ビィラックの育成に必要な「魔力運用ユニット」を求めて、サンラクたちは「去栄の残骸遺道」に向かう。しかし、サンラクたちの行く手を神代の頃に作られたゴーレムが立ちはだかる。サンラクとエムルがゴーレムに立ち向かおうと思った矢先、その横をアラミースが駆け抜けた…。

「魔力運用ユニット」を求めて、「去栄の残骸遺道」の地下穴を降ろうとするサンラク一行。そんな彼らの前に、ペンシルゴンとオイカッツォが現れる。サンラクを追ってここまで来たという2人に状況を共有し、オイカッツォが先陣を切り地下の縦穴へ降りていくことに。

「ペンシルゴンの策略により、「旅狼」、「SF-Zoo」、「ライブラリ」、「黒狼」のクランが一堂に会す。各々の思惑が交錯する場で、サイガ-100が口火を切った。

ペンシルゴンの発案により、「旅狼」、「SF-Zoo」、「ライブラリ」、「黒狼」によるクラン連盟が組まれ会議を終える。旅狼の二人と別れたサンラクは、ラビッツへ向かう前に、ドロップアイテムを大量に入手すべく再び「水晶巣崖」へ向かう。

「水晶巣崖」でクリスタル・スコーピオンの大量討伐を達成したサンラク。しかし経験値が入らず、レベルアップしないことを訝しむ。まだ戦いが終わってないんじゃ…と表情を引き締めると、サンラクの前に金色のレアエネミー「金晶独蠍（ゴールディ・スコーピオン）」が出現した。

ビィラック育成計画が順調に進むも、リュカオーンのマーキング（呪い）が仇となって新装備が使用できないサンラク。『シャンフロ』からログアウトし現実逃避をするが、「ゲームのストレスはゲームで発散」と久々にロボット格闘ゲーム『ネフィリム・ホロウ』にログインする。そこで待っていたのは…。

『ネフィリム・ホロウ』で過去に引き分けたNo.1プレイヤー・ルストに再会するサンラク。だが、久々の対決であっけなく敗北。明朝の再戦を約束する。「負けるまで機体を替えない」というポリシーの元、無敗を誇るルストの高速機動機衣人（ネフィリム）「緋翼連理（ヒヨクレンリ）」を打ち倒すべく、サンラクは新機衣人（ネフィリム）のカスタムを始める。

サンラクは新たに造り上げた機衣人（ネフィリム）「フィドラークラブ」で再びルストと対峙する。追加した戦闘パーツを駆使し、予想だにしない動きでルストを翻弄。さらにルストの機衣人「緋翼連理」と自身の「フィドラークラブ」の違いを巧みに利用して勝負をかける。

『ネフィリム・ホロウ』をプレイしていた間に、兎御殿に新たなプレイヤーが来ていたことを知ったサンラク。今までのアドバンテージが危ぶまれる事態に焦りの色を隠せない。状況を打開する案が浮かばずジリジリしていたところにビィラックが現れ「完成したんじゃ！」とビィラック育成計画の成果を見せる。

サンラクは、サイガ-0を誘い、「無果落耀の古城骸」攻略に繰り出す。サンラクと距離を縮めたいサイガ-0と、サイガ-0が何を考えているのかわからず怖さを感じるサンラク。互いにドキドキしながらも、順調にエリアを攻略していく。

「夜襲のリュカオーン」の出現座標を特定したAnimalia率いるクラン「SFーZoo」は、合計100回以上のクリティカルを当てるべく、夜襲のリュカオーンと対峙していた。巧みなチームワークで善戦するSFーZooだが、サンラクはリュカオーンの余裕の表情が気になる。まだ“なにか”があるはず…と戦況を見つめる。

「夜襲のリュカオーン」の次なる相手はサンラクとサイガ-0。しかし、圧倒的な力の差に2人は苦戦を強いられる。そこでサイガ-0は自身の称号“アタックホルダー”の由来となった“切り札”の発動を決意。サンラクもサイガ-0の“切り札”に勝負を賭け、ビィラックが修理した規格外エーテルリアクターを使用、ウェザエモンの遺産を起動させる。

「夜襲のリュカオーン」を倒すべく奮闘するサンラクとサイガ-0。そこにエムル、秋津茜、シークルゥが姿を見せ、リュカオーンとの戦いに参戦する。“3人と2羽”でパーティを組み、リュカオーンとの攻防を続ける中、サンラクはリュカオーンの妙な点に気付く。

切り札を発動するためのサイガ-0の長い詠唱が始まった。その間、サイガ-0は無防備。サンラクらはサイガ-0をリュカオーンの攻撃から守るため、必死の攻防を続ける。リュカオーンの「透明分身」攻略に何か気づきを得た秋津茜は、「私たちにお任せを！」とシークルゥと共に「透明分身」に挑む。

「夜襲のリュカオーン」と戦い、新たなユニークシナリオEX「夜闇を祓うは勇気の灯火」を受注したサンラクたち。リュカオーンの影を倒し、サンラクはマーキング（呪い）が消えると喜ぶが…。絆を深めた3人と2羽は、当初の目的地「フィフティシア」に向かう。

墓守のウェザエモン戦を終えたオイカッツォは、『シャンフロ』を始めた理由をあらためて振り返り、自分がゲームをする意味を考えていた。一方、多額の借金を抱えながら再スタートを切ったペンシルゴンは、何を目的に『シャンフロ』に熱中すればいいのかと自問自答する…。そんな中、ユートピア社内では、夜襲のリュカオーンの“影”が倒されたという知らせが入る。

サンラクは、「フィフティシア」の造船所で『ネフィリム・ホロウ』で知り合ったルストとモルドに再会。約束していた七つの最強種の一角「深淵のクターニッド」に繋がるユニークシナリオを受注すべく、「大海賊ステューデ」なるNPCに会うことになるが、そこにいたのは…。

サンラクたちは、「深淵のクターニッド」攻略につながるユニークシナリオ「深淵の使徒を穿て」を開始する。パーティの解消を忘れていたため、サイガ-0、秋津茜、シークルゥにもユニークシナリオの通知が届き参加することに。図らずも再び集まったメンバーで海賊船に乗り込み、幽霊船「クライング・インスマン号」に遭遇すべく、いざ大海原へ。

魚人ゾンビのボス「深きに生ける羅鱶（カブラ・ビンゾ）」に、ビィラックが修理し生まれ変わった武器・傑剣への憧刃（デュクスラム）を手に挑んでいくサンラク。ユニークシナリオのボスにしては手応えがない相手に疑問を覚えたサンラクは、このシナリオが討伐戦ではなく“護衛系ミッション”であることに気付く。船上での戦いの最中、一瞬、時間が止まったような“ラグ”を覚えたサンラクは…。

七つの最強種の一角「深淵のクターニッド」により、あらゆるものが反転する海底都市「深淵盟都ルルイアス」に引きずり込まれたサンラク。しゃべる魚人族・アラバに出会い、行動を共にする中、同じく海底に引きずり込まれたエムルとスチューデに再会する。だが、エムルと一緒にいたのはスチューデだけでなく…。