突如現れた飛行型生物ギャオスの群れが新宿を蹂躙する。 極東米軍でもギャオスを倒すことはできず、次々と撃墜されるF15。 次々と捕食される人々。 ボコ、ジョー、ジュンイチの3人は、彼らの貯めたお金を奪ったブロディに仕返しを計画していた。しかし、対決に挑んだところで、ギャオスの攻撃に巻き込まれてしまう。 ４人が小型のギャオスに捕食されようとした瞬間、巨大な存在が現れる。 それはカメの姿をした怪獣ガメラだった。

極東米軍福生基地の研究棟で、怪獣の卵が突如ふ化をした。 怪獣は下水道を通り、地下へと逃げ出してしまう。 怪獣脱走の情報を知ったボコたち４人は、自警団を結成し怪獣探しに乗り出す。 怪獣の掘ったらしい穴を見つけ、進む４人。 その頃、怪獣は共食いを重ねて巨大化していた。 ピンチを極東米軍に救われた４人が地上に出ると、ついに怪獣も地表へと姿を現す。その名はジャイガー。暴れるジャイガー目掛けて、ガメラが飛来する。

ユースタス財団が所有する最新鋭の船に乗り込んだ一同のもとに、大型客船が怪獣に襲われたという報せが入ってくる。しかも次に狙われる可能性があるのは、怪獣と接触した子供たちだといい...。

検査のためにある島の基地に連れてこられた子供たち。ボコとジョーは意見が対立し、珍しく言い合いになってしまう。一方タザキはエミコを呼び出し、任務を降りようと思うと告げていた。

オリリウムのかけらに触れたボコと仲間たちの目の前に立ち現れたのは、大昔の恐ろしい記憶だった。エミコが子供たち、そしてバイラスを利用して何をしようとしているのかが明らかになる。

ガメラを復活させようと、極秘作戦を進める政府。ジョーに向けて通信で語りかけるボコ。そんななか、出し抜けにギャオスが襲いかかってくる。