黒船の来航により、動乱が巻き起こる幕末の京都。団子屋で働く心優しい少年「ちりぬ にお」は、のちに新選組となる「壬生(みぶ)浪士組(ろうしぐみ)」、通称“ミブロ”の土方歳三、沖田総司と出会う。 金も土地も命すら理不尽に奪われる時代。自らの正義を胸に、京の街を守る“ミブロ”の面々との出会いをきっかけに、ふつうの13歳の運命が、大きく動き出す！ 命懸けの“ド青春”新選組、開幕！

京の街を守る剣客集団「壬生浪士組」、通称“ミブロ”の一員となったにお。寝食をともにする屯所を訪れ、隊士たちと顔を合わせると、いきなり相撲で勝負することになり…。

におが“ミブロ”に加わって3⽇⽬の朝、⽥中太郎という⾒慣れない少年と出会う。同世代の太郎が気になるにおだったが、そんな中、芹沢が仲間を斬ったことが判明し……︕︖

はじめとの勝負に敗れ、自分の無力さを痛感したにおは、稽古に励む決意をする。その後、見廻りで子供を人質にとった男を発見。におは思わず「その子を放せ！」と叫び……！

「会津藩から正式にお預かりの話が出た」という芹沢鴨からの報告を受け、山南敬助は尊王攘夷の嵐吹き荒れる京の街で、「命を懸けて戦う覚悟はあるか」とミブロ一同に問う。 「本当に“死ぬ覚悟”があるだろうか？」におが自問するなか、隊士たちは次々と覚悟を語り決意を新たにする。「我ら壬生浪士組。京の街を守る。志は一つ！」 訪れた会津藩でミブロは、暗殺者の対処を命じられる。一方、におは世都という少年に出会い……。

暗殺者の木村寿太郎に襲われるにおとはじめ。一触即発の状態で、におは話し合いを提案する。寿太郎は「君らはだまされているのだ」と異国を排除すべき理由を語り始め……。

「僕たちを襲わせたのは世都くんだよね」と聞くにお。世都の答えは……。そんな中、暗殺者らが出入りしている宿をつかんだミブロ。しかし、宿には優しそうな老人がいて――。

会津藩を襲う暗殺者「五匹の悪魔」最後の一人、宗助は消息のつかめない仲間たちを尻目に京から逃れようとしていた。ミブロは宗助を追い詰め、におは真剣勝負に挑む！

ミブロの隊服にする揃いの羽織を作るため、婆ちゃんの団子屋を訪れたにお。そこで自分の戦う理由を確信したにおは、人生において重大な人物と出会うことになる……。

ちりぬ屋にあらわれた謎の少年・菊千代。団子を注文するが、金はないと言うなどただならぬ様子。そんな中、店に入ってきた怪しげな大男が突然刀を抜き放ち…！？

刺客に囲まれたちりぬ屋から、菊千代こと将軍・徳川家茂を守り、二条城を目指すにおたち。城まであと一歩のところで菊千代の部下と合流するも、直純が襲い掛かる！

自分だけ逃げることはできないと、におの元へ戻ってきた菊千代。絶体絶命の二人のもとにやってきた土方は、二人を逃がすべく、強敵・直純と対峙する…。

直純との戦いで傷つきながらも菊千代を守り通したにおは、二条城に運ばれていた。翌朝目覚めたにおは、菊千代から「ミブロを辞めて、我の下で働かぬか」と提案される。

ミブロとしての揃いの羽織を作るのに必要な250両を稼ぐため、隊士たちは京の町へと繰り出す。土方は、「いい刀がある。あんたにぜひ振ってもらいたい」という女に出会う。

金策のため“仕事”を探しに蛇の店を訪れたはじめ。「どいつを殺るんだい？」と問われ、はじめの出した答えとは？一方、におと太郎はナギという女性と夫の陽太郎に出会う。

近藤と、京八館当主の陽太郎が三本勝負をすることに！陽太郎の手数の多さと強さに驚くにおたち。果たして勝負の行方は？そんな中、“血の立志団”からミブロに手紙が届く！

ミブロと“血の立志団”の戦いが始まった！におたちの前に現れた直純と相対する芹沢。ところが、直純の刀は太刀筋が見えにくく、新月の夜に最も威力を発揮する黒刀だった！？

原田、永倉の目の前で、猟犬が倒れた。猟犬の仲間・夜叉に不意をつかれたのだ。その頃、四条大橋では土方が扇動と対峙。扇動から「ここが運命の橋だ」と言われ……？

彩芽の“妙な自信”に、嫌な予感がしていたはじめ。彩芽が左手を使わないことに気づき、攻撃するが反撃を受けてしまう。薄れゆく意識の中、はじめは自身の過去を思い出す。

ついに、近藤と陽太郎の戦いが始まった！一方、におは妊婦のナギと再会。ナギは「私はこの家に残る。これが私の覚悟と戦いです」と、におに対して自身の覚悟を語る。