富士山麓の樹海で古代遺跡“火の社”が発見された。 遺跡内の文字を解読すべくアーカムは言語学の天才・山菱理恵を米国より招聘するが、“火の社”に秘められた力を狙う二大国から特殊部隊を差し向けられる。 “スプリガン”御神苗優は、襲い来る敵から理恵を護りつつ“火の社”に向かうが、SVRの諸刃功一に理恵を奪われ、遺跡の発動を許してしまう。

アララト山中にて“ノアの方舟”発見の報を受け発掘基地に飛んだ優に、米軍“機械化小隊（マシンナーズプラトゥーン）”の隊員らが襲いかかる。 苦戦するも“スプリガン”ジャン・ジャックモンドの助力を受け迎え撃つ優。 しかし、悪魔の力を持つ男・マクドガル大佐による追撃を受けて基地は陥落、方舟を開く“鍵”を奪われ、内部への侵入を許してしまう。

“帰らずの森”に眠る不老不死の妙薬“神酒（ソーマ）”探索の指令を受けた優は、森に繋がる石窟で遺跡荒らしの染井芳乃と邂逅する。 成り行きで同行する事になった二人は森に巣食う“怨霊”や“食人鬼（グール）”と戦う中で、孤立していた“トライデント”の傭兵・暁巌と、森から脱出する迄の間の共闘関係を結ぶ。 彷徨う三人は、やがて“神酒”と森の真実に近づいていく。

発掘された古代遺物を巡って激しい銃撃戦を交わすSASとアーカム。 優達アーカムの奮闘虚しく英国本土に輸送されてしまう古代遺物、その正体は人間だけを殺し殲滅する究極の殺戮機械“狂戦士（バーサーカー）”だった。 英国の軍事施設に潜入し、起動した“狂戦士”と死闘を繰り広げる優。 手傷を負わされても構わず戦う優には任務完了を焦る別の理由があった。

アレクサンドリアでアーカムの遺跡発掘調査を指揮していた川原正三が何者かに殺害され、発掘品の“水晶髑髏”が奪われた。 現地に飛んだ優は、そこで出会った川原の娘・鈴子に父の死はアーカムのせいだと責められる。 そんな中、刺客に襲われる二人。鈴子を護りながら“水晶髑髏”を追う事にした優は、事件の黒幕が“水晶髑髏”の秘めた力を欲するとある組織だと突き止める。

太平洋上に四十年振りに“幽霊島”が現れたとの報を聞いた優は、最新鋭船ロシナンテの船長フォスターと共に航海に出る。 芳乃の途中乗船や米海軍を抱き込んだ“トライデント”のラリー・マーカスンから攻撃を受けつつも、無事島に辿り着く一行。 “幽霊島”に上陸した優は巨大建造物や時を超えた漂着物の中で、思いも掛けない人物と再会する。