住区を即刻封鎖すると言い放つ！そんなランランに対し、マナブの取った行動とは…。

「アタクシのロヴィアン様に何か用ですの？」ゴロッセオで『ゴーハ・ユウナ』の手掛かりを探すユウディアスたちの前に現れた、マント姿の少女…。パーロン城の主、ロヴィアンについての情報を話してもらうため、ユウディアスがその少女にデュエルを申し込む！