調たちの所属する部活が廃部に!? 浦和第三高校の鉄道部はどうなる…？

生徒会長から廃部を告げられた鉄道部。 廃部撤回のための条件とは…？

廃部撤回の為に出場を決めた「鉄道甲子園 埼玉県予選」の必勝祈願に氷川神社にきた調、常盤、南。祈願前にご当地グルメを楽しんでいた３人の前に、謎の５人組が現れる。

謎の５人組は、調たちをライバル視する聖大宮女学院の鉄道部員たちだった！部長の“お嬢”こと桜木錦がなぜ高砂調を目の敵にするのか、その理由が明かされる？！

「鉄道甲子園」の壮行会に大宮公園にやってきた調、常盤、南。またも３人の前に現れた聖大宮女学院の錦と南が前哨戦をおこなうことに。そこで行われた競技：UWAAR（ユーワール）とは？

突如現れる宇宙空間。迷い込んだのは三室美園。そこに聖大宮女学院の“宇宙少女”清河寺栄が現れ、壮絶な宇宙科学バトルが繰り広げられる！

「鉄道甲子園 埼玉県予選 準決勝」勝ち進んできた浦和第三高校と聖大宮女学院が直接対決！初戦の競技は「埼玉県大盛りグルメ 大食い対決」全く鉄道が関係ない競技に勝利したのは？？

「鉄道甲子園 埼玉県予選 準決勝 ２試合目」大宮盆栽村でおこなわれる植物クイズで対決！浦和の部長：道祖土緑と大宮の寿能栽子が互いの知識を駆使して戦う！！

「鉄道甲子園 埼玉県予選 準決勝 ３試合目」３試合目は大宮：荒神東、浦和：上木崎常盤がラップバトルで対決！完璧な理論的ラップで浦和勢の前に立ちはだかる東に大苦戦の常盤。そんな中、助っ人が現れ、、、

「鉄道甲子園 C 準決勝 ５試合目」最終対決は、最後まで鉄道が関係なかった自転車競技！浦和：高砂調、大宮：桜木錦が直接対決！！はたして勝利はどちらの手に！！！

「鉄道甲子園 埼玉県予選 準決勝」は聖大宮女学院が勝利。敗戦し、とぼとぼと浦和の商店街を歩く調、常盤、南は、同じく元気のない聖大宮女学院の５人と出くわす。