青空ひまりは、親友の星川みつきと一緒に私立パラダイス学園に入学。 夢は、おともだちを一万人作ること！「ミーちゃん」みたいな歌って踊るアイドルプリンセス――アイプリに憧れているけど、人見知りでキンチョーしぃのひまりには、ちょっとむずかしいかも。 そんなひまりが、なんと入学式で生徒代表の挨拶をすることに⁉みつきのひみつのおまじないのおかげで、なんとかやり切ったひまり。 くたくたになって寮に帰る途中、生徒会室で不思議な扉を発見する。その先にあったのは、アイプリたちが歌って踊る場所・アイプリバースだった！

アイプリとして強烈なデビューを果たしたひまり。 だが小さい頃に、「一緒にデビューしよう」と交わしたみつきとの約束をやぶってしまったことに気づく。 一方のみつきも、先に「ミーちゃん」としてアイプリデビューし、ひまりとの約束をやぶっていたことに心を痛める。 みつきに素直に謝りたいひまり。しかし、それはだれにも言ってはいけない「ひみつ」だと、ひまりをプロデュースする生徒会から注意される。みつきもまた、ひまりに言い出せないでいた。「ひみつ」をかかえたふたりの間は、次第にギクシャクしていき……。

いよいよ生徒会による本格的なレッスンがスタート！しかし、全然ついていけずに苦戦するひまり。 がんばりすぎなひまりを心配したみつきは、アイプリバースへ遊びにさそう。 色んな場所を案内してもらって、楽しい時間をすごすひまり。しかしステージの控室を見て、「もっといっぱい練習してから、アイプリになった方が良かったのかな……」と、少し自信をなくしてしまう。すると、そんなひまりの前に謎の少女が現れた。

今日はパラダイス学園の授業参観日。ひまりの家族はパパ・ママ・妹のひいろ、全員で来ることに。気合い十分のひまり家族は、朝早くから来て学園内を見学。 すると、遅刻しそうになった初等部の少年・ゆうまと、ひいろがぶつかってしまう。その時、ポケットからリップスティックが落ちてしまったことに気づいていないひいろ。そのリップは、ひいろにとって大切なひみつのリップだった。

ひまりたちが生活する白いユリの花がモチーフのウエスト・リリィ寮。それともう一つある、赤いバラの花がモチーフのイースト・ローズ寮。 この二つが競い合う一年に一度の寮対抗戦「スクールクリーニングマッチ」が開催！どちらが、よりたくさんお掃除できるか、その得点で競い合う。 工夫したり、ひみつのアイテムを使ったり、それぞれお掃除をしていく寮生たち。 だが、生徒会・会計アイリのお掃除マシンと、体育教師・松岡ねっぱ先生が激突！ねっぱが担いでいたたくさんのヒヨコちゃんが逃げてしまった！！

超人気のスーパーデュオ『ルビー＝ラズリ』と『アイスマイリン』。この２組から重大発表が。 なんと、歌とパフォーマンスで競い合うアイプリの大会『第１回アイプリグランプリ』を開くというのだ。ひまりとみつきは、ソロで出ることを決意。 その頃、生徒会の生徒会長・一条寺サクラはトレーニングにはげんでいた。 彼女こそ、ルビー＝ラズリのサクラだった。同じく生徒会・副会長の二階堂タマキと組んでいるルビー＝ラズリで優勝をねらうサクラ。 でもタマキは、サクラの本当の目的が優勝ではなく、他にあることに気づいていて……。

ヴィクトリア学園長先生によって、パラダイス学園の生徒は全員アイプリ禁止にされてしまう。 消灯時間を過ぎたのにアイプリの配信をしたひまりは、自分のせいだと落ち込んでいた。 生徒会長のサクラは、禁止をといてもらおうとヴィクトリアの元に。 ヴィクトリアは、アイプリの素晴らしさをアピールできたら、アイプリを許してくれると言う。 そこでサクラは、ひまりとみつきに言う。二人でデュオを組んで、素晴らしいライブを見せつけてほしいと。 果たしてひまりとみつきは、ヴィクトリアが納得するようなライブができるのか……。

アイプリグラムでは、アイプリ・ひまりとみつきがかかれたとってもカワイイ絵が話題になっていた。 ひまりとみつきのクラスでも、その絵を描いた『葛飾ユコサイ』について、みんなで大盛り上がり。 そんな中、ひまりはクラス新聞を作る係に、クラスメイトの花園結心と一緒に選ばれる。 結心とお友達になりたいひまり。だが結心はすごく人見知りで、なかなか仲良くなれない。 だが、ある時、ひまりは結心がかいた絵を偶然見てしまう。 なんとあの葛飾ユコサイの正体は、結心だったのだ。

アイプリのチィは、自分のチャンネルでアイプリバースに出るとうわさのオバケを追っていた。 その配信を見たみつきは失神。おばけが大の苦手なのだ。 ひまりはオバケをつかまえるため、アイプリバースに行こうとする。 そこに通りかかったクラスメイトのチィに、自分がアイプリだと、ばらしてしまうひまり。 しかし、クラスメイトのチィが、アイプリのチィだと判明。 ひまりとチィはアイプリ探偵団を結成し、一緒にオバケの正体をさぐることに。

最近、つむぎとばかり一緒にいるひまりに、少しさびしさを感じているみつき。その頃、生徒会はバズリウムチェンジを出したつむぎのことを調べていた。彼女の実力をはかるため、生徒会長のサクラは、みつきにデュエルオーディションでつむぎと対決してほしいと頼む。しかし、負けたらひまりを取られてしまうんじゃないかと不安に思うみつきは、デュエルオーディションに出るのをやめたいと言いだして……。

アイプリたちがネコちゃんコーデを着て歌う『ニャンニャンフェスティバル』。その当日、ミーちゃんねるでは本物のネコちゃんを探してほしいと、飼い主さんからコメントが届いていた。ネコちゃん探しをはじめるひまりとみつき。すると、私立パラダイス学園初等部のゆうまが、なにやらコソコソしているのを発見。ゆうまは、学園に迷い込んできたネコちゃんをこっそりと飼っていたのだ。でもそのネコが、ミーちゃんねるで言っていたネコだと知ったゆうまは……。

もうすぐ期末テスト。一生懸命勉強に打ち込むひまりとみつき。その頃、アイプリバースではMCアイムゥをはじめ、たくさんのアイムゥが話していた。メンテナンスから戻ったひまりのアイムゥは、これまで、ひまりにどんなことがあったのか聞かれたと言う。アイプリデビュー、みつきとのすれちがい、つむぎとの出会い、ルビー＝ラズリとの対戦。そして、ヴィクトリア学園長先生によるアイプリの禁止。ひまりとみつきのデュオ。アイムゥたちはひまりが経験した、数々のアイプリの思い出を振り返っていく。

スターアイプリのルビー＝ラズリが、第１回アイプリグランプリでもらったローズグランプリコーデを着てライブをすると言う。 とても楽しみにしているひまりとみつき。 しかしルビー＝ラズリのメンバーであるタマキは、ひとり不安を抱えていた。 そして、いよいよライブ当日。張り切ってアイプリバースインするサクラとタマキ。 だがステージには行けず、ライブは中止に。二人は、ローズグランプリコーデから「今のままでは、私を着ることはできない」と言われていた。 果たして、その理由とは……。

ひまりは１０日以上、アイプリバースに姿を見せていなかった。ルビー＝ラズリのライブを見て、すっかり自信をなくしていたのだ。そんな時、ひまりはプリうさのムギちゃんから、声をかけられた気がする。そのまま夢の世界に入っていくひまり。そこには、つむぎがいた。笑顔を忘れていると、つむぎから教えられるひまり。ひまりは、自分がどうやって笑っていたのかも、わからなくなってしまう。それを知ったみつきは、ひなたと八雲に相談。　ひまりの笑顔を取り戻すため、ひなたにひまりの過去を聞く。

スターアイプリのルビー＝ラズリから、第２回アイプリグランプリが開かれることが宣言される。ひまりとみつきはデュオで出場し、優勝することを誓う。そのために、猛特訓にはげむ二人。しかし、ある日、ひまりは寝坊をしてしまう。特訓の計画を立てていたみつきは、台無しになってしまったことに怒り気味。悪気がなく、謝ってくれないひまりに、とうとう怒ってしまうみつき。そんなに怒んなくてもいいのに！と言い返すひまり。グランプリを前に、二人はケンカをしてしまい……。

第２回アイプリグランプリの途中、みつきからデュオ解散を言い渡されてしまったひまり。二人がケンカしたことを知ったつむぎは、仲直りをさせようとみつきの元に。「ひまりは自分勝手でついていけないことがある」と言うみつきだが、ちゃんと向き合い謝ろうと決意する。つむぎは、その想いを伝えにひまりに会いに行く。仲直りさせるつもりが、みつきが「ひまりは自分勝手」と言っていたことだけを伝えてしまい……。ひまりとみつきの仲は余計悪くなってしまう。ライブまでに二人はちゃんと仲直りできるのだろうか……。

最近、アイプリライブをやっていないアイリとリンリンのデュオ『アイスマイリン』。人気も下がりつつあることから、次を「ラストライブ」にしようと決める。プリトモの注目度は上がるが、アイリは人気があるうちにアイプリを引退しようと考えていた。それを知ったサクラとタマキは、「今まで二人のバズリウムチェンジを一度も見られなかったのは残念」と挑発する。悔しさを感じたアイリとリンリンは特訓を開始。だが、バズリウムチェンジができない二人。このままでは、華々しく卒業できる確率は限りなくゼロに近いとわかって……。

１学期、最後の日。ひまりは生徒会に呼び出される。生徒会のプロデュースは卒業だと言われるひまり。しかし、それは「最終テストに合格できたら」という条件つきだった。ひまり・みつき・つむぎの３人でテストを受けることを許されるひまりだが、合格するには第２回アイプリグランプリで優勝した時よりも、すごいライブをやってみせろと言われる。どんなライブをすればいいか考える３人は、チームの名前をつけようということになって……。

いよいよ夏休み。ひまりは夢の中で、第２回アイプリグランプリのグランプリコーデとしてもらったマーメイドグランプリコーデと出会う。そして、「私を着たいなら、海に眠る幻の秘宝『人魚の星屑』を見つけ出しなさい」という試練を与えられる。その後、家族旅行で海の近くの別荘にやってきたひまり。そこは何とみつきのおじいちゃん・おばあちゃんの別荘で、みつきもいた。夏の遊びを満喫する中、みつきも同じ夢を見ていたと知ったひまりは、つむぎも誘い、３人でアイプリバースの海に眠る『人魚の星屑』を探しに行く。果たして、幻の秘宝の正体とは……？

夏休み、別荘で楽しく過ごしているひまり。でも家族やみつき、みんな、なにやらひまりに「ひみつ」にしている様子。ひまりも家族に「ひみつ」を打ち明けたいと思っていた。それは、自分はアイプリのひまりだということ。そんな中、みつきがおばあちゃんにアイプリの話をしているのを見たひまりは、うらやましく思う。自分も家族に言おうとするが、なぜか邪魔が入って言えない。そこでひまりは、自分の想いをアイプリライブで打ち明けようと思い立ち……。