始等人在新伙伴香织加入后离开了奥尔库司大迷宫，并以下一个目的地为目标在看不见尽头的古卢恩大沙漠中前进。半路上，始一行人遭遇到许多凶恶魔物的袭击……

始一行人从倒在沙漠的比兹口中得知了人们因为魔力失控而倒下的消息。事情的起因源自于安卡吉公国遭到污染的绿洲水源。始一行人为他们准备了干净的水，并为倒下的人们进行紧急治疗。然后，为了攻略大迷宫，同时也为了寻找能抑制魔力失控的静因石，一行人开始动身前往古卢恩大火山。

始一行人在灼热的古卢恩大火山的大迷宫内的攻略行动原本进展得十分顺利，但始这时却遭到突然落下的极光吞噬。面对抱着奄奄一息的始的月，敌人的追击依然没有停止。威胁始一行人的最强敌人究竟是――。

始撑过了魔人族弗利德的猛烈攻击，并将装有静因石的宝物库的戒指交给了缇奥。缇奥随后便为与负责治疗的香织会合而动身飞往安卡吉公国。另一方面，被留在喷发的大火山之中的始道出了逃离这里的秘策――。

始一行人取得了古卢恩大火山的神代魔法，并顺利和香织等人会合。他们来到了海人族的城市爱尼森，并让缪和她的母亲蕾蜜雅重逢。之后，始一行人暂时与缪告别，并以取得下一个神代魔法为目标动身前往梅尔基涅海底遗迹。

始和香织在攻略梅尔基涅海底遗迹的过程中与其他成员失散。香织对于自己的力量感到无力，同时也对自己对于始抱持的感情丧失了自信。面对这样的香织，始开口询问香织今后是否还打算继续和他们一起行动。另一方面，令人不安的氛围开始在王都悄悄酝酿……。

成功攻略梅尔基涅海底遗迹的始一行人舍不得与缪分开，始终没能出发前往下一个目的地。在其他成员的守望下，始终于决定要告诉缪自己将踏上旅程。另一方面，人在王都内的莉莉安娜注意到了王宫内的人们的异常变化――。

在爱子被囚禁于神山的塔中时，弗利德所率领的魔人族也开始大举行动。另一方面在警备变得薄弱的王都，梅尔德遭到了表情空虚的何塞及桧山袭击，并受了重伤。始一行人究竟能否察觉到暗中行动的神秘黑影的真面目呢――。

从莉莉安娜口中得知王都目前的状况后，始连忙赶至被囚困在神山的爱子身边。这时，神之使徒・诺因出现在他们面前。另一方面，月等人和莉莉安娜一起赶回王都后，却发现大结界已经被打破，而魔人族与魔族的大军已经开始进攻。

始与诺因之间的战斗开始了。她向始道出了神・埃希德的愿望。只将人们视为棋子的埃希德希望扰乱棋盘的异端者始能够死去。面对有着惊人之强大力量的存在，始究竟能否加以抗衡呢――？

始结束了与诺因在神山展开的战斗，并完成了大迷宫的攻略，随后便动身前往遭到魔人族侵略的王都。这个时候，人在王都的同学们已经被惠里利用降灵术操控的士兵们团团包围。而惠里背叛大家的原因是――。

王都发生的一连串骚动的始作俑者，是为了将光辉弄到手而与魔人族携手合作的惠里。在击退侵略王都的魔人族后，始为了让香织复活而动身前往神山……。