目立ちたい咲耶、不器用なネム、怖がりなシャオラン。 現代を生きる、忍者3人のドタバタ修行が今、はじまる！

修行に励むネムとシャオランの傍らで、咲耶はアイドルオーディションに出かける。 そこに咲耶の祖父、岩爺が現れ・・・

シノビーマートのバックヤードで口寄せの術の修行に励む咲耶・ネム・シャオラン。 そこで、甲賀が守り続けてきたクリプト絵巻を発見する。

ついに岩爺から咲耶たちに初めての任務が下される。おつかいのような内容に文句を言いながらも早速任務に出発した3人だったが・・・

初めての任務は風魔シティへの届け物。 道中咲耶に振り回されながらも、3人はなんとか目的地へ到着。アトザの自宅で見たものとは・・・

到着した風魔シティのアトザの自宅は、異様な雰囲気に包まれていた。 物々しい空気の中、3人はアトザを探すが・・・

濡れ衣を着せられた咲耶・ネム・シャオランは、風魔忍者に追われることに。 追い詰められた3人の前に現れたのは・・・

狐白の登場よって窮地に追いやられた咲耶・ネム・シャオランの前に、岩爺が現れる。甲賀のリーダー、岩爺の能力が明らかに！

はじめての任務に失敗した咲耶たち。岩爺は、過去の戦、そしてこれからはじまる戦について語り始めた。

シノビマートから変形した巨大な甲賀要塞。そこに攻め込んできた敵と岩爺の間で、異色バトルが繰り広げられる。

咲耶をかばって深手を負ってしまう岩爺。強敵弁天を前に咲耶たちは危機を乗り越えることができるのか・・・

岩爺がフクロウになって戻ってきた。落ちこぼれだった3人が厳しい修行によって立派な忍者へと成長していく。

咲耶たちの前に宿敵狐白が現れる。修行の成果が、今試される！