播磨の港を訪れた武蔵、鐘巻小次郎、服部つぐみ。そこには淡路島を飲み込む巨大鬼神「砲戦竜・八岐大蛇」討伐を目指す上杉武士団と、上杉の傘下である島津秋弘・尼子勝巳ら各国の武士たちの姿があった。偶然にも武田武士団団長・武田尚虎と再会を果たした武蔵たちは、鐘巻自斎の話を聞き出すべく、上杉武士団団長である上杉竜臣に近づこうとする。しかし、竜臣の部下・直江兼竜から不審者の嫌疑をかけられ……。

上杉連合の一員として徴兵され、鐘巻小次郎・服部つぐみと引き離されてしまった武蔵。ひとり送られた兵舎では、武蔵と同年代の武士である島津武士団当主子息・島津秋弘と尼子武士団当主子息・尼子勝巳が、どちらが小隊の指揮を執るかで対立していた。武蔵も自ら加わり、三すくみの状態となる。さらに空気が最悪のまま、小隊は淡路島沖へ第一陣として出陣することが決まる。 脚 本：國澤真理子 絵コンテ：鎌仲史陽 演 出：村山 靖 総作画監督：松本文男、崎本さゆり 作画監督： 星山企画、Lee Sejong、Kim Jeonglim、Min Hyunsuk、Lim Sunhee、Oh Seunghun、古澤貴文、福世孝明、岡 辰也、松本文男

巨大鬼神「砲戦竜・八岐大蛇」が生み出した小鬼・緑色鬼「口裂鬼」との戦いで自分の無力さを痛感した武蔵。悩む武蔵の前に現れたのは、尼子勝巳だった。「君は強くなれる」――勝巳の言葉に励まされ、決意を新たにする武蔵。一方で猿渡みちるとの距離が縮まり、嬉しい武蔵。しかし、みちるには秘密があった……。 脚 本：國澤真理子 絵コンテ：冨永恒雄 演 出：冨永恒雄 総作画監督：崎本さゆり、松本文男 作画監督： 星山企画、Lee Sejong、Kim Jeonglim、Min Hyunsuk、Lim Sunhee、Oh Seunghun、古澤貴文、福世孝明、岡 辰也、松本文男

上杉連合に忍び込んだ敵の間者として、軍師・宇佐美黒子に捕らえられてしまった武蔵。処刑場で磔にされた武蔵の前に立ちはだかったのは島津秋弘だった。「お前は邪魔な障害物だ」――武蔵の首元に、秋弘の鬼鉄刀が迫る。その時突如、言葉を操る「鬼」の大群が処刑場を襲撃。彼女たちはみちるを「姉」と呼ぶのだった……。 脚 本：國澤真理子 絵コンテ：なかの★陽 演 出：村山 靖 総作画監督：松本文男、崎本さゆり 作画監督：福世孝明、古澤貴文、Lee Sejong、Kim Jeonglim、Min Hyunsuk、Lim Sunhee、Oh Seunghun、岡 辰也、松本文男

奇襲をしかけてきた「鬼」と激戦を繰り広げる上杉武士団。しかしあと一歩のところに黒曜石の八人の一人、犬飼四郎が現れる。その手には、上杉竜臣の鬼鉄刀が握られており……。さらには四郎の仲間・犬川静六も戦いに加わり、直江兼竜の前に立ちはだかる。一方、四郎の技で淡路島に飛ばされた武蔵は、みちると共に犬田八咫郎と対峙する。 脚 本：國澤真理子 絵コンテ：柳沢テツヤ 演 出：冨永恒雄 総作画監督：松本文男、崎本さゆり 作画監督：古澤貴文、福世孝明、Lee Sejong、Kim Jeonglim、Min Hyunsuk、Lim Sunhee、Oh Seunghun、岡 辰也、松本文男

竜臣を奪われ、八岐大蛇と四郎・静六によって壊滅状態に追い込まれる上杉武士団を救うため、直江兼竜は、「黒曜の女神」の力を解き放つと伝わる上杉の秘宝を武蔵に差しだす。秘宝を前に、武蔵は敵の武士と戦う決意を新たにするのだった。そして「淡路島奪還作戦」が動き出す。八岐大蛇の討伐、上杉竜臣の救出、黒曜石の八人の討伐。３つを平行して行うため、軍師・宇佐美黒子の采配の下、ついに反撃に動く武蔵たち。果たしてその策とは。 脚 本：國澤真理子 絵コンテ：なかの★陽 演 出：村山 靖 総作画監督：松本文男、崎本さゆり 作画監督：岡 辰也、星山企画、Lee Sejong、Kim Jeonglim、Min Hyunsuk、Lim Sunhee、Oh Seunghun、古澤貴文、福世孝明、松本文男

宇佐美黒子と犬川静六の軍師対決は、黒子の勝利に終わる。しかし、ここからが本当の戦いであった。上杉武士団赤刀一位の誇りをかけて戦う直江兼竜の前に、刀気を糸のようにして操る静六が立ちはだかる。さらに日ノ本最強と謳われる「五傑将」の１人武田尚虎は、底知れぬ力を持つ男・犬飼四郎と再び刀を交える。そんな中、武蔵は犬田八咫郎の下へと走る。今度こそみちるを救い出すために。

謎に包まれていた犬飼四郎の力の秘密が、ついに明かされる。四郎は過去にもほとんど存在しない白い刀輪の持ち主、最強と言われる白刀武士だったのだ。青刀武士である武田尚虎を「ハズレの色」と笑う四郎だったが、尚虎は「青刀でも最強になれることを証明してやる」と不敵な笑みを浮かべる。一方武蔵たちは、犬田八咫郎との戦いのため淡路島・諭鶴羽山の深部へ向かうが……。 脚 本：國澤真理子 絵コンテ：なかの★陽 演 出：村山 靖 総作画監督：松本文男、崎本さゆり 作画監督：岡 辰也、南 伸一郎、阿形大輔、粟井重紀、古澤貴文、福世孝明、星山企劃、Lee Sejong、Kim Jeonglim、Min Hyunsuk、Lim Sunhee、Oh Seunghun、松本文男

諭鶴羽山最深部に辿り着いた武蔵たちを待ち受けていたのは、鬼神と同化し、八岐大蛇と化した犬田八咫郎だった。その力は強大で、一撃で多くの連合武士を消し去ってしまう。弱点である真角を破壊すべく、島津秋弘ら島津兄弟が刀気を繋ごうとするも、刀へと姿を変えた八咫郎の娘たちに阻まれ、刀気を繋ぐことができない。刀気の連携に参加できない武蔵は、自分に出来る形で彼らに加勢しようとする。 脚 本：國澤真理子 絵コンテ：西嶋克彦 演 出：冨永恒雄 総作画監督：松本文男、崎本さゆり 作画監督：古澤貴文、福世孝明、星山企劃、Lee Sejong、Kim Jeonglim、Min Hyunsuk、Lim Sunhee、Oh Seunghun、岡 辰也、阿形大輔、粟井重紀、松本文男

鬼神との戦いが激化するにつれ島津兄弟の仲が険悪になっていく。好転しない状況にいら立つ秋弘は、ついに兄弟たちと衝突し、とうとう孤立してしまう。そんな彼らの様子に武蔵は引っ掛かりを覚える。兄でありながら青刀武士の春久と、弟でありながら赤刀武士の秋弘。二人の過去に何があったのか――。そんな中、秋弘は一人、鬼神へと向かって行く。果たしてその本心は――。 脚 本：國澤真理子 絵コンテ：冨永恒雄 演 出：村山 靖 総作画監督：松本文男、崎本さゆり 作画監督：岡 辰也、阿形大輔、西川真人、古澤貴文、福世孝明、松本文男

ついに巨大鬼神・八岐大蛇の真角を破壊し、「淡路島奪還作戦」は成功したかのように思われた。しかし、鬼神撃破後、本来なら鬼鉄刀に吸収されるはずの鬼鉄は、何故かどこかへと吸い込まれていく。竜臣救出の任に当たる小次郎・つぐみら別動隊も依然、戻って来ず、さらにみちるの姿も見当たらない。みちるを救出すべく、山頂へと向かった武蔵たち。彼らを待ち受けていたのは、宙に浮く黒い刀だった。 脚 本：植竹須美男 絵コンテ：なかの★陽 演 出：冨永恒雄 総作画監督：松本文男、崎本さゆり 作画監督：福世孝明、古澤貴文、星山企劃、Lee Sejong、Kim Jeonglim、Min Hyunsuk、Lim Sunhee、Oh Seunghun、岡 辰也、粟井重紀、松本文男

いよいよ決戦の時を迎えた。黒曜の女神の力を得た武蔵は、捨て身で鬼神と化した八咫郎に向かって行く。武蔵の勝利を信じて祈るつぐみ。果たして、勝負の行方は――。武蔵はみちるを取り戻すことができるのか！？小次郎は父・自斎の謎を解き明かすことができるのか！？そして、淡路島奪還作戦に関わったすべての武士たちが願った「誓い」とは――。 脚 本：國澤真理子 絵コンテ：柳沢テツヤ 演 出：村山 靖 総作画監督：松本文男、崎本さゆり 作画監督：岡 辰也、阿形大輔、福世孝明、星山企劃、Lee Sejong、Kim Jeonglim、Min Hyunsuk、Lim Sunhee、Oh Seunghun、松本文男