状态：已完结
季：2023 春季
位于东京八丈岛临海所建的海洋设施「太平洋浮标」，
为了正式启动连结世界各地警察机构的即时影像监视器系统，因此广邀世界各国的工程师，为连接欧洲刑警机构的监控网路系统来进行共同研发，而应用脸部辨识的某个「新技术」也同时一并进行了测试。
另一方面，在园子的招待下，柯南与少年侦探团也为了赏鲸来到八丈岛。柯南接到冲矢昴(赤井秀一)的电话，得知欧洲刑警机构职员在德国被琴酒杀害的消息。对此深感不妙的柯南，决定跳上开往「太平洋浮标」的专属警备艇企图潜入设施，而黑田兵卫等警视厅相关人员正好也在艇内。
此时，设施内正为了启动系统而进行各种准备，却发生了女工程师遭黑暗组织绑架事件！而她所持有的记录着某个重要情报的USB也不幸落入黑暗组织手中…。
深海中发出令人颤栗的金属摩擦声，而在八丈岛过夜的灰原身旁也出现不明黑影，悄悄地逐步逼近……
当绝不能碰触的<黑盒子>被开启时，
遭封印的过去，如今浮出水面――