好奇心旺盛なぷにるんず・あいるんは、小学４年生の女の子・ゆかと一緒にくらしている。今日も、ぷにぷにの『あっぷにぱい』を作ってもらい大満足のあいるん。 すると、ゆかのパパの叫び声が聞こえてきた。新しいパンのアイディアが浮かばずに悩んでいるパパ。ゆかの家は、町のパン屋さんなのだ。 さっそく友だちのぷにるんずを呼び、みんなでパンのアイディアを考え始めるあいるん。でも、それはおかしなものばかりで……。

ゆかのところに、親友のあおいが血相を変えてやってきた。 ぷにるんずの赤ちゃん『べびるん』をひろったのだが、どうしていいかわからず、ゆかに相談に来たらしい。 お風呂やごはん、ぷっきんぐなど、あおいにぷにるんずのお世話の仕方を教えるゆかとあいるん。 すると、べびるんは、『きいるん』へと成長した。 あおいも同じようにお世話をするが、なぜかきいるんはなつかない。 ゆかとあいるんのもと、特訓を開始するあおいだが……。

ひょんなことから、ぺいるんとしょうるん、 ２人合わせて『ぺこぷに』になってしまったお笑いコンビのぺこぱ。 もとのすがたにもどるヒントを探すため、２人はぷにの世界を旅する。 「もとにもどるには、ぷにぷにされなければ！」そう思った２人は、 旅の途中で出会ったあいるんたちと交流を深めながら、ぷにぷにし合う。 しかし、なぜかぺこぱには戻れない。 あきらめかけた その時、２人の前に学校から帰ってきたゆかが現れて……。

もうすぐ運動会。しかし体育が苦手なあおいは、 「自分も、えねるんみたいに運動神経がよかったらなぁ」と、気分が晴れない。 そんな時、運動会というものに興味を持ったぷにるんずは、いろんな種目で競い合っていた。 一生懸命、えねるんを応援するあおい。 しかし、おっちょこちょいなところが裏目に出て、失敗ばかりのえねるん。 がっかりするあおいだが、負けても楽しそうなえねるんを見て、気持ちに変化があらわれはじめる。

ゆかとあおいの写真を見ているぷにるんず。でも、昔の写真にあいるんの姿がない。 そういえば、あいるんとゆかちゃんの出会いって、どんな感じだったの？ 気になるぷにるんずに、ゆかは語り始める。 あれは、よく晴れた日だった。 こむぎと公園に行ったゆかは、ひとりでブランコに乗るあいるんと出会う。 はじめて頭をぷにぷにとなでてあげた時、２人はその感触に衝撃を受ける。 そこから、あいるんとゆかの不思議な交流が始まった。

もうすぐ、あおいちゃんの誕生日。 おいしいケーキを作ってあげたいゆかは、ママの秘密のレシピから『隠し味』の情報を盗み出そうと考える。 ママに見つからないよう、隠し味が書かれたノートを奪うのだ！動き出すエージェントぷにるんず！ しかし数々の障害が、彼らの前に立ちはだかる！ ぷにるんずはミッションを成功させることができるのか⁉ ゆかは最高のケーキを作れるのか⁉ そして、ママの『隠し味』の正体とは⁉

あいるんたちの前に、とってもイタズラっ子のぷにるんず『とげるん』があらわれた。 体のトゲで風船をわったり、あいるんの背中にチクッとしたり。 いろんなイタズラをしかけては、シシシ！と笑いながら逃げてゆくとげるん。 これには、あいるんたちもプンプン！ ゆかは、あいるんたちの怒りをおさめるため、ぷにんあらもーどを作ってあげることに。 ようやく笑顔がもどるあいるんたち。しかし、そこにも とげるんがあらわれて……。

明日から、泊まりがけで出かける予定のゆかの家族。 あいるんはワクワクしすぎて、なかなか寝つけない。 そして、次の日――。目が覚めてガーン！とショックを受けるあいるん。 なんと、自分だけ家においていかれてしまったのだ！ そこに遊びにきたえねるんたち。だが、あいるんのすがたを見て、ビックリ。 なんと、さびしさで体がドロ～ンととけていたのだ。 元のすがたにもどしてあげようと、がんばるえねるんたちだが……。

今日はクリスマス。はりきってパーティの準備をしているゆか。 だが、ふとクリスマスツリーのてっぺんの星かざりがないことに気づく。 ――と、そこにあらわれたのは、星のようなめずらしいぷにるんず『はぴるん』。 だれにも見つからず、みんなをハッピーにするのが、はぴるんのお仕事。 でも、あっさりとあいるんに見つかってしまう。 そこではぴるんは、あいるんと協力しクリスマスツリーの星を見つけようと動き出すのだが……。

朝、あいるんが目覚めると、なぜか全身が黄色に変わっていた！ 原因がわからず、とまどうあいるん。 そこにやってきたえねるん・らぶるん・うるるん・くーるんを見て、さらにビックリ！ みんなも色が変わっていたのだ。 体の色を入れかえっこして、楽しむぷにるんず。 しかし、あいるんはとげるんと色が入れかわったことで、ゆかに気づいてもらえなくなってしまう。 どうにか元の色に戻ろうと、奮闘するあいるんだが……。

居眠りをしていたあいるんは、目覚めておどろく。 クッションと思って寝ていたのは、こむぎの背中の上だった。 そのまま散歩に出かけるこむぎ。あいるんもこむぎに乗ったまま、外の世界へ飛び出してゆく。 いつもとは違って見える風景に、キラキラと目を輝かせるあいるん。 しかし、とげるんのイタズラにおどろいたこむぎが暴走してしまう！ こむぎを止めようとするぷにるんず。果たして、その結末は……！？

ゆかとあおいはぷにるんずのため、ごちそうを準備している。 そこにとげるんがあらわれ、料理の材料にイタズラをしかける。 その結果、変な色のあっぷにぱいが完成。 えねるんたちは驚くが、あいるんは気にせずに食べてしまった。 そして次の日。なんと、あいるんの体が大きくなっていた。ゆかは、いつも以上にぷにぷにできて大喜び。 しかし、あいるんの巨大化は止まらず、ついには家くらいの大きさになってしまい……。

今日は学校で『合唱』の練習があると言って、出かけていくゆか。 学校について、もっと知りたいあいるんたちは、もの知りなぷにるんず・ぴかるんを呼ぶ。 人間が学校でどんなことを勉強しているのか？ぴかるんが先生となって、みんなに授業開始。 算数や理科の問題を出すも、あいるんたちの回答はおかしなものばかり。 しかし音楽の授業中、実は歌を歌うのが苦手…という、ぴかるん先生の弱点が明らかになって……。

おそろいの帽子で出かけるぷにるんず。 『ぷにっとジャンプ』という、ジャンプしてゴールを目指すアミューズメントを楽しむためだ。 その頃、ゆかはなわとびの練習をしていた。実は、なわとびが大の苦手なゆか。 そこにぷにるんずが帰ってくる。――と、あいるんの不注意で、うるるんの帽子がカラスにとられてしまった！ あいるんは帽子を取り返すため、ゆかはなわとびのテストで合格するため、特訓を開始する！

ささいなことが原因で、ケンカをしてしまったゆかとあおい。 あいるんとえねるんは、そんな２人が超～心配。 そこで、あいるんとえねるんは、らぶるんに相談。 らぶるんは、ゆかのママから教わった「大切な人におくり物をして、気持ちを伝える日」である『バレンタインデー』のチョコレートを使って、ゆかとあおいを仲直りさせようと思い立つ。 ぷにるんずは力を合わせ、らぶるんの作戦を成功させることができるのだろうか？

今日はパン屋のお休みの日。ゆかはママと一緒にお買い物へ出かける。 パパはお留守番をして、あいるんの面倒を見ることに。 昨日まで忙しかったのでゆっくりしようとするが、そこにえねるんたちが遊びにやってきた。 ゆかと違ってぷにるんずの言葉がわからないパパは、慣れないおせわに大苦戦！ パン作りのうでを活かし、ぷっきんぐにも挑戦しようとするのだが……。 はたしてパパは、ぷにるんずと仲よくなることができるのだろうか？