怪人と竜神戦隊ドラゴンキーパーによる「日曜決戦」の日。観衆でにぎわう日曜決戦会場で、怪人のアジトである浮遊城を見上げる青年がいた。彼の正体は怪人の“戦闘員D”。大戦隊が必ず勝つと決まっているとも知らず熱狂する人々を背に、「やってらんねぇよ、こんな茶番」とつぶやくと戦闘員Dは、打倒大戦隊を決意する。

戦隊に歯向かった戦闘員Dのせいで怪人側に不信感を抱いたレッドキーパーは、ブルー部隊を浮遊城に常駐させる。一方、人間の青年に擬態し入隊試験を受けに来た戦闘員Dは、自分を勧誘した戦隊員の桜間日々輝、錫切夢子に再会。青年が怪人であることを見破った夢子は、「一緒に大戦隊ぶっ潰そうよ」と共闘を提案する。

錫切夢子と青年の会話から、青年の正体は怪人であることを知った桜間日々輝。一方、夢子は戦闘員Dを呼び出して大戦隊の弱点をこっそり教えていた。夢子の提案に乗ったDは神具を盗み出すべく変身前のレッドキーパー=赤刎創星に擬態してレッド部隊駐屯地へ潜入するが、内部でレッドキーパー本人に遭遇してしまう。

正一位と従一位が集合する大直会が開かれた。神具を戦闘員Dに奪われたことを部下の緋村仁に責められたレッドキーパーは、それを一発で黙らせる。その後、ブルー部隊従三位の碧流亜乱がDの行方を追っていると、森で桜間日々輝と遭遇する。ある目的でDをかくまう日々輝は、Dと共に碧流に立ち向かう。

大戦隊と怪人の戦いを終わらせるため手を組んだ戦闘員Dと桜間日々輝。日々輝が姿を消している間、Dは日々輝に擬態して大戦隊に潜入することに。パイロンの巣と呼ばれる施設内で同期隊員たちや日々輝の姉である世々良と遭遇し、焦りながらも日々輝として応対するDだったが、日々輝の部屋にひそむ戦闘員XXを見つけてしまう。

正隊員になるための最終試験が始まった。怪人役の従一位たちが持つ五色の鍵を奪えば試験合格。レッド組として戦闘員Dとペアを組む獅音海は協調性がなく、開始早々からDは獅音に振り回される。そんな2人の前に立ちはだかるのはレッド部隊の朱鷺田隼。試験だからといって容赦しない朱鷺田に、Dと獅音は戦いを挑む。

4年前、怪人幹部に大戦隊の隊員であった兄を殺された獅音海は、兄の仇を討つ為に正隊員合格を目指していた。試験2日目、獅音は他の組の候補生である浦部永玄、雪野アンジェリカ、石川宗次郎、明林恋蓮と手を組んで試験突破を目論む。候補生たちを利用しようとしていた戦闘員Dは、残った候補生たちと協力し合うことにする。

候補生同士の戦いとなった最終試験。実力差で劣る戦闘員Dたちだったが、知恵を絞って応戦する。その頃、パイロンの巣には凶悪な怪人幹部ペルトロラが侵入していた。戦闘員XXは恐怖心を隠しつつも、ペルトロラに追従する。そこに試験の怪人役を終えたブルー部隊従一位代理の藍染小町がペルトロラに遭遇してしまいーー

石川vs薄久保、明林vs七宝、雪野vs来栖の戦いはそれぞれ佳境を迎えていた。日々輝に扮した戦闘員Dと獅音も激戦を繰り広げる中、小熊蘭丸に擬態した戦闘員XXがDに加勢する。しかしDとXXの前に現れたのは、藍染を傷付けられて怒りが充満したブルーキーパー。本領発揮したブルーキーパーの恐ろしさにXXは震え上がる。

ついに怪人幹部・ペルトロラと対面したブルーキーパー。必殺技を次々に繰り出すも、ペルトロラも互角の力で応戦するのだった。ペルトロラの分身と遭遇した戦闘員Dは、なぜかペルトロラの背後から刃を突き刺してしまう。一旦退こうとするペルトロラだったが、夢子、朱鷺田、翡翠、撫子の従一位の面々が行く手を阻む。

候補生たちと力を合わせ、ペルトロラに戦いを挑む戦闘員D。夢子たち従一位もまた、分身したペルトロラと必死の攻防を繰り広げていた。Dが投降する振りをしてペルトロラを裏切り、候補生たちはついにペルトロラの分身を倒す。一方、ペルトロラの分身体を倒したブルーキーパーだったが、目の前にひとりの怪人が現れるーー

ブルーキーパーにひとりで立ち向かう戦闘員D。ブルーキーパーは神具を用いた必殺技を総動員してDを倒そうとする。擬態というたったひとつの能力と、バーストフォルムだけで真っ向から勝負に挑むD。その瞬間、新たな刺客からの攻撃により、事態は思いもよらない方向に――