はるか遠い異世界――世界を救うため、「災厄潰し」と呼ばれる英雄シャグルアは希代の死霊使い（ネクロマンサー）「屍神殿」に立ち向かう。 熾烈な戦いの末にシャグルアが屍神殿を打倒したかに見えたその時、魔術が発動し周囲は光に包まれる。 その瞬間、魂は遠い異世界へ転移し現代の新宿で「四乃山ポルカ」という少年の体で目覚めていた。 喉を切り裂かれ、殺害されたばかりの体で新宿の街をさまよっていた彼は、一人の少女に救われる。 崎宮ミサキと名乗ったその少女と対峙しているうちにポルカの記憶が徐々に蘇ってくる。 四乃山ポルカを殺害したのは目の前の少女、「崎宮ミサキ」だった。 再びポルカを殺そうと、彼女は襲いかかってくる。

平穏を求めて現代新宿に転生を果たした死霊使い「屍神殿」。 四乃山ポルカの体に転生した彼は、襲い掛かってきた少女・崎宮ミサキを退けようとして意図せず殺害してしまう。 その光景をドローンで撮影していた「情報屋・繰屋匠」の知らせを受けて「仲介人・クラリッサ」がポルカの元を訪れる。 彼女たちが見たのは、絶命したミサキの体を魔術によって「直そう」としているポルカの姿だった。 予想外の光景に困惑しポルカに武器を向けるクラリッサの部下たち。 一触即発の空気の中、サイレンの音が鳴り響く。 子供たちが火事に巻き込まれていることを知ったポルカは救出のため火災現場のビルへと飛び出していく。

「拷問ビル」に住むことになったポルカは、仲間となった繰屋匠と崎宮ミサキとともに、どうすれば平穏に日々を過ごすことができるか模索する。 そこへ「殺し屋殺し」のミサキへ仕事を依頼したいという男が訪れる。 依頼人は以前ミサキが消した殺し屋の陣場の仲間たちを始末してほしいと言うが、それは陣場の仲間の仕掛けた罠だった。 突如として待ち伏せしていた男たちの襲撃を受けるミサキ。 なんなく襲撃をかわしたミサキだったが、背後から依頼人の男の放った銃弾に身体を撃ち抜かれてしまう……。 一方、ポルカの引き起こした異常な事件を捜査するため、新宿署生活安全課第三資料編纂係――通称「三纂」の刑事たちが動き始めていた。

表沙汰にしがたい、公表しても信じてもらえないような奇怪な犯罪――新宿署生活安全課第三資料編纂係、通称「三纂」はそんな事件を専門に取り扱っている。 係長「岩野目ツバキ」を始めとする三纂メンバーたちはそのような犯罪者のことを「厄ネタ」と呼び、未解決事件を追い続けている。 そんな三纂の捜査対象に新たに加わったのが、火災現場に現れた骨、「固結び」された男たち――ポルカの引き起こした事件であった。 三纂の刑事「荒瀬耿三郎」はポルカとミサキに出会い、ミサキが「固結び」事件の関係者であることを見抜く。 一方クラリッサを疑う岩野目はバー「夭桃孤狼」で彼女を問い詰めていた。 そこにポルカとミサキが訪れてしまう。

暗闇の中、レミングスと対峙するポルカたち。 レミングスはミサキを連れ去ろうとするが、岩野目たちに魔術を見られること、レミングスと対決することで平穏が遠のくことに葛藤するポルカは即座に動くことができない。 ミサキを見捨てて逃げるべきだと考えるポルカだったが、逃げ去ろうとするレミングスに魔術を行使しミサキを取り戻す。 レミングスを退けたポルカは、平穏を得るためには力が必要だと悟り、5年前に死んだ「細呂木」という人物の霊をシャーペンに憑依させ、ともに占いの仕事を始めることを決意した。 匠や細呂木の協力により順調に稼ぎをあげる占い屋に、「四乃山華月・紫月」の双子の姉弟が訪れる。

ミサキを伴い四乃山家を訪れたポルカは「四乃山尊」ら四乃山家の親族たちと出会う。 ポルカの父である四乃山呂算に、ポルカ本人でないことを見破られ問い詰められるポルカだったが、華月と紫月の身に危機が迫っていることを察知し救出に向かう。 二年前、親戚の五郎の命を受け二人の姉・涼火を殺害した「火吹き蟲」が、今度は双子の命を狙っていたのだ。 炎に追いつめられた双子だったが、ミサキとポルカが救出する。 警察に捕らえられた火吹き蟲の乗せられたパトカーの天井に炎の文字が刻まれていく。 それは「本物の」火吹き蟲が現場に残すメッセージだった。 怯える「偽の」火吹き蟲の身体が炎に包まれていく。

ポルカは自らが転生した異世界の人間であることを呂算に打ち明け四乃山家を去った。 東京拘置所では「厄ネタ」の一人である愉快犯「怪人ソリティア」に岩野目と荒瀬が面会し、「火吹き蟲」について聴取を行っていた。 ビル火災の犯人が偽物の火吹き蟲であることを見抜いていたソリティアは、本物の火吹き蟲が現れたという知らせを聞き、岩野目と荒瀬の目の前で姿を消し脱獄を果たす。 ラジオやテレビの放送を乗っ取り、自らが脱獄したという事実を知らしめ、一週間後に新たな騒動を巻き起こすことを予告したソリティアは、本物の火吹き蟲を呼び出し対峙する。 その夜、ポルカの元に、突然四乃山小夜が付き添いの小幽を連れて現れる。

ポルカの元に部屋を焼け出された「四乃山小夜」がやって来た。 彼女は、今日からポルカの住処であるこの拷問ビルに住むという。 それは、四乃山の身内とその護衛を派遣することでポルカたちに便宜を図ろうという呂算の計らいでもあった。 小夜と、付き添いの「小幽」が加わり、ポルカたちの新たな生活が始まる。 しかし、ポルカの正体が偽物であると知っている小幽は心酔する呂算の命とはいえポルカをも護れと言われたことに納得していない。 その正体を暴こうと、小幽は夜な夜なポルカたちの会話を盗聴していた。 一方、事件の渦中にポルカがいることに気づいた岩野目は、ポルカの占い屋を訪れ自分を占うようポルカに依頼するのだった。

ポルカは無難に岩野目の占いをこなしていた。 しかし、細呂木が紙に書きつけたメモを見た途端に岩野目の態度が変わる。 紙に書かれていたのは、とある人と岩野目だけしか知りえないはずのマークだった。 岩野目はクラリッサを問い詰める。 占いで託されたメモの内容を唯一知りうる人物――細呂木は生きているのではないかと。 生前は監察官として岩野目と仕事をしていた細呂木は、占いを利用して岩野目に重要な情報を託したのだった。 一方ソリティアもまたそのマークにたどり着き、動く。 犯行予告当日、新宿の空に無数の飛行船が浮かぶ。 機体に描かれたマークを見てポルカは驚愕する。 それは、ポルカがいた世界の――滅びた帝国の国章だった。

ソリティアが飛行船に描いてみせたマークは、ポルカの大切な思い出である帝国の紋章、そして細呂木が岩野目に託した重要な手がかりである記号に酷似していた。 飛行船上で狙撃されたソリティアは、警察内部に謎の組織が入り込んでいるとネット上の動画で訴える。 動揺するポルカは小夜に転生や帝国の話を聞かれてしまい、全てを打ち明けることとなる。 帝国のマークを穢す者を見過ごすことはできないというポルカ。 情報をつかむため、警察にハッキングをしかけた匠は、岩野目が細呂木に関する情報を追い求めていることを知る。 そして匠のハッキングを察知したソリティアは、新宿にある占い屋の存在を知るのだった。

変装して占い屋を訪れたソリティアの質問に答え、ポルカは飛行船のマークには横線を一本足す改変が加えられているという事実を述べる。 マークの真実の姿を知るポルカは何らかの形で自分を狙撃した組織にかかわっていると考えたソリティアは、手がかりを得るため、深夜、拷問ビルの屋上に侵入するもすぐに襲撃を受ける。 襲撃したのは侵入者に気づいた小幽だった。 その頃目覚めたポルカは壁に炎で刻まれた火吹き蟲のメッセージを目にしていた。 しかも直接電話をかけてきた火吹き蟲は「貴様もサバラモンドの落とし子か」とポルカに問いかける。 一方、小幽とソリティアが交戦していることを知った四乃山尊は、混沌の場を制圧すべく動き始める。

力を用い、火吹き蟲を探し出そうとしたポルカは屋上にいるソリティアと小幽の存在を察知する。 交戦を続けていた小幽とソリティア、その二人の間に割って入るように突如としてレミングスが降り立った。 一方ビルの前には「火の用心」と書かれたレインコートを着た女子高生が携帯電話を手に佇んでいた。 元いた世界の大事な思い出が汚されている。そう感じたポルカはこの場を制圧するため魔法陣を発動する。 異変を感じたソリティアは煙幕を張りこの場からの脱出を図る。 そこには煙の中に浮かび上がったのは無数の手――ポルカの死霊術「見えざる手の群れ」があった。 その姿はその場にいた者たちの目にとまり、更なる混乱を巻き起こすこととなる。