妖怪だらけの百鬼学園に赴任してきたヘタレ教師・安倍晴明。個性豊かな妖怪教師・生徒たちにもみくちゃにされながら、教師としての一歩を踏み出した！ 全員でクラス写真を撮るために、引きこもりの座敷童子・紅子に会いに行くが…！？

生徒たちの身体測定で大混乱の百鬼学園！ 一つ目小僧・連助の視力検査、ダイダラボッチ・大田の身長測定など、百鬼学園の洗礼に四苦八苦の晴明。だがそこへ更なる不運が舞い込み、プール掃除をする羽目になった晴明だったが…！？

神酒先生の妖怪学授業を見学する晴明。酒乱の酒呑童子・神酒先生に、晴明は退魔の力で対抗するが…！？　一方没収されたゲーム機を取り返そうと、夜の職員室に忍び込む泥田たちだったが、晴明、神酒、秦中の3人が待ち受けていて・・・。

妖怪テレビが晴明に密着取材！？　課外授業のドタバタの中でも、晴明に華を持たせようと団結する生徒たちだが、普通に終わるわけがない！　放送コードギリギリ？！　むしろアウト？！　果たして無事に放送されるのか……！？

GWに帰省することになった晴明。そんななか、妖怪学校の教師をやめさせようとする兄・雨明が登場!悪ノリでついてきた佐野たちもびっくりする中、晴明の意外な過去が明らかになる……!?

百鬼学園体育祭、開幕！　借り物リレー、マンドラゴラ入れ……妖怪ならではの体育祭に大盛りあがり！　だが、こんな大きな行事で、何も起こらないわけがない！　弐年参組の優勝と晴明の××××を賭けた熱き戦いが、今始まる！

百鬼学園体育祭、第二幕！　白熱する体育祭はいよいよ佳境に！　6クラス中3位と奮戦する弐年参組は、最後の競技・障害物リレーで1位を狙う！　だが、アクシデント発生で体育祭は思わぬ方向に…？　弐年参組の命運や如何に！？

晴明の代わりに双子の兄・雨明が先生になっちゃった！？　驚いたのもつかの間、柳田の惚れ薬で学園中が大混乱！　最後はクラス全員の入浴シーンまで！？　弐年参組の甘酸っぱい恋模様を、ドタバタエピソード満載でお届け！

動物妖怪が誘拐され、毛を刈られる謎の事件が発生！　豆吉や玉緒、秦中も姿を消し、救出に向かう晴明や佐野たち・・・。犯人の目的とは？　その正体とは？　謎が謎を呼ぶ一大事。晴明はみんなの“モフモフ”を守り抜くことが出来るのか…！？

今回の大イベントは林間学校！……とは名ばかりの化学(ばけがく)の期末テストだった！　旧校舎を舞台に、様々な恐怖や試練に立ち向かいながら、生徒たちは無事に突破することは出来るのか！？

教師として初の家庭訪問に赴く晴明。もちろん親御さんも超個性豊かな妖怪で、一筋縄ではいかない展開に！　その帰り、修学旅行の下見に京都へ行く晴明、神酒、秦中。そこである出来事を思い出し……？

雷門に東京タワー！　遠足に来て超ウキウキ気分もつかの間、何と晴明が満員電車の波にもまれ、迷子になってしまう！　力を合わせ、東京中を探す弐年参組の生徒たち。すると佐野は何やら嫌な予感を感じ取り……？

ついにやってきた夏休み！　泥田と連助は紅子特製のかき氷を頬張り、豆吉と玉緒は虫取りに夢中！　一方、烏丸天丸のバイト先である古書店を訪れた晴明と佐野。何気なく手に取った「面白い仕掛け」の本が、まさかの波乱を巻き起こす！？

夏休みも中盤に差し掛かった頃、紅子の実家である民宿がオカルト雑誌の取材を受けることに。妖怪を信じない科学者を相手に、紅子たち生徒は力を合わせ、怪奇現象の出血大サービス！　朝までに科学者をビビらせろ〜！

まだまだ続くよ夏休み！　大江山にある神酒の実家に呼び出された晴明。そこで知ったのは、神酒凜太郎の暗い過去と闇だった。　さらには超がつくほどの凶悪な『敵』が立ちはだかり……。これって妖はじ史上最大の危機〜！？

晴明の実家に、神酒が秦中の子供たちを連れてやってきた！　慣れない子守にてんやわんやの晴明。そこへ悪党妖怪テケテケが登場し、蔵の中の「貴重なもの」を盗み出す！　百鬼学園島を舞台に、てんてこ舞いな大捕物劇、いざ開幕〜！

夏休みもいよいよ終盤戦！　青い海、白い砂浜……遊び倒す弐年参組の生徒たち。お〜い、宿題は大丈夫か〜！？　そんな中、妖怪学の宿題で、妖怪の出生について調べていた佐野。すると、ある生徒の出生の秘密が明らかに……！？

神様の学校から、福ノ神の恵比寿夷三郎が臨時教師としてやってきた！　弐年参組の副担任となるが、どこか裏がありそうで……？　そんな中、教師としての自信をなくした晴明が職員室に立てこもり……？

文化祭を前に、買い出しに出かけた晴明と生徒たち！　見慣れない電車に乗り込むと、なぜかたかはし先生と歌川さんが……？　ていうかこの電車、どこか変じゃない……？　不穏な気配満載の買い出しは、いつしか大騒動に！

文化祭の準備で盛り上がる百鬼学園。弐年参組も準備に追われ大忙し！　そしていよいよ、百鬼学園夜行文化祭が開場〜！　弐年参組の出し物は「人間迷宮」と題された脱出ゲーム！　一体どんな仕掛けが・・・！？