新学期、忍術学園へ登校するため、待ち合わせをした乱太郎、きり丸、しんべヱ。だがしんべヱの後に、しんべヱのパパと妹のカメ子がついてきた。帰ってもらおうと声をかけても、なぜか二人はいつまでもついてきて……。

休み明け、教室でおしゃべりしている一年は組の忍たまたち。きり丸は、休み中の土井先生と隣（となり）のおばちゃん、大家（おおや）さんの話を。しんべヱは、堺（さかい）の港に山田先生がやってきたときのことをみんなに話す。

くの一教室のユキ、トモミ、シゲは、乱太郎たちが山本シナ先生にほめられたという話を聞いた。自分たちも山本シナ先生にほめられたいと思ったユキたち。勉強も実技（じつぎ）も、もっとがんばろうとするのだが……。

乱太郎、きり丸、しんべヱは、茶店でおかしなうわさを聞いた。それは、合戦場（かっせんじょう）で、乱太郎のニセ者が出たというもの。さらに、きり丸のニセ者が出たという話も。しんべヱのニセ者も出るのではと思った３人は、ニセ者さがしに行くことにする。

事務（じむ）の小松田（こまつだ）さんは、忍術学園に侵入（しんにゅう）した忍者に、忍術学園名物だといわれた。すっかりうれしくなるものの、小松田さんの夢（ゆめ）は忍者になること。小松田さんは、忍者の修行（しゅぎょう）の旅に出ようかと考える。

きり丸としんべヱの寝言（ねごと）を聞いた乱太郎は、ふと忍術学園に入学したばかりのころを思い出す。その日、乱太郎は初めて忍たま長屋の自分の部屋へ行き、きり丸、しんべヱといっしょにくらすことになったのだ。

予習が大好きな浦風藤内（うらかぜとうない）先輩は、剣術（けんじゅつ）の授業（じゅぎょう）にそなえて予習することにした。だれか強い剣士（けんし）を見つけて弟子（でし）入りしたいと出かけていく浦風先輩。だが、そこで出会ってしまったのは……？

山田利吉（やまだりきち）さんに会うため、突庵望太（とつあんぼうた）のひいじいちゃんが、忍術学園へやってきた。レジェンドとよばれるほどの一流忍者である突庵望太のひいじいちゃん。利吉さんに、とあるたのみごとをする。

これまで八方斎（はっぽうさい）が、体をはって自分を守ってくれていたことに気がついたドクタケの殿様（とのさま）。もしかして自分は八方斎に感謝しなくてはいけないのではと思い、何気なくプレゼントをしようとする。

七松小平太（ななまつこへいた）先輩にふり回され、よごれながら塹壕（ざんごう）ほりをする時友四郎兵衛（ときともしろべえ）先輩。それを見た平滝夜叉丸（たいらのたきやしゃまる）先輩は、自分が次の委員長になったら、体育委員会をもっと美しい委員会にしたいと考える。

しんべヱのパパが、乱太郎たちを尼崎（あまがさき）の別荘（べっそう）へ招待（しょうたい）してくれることになった。尼崎へついた乱太郎たちが、さっそくあたりを見て回っていると、なぜかあちこちに忍術学園の先輩たちがあらわれる。

方向オンチの神崎左門（かんざきさもん）先輩と次屋三之助（つぎやさんのすけ）先輩が、手裏剣（しゅりけん）を遠くへ飛ばしてしまった。手裏剣をさがしているうちに、裏山（うらやま）まで来てしまった２人。そこで、たきぎ拾いに来ていたしんべヱと会う。

食堂（しょくどう）でお昼ごはんを食べる乱太郎、きり丸、しんべヱの３人。食堂では、安藤（あんどう）先生と、安藤先生そっくりな娘（むすめ）さんもごはんを食べていた。安藤先生の娘さんが、ひさしぶりに忍術学園に来ていたのだ。

沢（さわ）の水をくみ、近くの家へ運ぶアルバイトをすることになったきり丸。乱太郎、しんべヱにも手伝ってもらい仕事を始めるものの、水を運ぶのは大変。なかなか水がめがいっぱいにならない。するとそこへ、同じクラスの兵太夫（へいだゆう）が通りかかる。

ドクタケ忍術教室では、かくれる術（じゅつ）を学ぶため、かくれんぼをすることになった。魔界之（まかいの）先生が鬼（おに）になってかくれんぼが始まるが、ドクたまたちがどこへかくれようとしてもじゃまが入ってしまう。こまったドクたまたちは……。

用具委員会の平太（へいた）は、ビビリな性格。ビビったせいで、倉庫の箱をこわしてしまった。このままではみんなに迷惑（めいわく）をかけると思った平太。用具委員会をやめるという手紙を、委員長の食満留三郎（けまとめさぶろう）先輩にわたそうとするが……。

学級委員長として、いつも一年は組の面倒（めんどう）を見ている庄左ヱ門（しょうざえもん）。その日もみんなにふり回され、ヘトヘトになってしまう。その様子を見た尾浜勘右衛門（おはまかんえもん）先輩は、庄左ヱ門にストレスを発散（はっさん）するよう言う。

食堂（しょくどう）で、斉藤（さいとう）タカ丸さんがなやんでいた。父の斉藤幸隆（さいとうゆきたか）が手をいためてしまい、実家の髪結い所（かみゆいどころ）を手伝うように言われたタカ丸さん。そのまま忍術学園をやめることになるかもしれないと思ったのだ。

とある城から、すぐれたドクタケ忍者を１人、転勤（てんきん）させてほしいと言われてしまった八方斎（はっぽうさい）。だれを選んだらよいかなやみ、ドクタケ忍者たちに、転勤してくれないかと声をかけるのだが……。

二年生の池田三郎次（いけださぶろうじ）先輩が、同じクラスの川西左近（かわにしさこん）先輩、能勢久作（のせきゅうさく）先輩と、ささいなことで口ゲンカしてしまった。それを知った乱太郎たちは、三郎次先輩に、仲直りのコツを教える。