どこにでもいるごく普通の高校生・柏樹朝は、ある日たまたまつけたテレビでおかしな占いを目にする。奇妙に思ったものの、遅刻寸前で慌てて家を飛び出した朝。しかし、その道中、占いを思わせる場所で、彼は５人の少女たちと最悪な形の出会いを果たす。

愛生から衝撃的ともいえる告白を受けた朝。しかし愛生はなぜか突然、朝の前から逃げ出してしまう。わけがわからないまま帰路につく朝だったが、そんな朝の前に、出会ったばかりの少女たちが次々と現れて、謎めいた行動を取り始める。

ひとつ屋根の下で暮らすことになった朝と５人の少女たちは、その日も早朝から大騒ぎ。なかでも負けん気の強いアメリアは、場を引っかきまわしてばかり。そして、ある日の国語の授業中、アメリアは皆の前でとんでもない間違いをおかしてしまう。

買い物に出た愛生、モンファ、イリヤの三人は、福引きの抽選で温泉旅行を引き当てる。期待に胸を弾ませ宿を訪れた朝たちだったが、目の前に現れたのは今にもつぶれそうな古びた温泉旅館だった。男女で分かれて泊まることになるが、なぜかイリヤは困惑する。

モンファ先生は、生徒たちの憧れの的。しかし、そんなしっかり者の教師の姿も学校にいるときだけで、家に帰ったあとのモンファは気が抜けたようにぐうたら三昧。いつものように、モンファがソファで眠りこけてしまったその日、朝の部屋に謎の侵入者が現れる。

コンビニで買い物をした帰り道、朝は怪しげな飛行物体に襲われる。危機一髪の朝を助けてくれたのは、謎の少女だった。朝が好雄を相手に、そんな出来事の話をしていると、再び怪しげな飛行物体が教室の外に現れ、好雄はその物体からの攻撃を受けてしまう。

夏を迎えた朝たち一同は、好雄の計らいで海辺の別荘にバカンスへと向かう。しかし、その途中に起きた哀しいアクシデントにより、好雄は離脱。結果、朝たちだけで夏の海を満喫することに。皆で楽しい時間を過ごす朝たちだったが、そこには何か違和感があって……。

いつものように自室で目を覚ました朝は、遅刻寸前の時間に、どうして誰も起こしてくれなかったんだと不満を覚える。急いで学校へと向かった朝は、なんとか時間に間に合い、教室に飛び込んで席につくが、そんな朝に周囲の生徒は奇妙な目を向ける。

いつものように朝が朝食をとっていると世界的なネットワーク障害のニュースが流れてくる。そんなニュースをよそに、自室に戻った朝を訪ねてきた人物がいた。その人物は、朝に今この世界で起きている現象について話し始める。

すっかり様変わりしてしまった街を、好雄とふたりで立ちはだかる障害を乗り越え、アメリアたちのもとに向かった朝。久々の邂逅に喜びあったのも束の間、一同は大切な人を救うため、危険のただ中に足を踏み入れる。そこに待っていたのは、予想を越える危機だった。

覚悟していたとこととはいえ、哀しい別れを前にして悲嘆にくれる朝たち。しかし、時間は待ってはくれない。もはや引き返すこともできない一同は、それぞれの想いを胸に、さらなる危険が待つ場所へと足を進めてゆく。

ついに目的の場所にたどり着いた朝の前に現れたのは愛生だった。いつもの様子を取り戻した愛生の導きによって、朝は大切な人のもとへと向かう。しかし、その道中に朝が目にしたのは、彼の知らなかった大切な人の記憶と想いだった。