あしたは忍術学園の登校日。乱太郎は、宿題の作文をまだやっていないことに気がついた。作文は、休み中の出来事ならなんでも書いていいのだが、乱太郎はいったい何を書いたらいいのかとなやみ始める。

新学期が始まり、きり丸としんべヱは、ガチガチに緊張（きんちょう）しながら授業へ向かう土井先生を見かけた。土井先生は、教師（きょうし）になって初めての授業の準備（じゅんび）をしていたときのことを思い出して、緊張してしまったのだと言う。

ヘムヘムは、山田先生が１人で校庭にいるのを見かけた。何をしているのか話を聞くと、山田先生は、乱太郎、きり丸、しんべヱが補習（ほしゅう）授業に来るのを待っていると言う。だが乱太郎たちは、補習があることをすっかり忘れていて……。

浜守一郎（はましゅいちろう）先輩は、事務員の小松田（こまつだ）さんに、声が大きいと注意された。大きな声を出したいときは、裏山（うらやま）へ行くように言われた浜先輩。さっそく裏山へ来ると、そこには１人で自慢（じまん）の練習をする滝夜叉丸（たきやしゃまる）先輩がいた。

会計委員会委員長の潮江文次郎（しおえもんじろう）先輩が、顧問（こもん）の安藤（あんどう）先生の部屋へ来た。帳簿（ちょうぼ）の計算をしていたが、なかなか集中できる場所がないというのだ。安藤先生は、こころよく自分の部屋を使わせてくれるのだが……。

図書委員会の当番のため、図書室へやってきた能勢久作（のせきゅうさく）先輩。本だなの整理を始めると、だれかがいる気配を感じた。久作先輩は本泥棒（どろぼう）が入ったのではないかと思い、松千代（まつちよ）先生に知らせようとするが・・・。

ドクタケ忍者の風鬼（ふうき）のもとへやってきた八方斎（はっぽうさい）。風鬼のことをもっとも信用し、たよりにしていると言う。風鬼に用があるという八方斎だが、いったい何をたのみに来たのか・・・？

すぐれたくの一になることを決意したユキ、トモミ、シゲの３人。一所懸命（いっしょけんめい）勉強しようと考えた。そんなとき、乱太郎、きり丸、しんべヱは、みんなでおにごっこをして遊ばないかと、ユキたちをさそう。

今日も一年い組の授業でオヤジギャグを言う安藤（あんどう）先生。だが、生徒たちにあまりウケず、自分のオヤジギャグがあきられたのではないかと自信をなくしてしまう。そんな安藤先生のことが心配になった彦四郎（ひこしろう）は・・・。

斉藤タカ丸（さいとうたかまる）先輩は、火薬委員会に入った羽丹羽石人（はにわせきと）先輩の歓迎会（かんげいかい）を、まだしていないことに気がついた。火薬委員会のメンバーは、さっそくみんなで羽丹羽先輩の歓迎会をすることに。

実家からの帰り道、庄左ヱ門（しょうざえもん）は、岩に変装（へんそう）した忍者を見つけた。忍者が何をしているのか、気になった庄左ヱ門。近くにひそんで様子をうかがっていると、そこへ庄左ヱ門のじいちゃんがあらわれる！？

乱太郎、きり丸、しんべヱのもとへ、学園長（がくえんちょう）先生がやってきた。大至急（だいしきゅう）、おやつを買って来てほしいとあわてている。どうやら、くの一教室のおシゲちゃんをおこらせてしまったらしい。

三年生たちが、学園長（がくえんちょう）先生から、忍務（にんむ）をまかされた。忍術学園にあやしい忍者が侵入（しんにゅう）したようなので、見つけてほしいというのだ。三年生たちは、さっそく手分けして、あやしい忍者を探すことにする。

学園長（がくえんちょう）先生のおともで、金楽寺（きんらくじ）へ行くことになった乱太郎。だが、学園長先生が向かったのは、きれいなお花畑だった。学園長先生は、絵がとくいな乱太郎に、お花畑の絵をかかせてくれようとするのだが・・・。

落とし穴（あな）に落ちてしまった乱太郎、きり丸、しんべヱ。てっきり、わなを仕掛けるのが上手な天才トラパーの綾部喜八郎（あやべきはちろう）先輩の仕業と思ったが、綾部先輩は自分がほったものではないという。３人は、いったいだれの落とし穴に落ちたのか？

朝、しんべヱが目を覚ますと、乱太郎ときり丸がいなくなっていた。おどろいたしんべヱは、たまたま通りかかった伏木蔵（ふしきぞう）といっしょに、どうして２人がしんべヱをおいていなくなってしまったのかを探る。

忍術学園に花房牧之介（はなぶさまきのすけ）がやってきた。入門票にサインをもらいにくる事務員の小松田（こまつだ）さんを待つ牧之介。小松田さんに、「おなかがへって動けないので、食堂（しょくどう）で食べるものをもらってきてほしい」とお願いする。

食満留三郎（けまとめさぶろう）先輩の部屋へ来た立花仙蔵（たちばなせんぞう）先輩。作法委員会で使っている道具を修補（しゅうほ）してもらいにきたのだ。だが、部屋に食満先輩はおらず、かわりにしんべヱと喜三太（きさんた）がいた。

二年い組の池田三郎次（いけださぶろうじ）先輩と川西左近（かわにしさこん）先輩は掃除（そうじ）当番の日だと思い出した。２人が掃除場所に向かおうとすると、一年は組の教室に掃除当番をやる気にならない乱太郎、きり丸、しんべヱがいた。

兵庫水軍（ひょうごすいぐん）の鬼蜘蛛丸（おにぐもまる）と義丸（よしまる）が、ケンカしてしまったらしい。乱太郎、きり丸、しんべヱは、第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんから、２人に何があったのか聞いてきてほしいとたのまれる。