時に西暦2207年。突如太陽系に侵入した巨大物体〈グランドリバース〉が、幾重もの防衛網を突破し地球・新首都へと降下を果たした。未曾有の事態に、古代進を始めとする旧ヤマト艦隊クルーに密かに指令が下る。「ヤマトに集結せよ!!」果たしてその言葉の意味とは――!?

それは2年前にヤマトが遭遇した敵・デザリアムによる地球侵攻だった。彼らに内通する一派により、地球防衛軍司令部は無力化されてゆく。無数の降下兵により戦渦に包まれる新首都で、からくも再会を果たした古代と雪。しかし愛するふたりには悲劇が待ち構えていた……。