新都での戦闘は終結した。戦いの傷跡が残る都市を見下ろすようにそびえるグランドリバースで、デザリアムの聖総統スカルダートは、彼らの千年に及ぶ歴史を語り始める。彼らの正体とは!?

地球圏を脱したアスカは、イカルス天文台へ辿り着いた。そこには新生・宇宙戦艦ヤマト、そしてイスカンダル王族の忘れ形見――雪を失った古代進にとって唯一の家族サーシャが待っていた。

デザリアムに同調する者と反発する者、さまざまな思惑のなか彼らの地球入植が開始された。一方、第11護衛隊の捜索にあたるヤマトを戦艦グロデーズが急襲する。透明な敵を相手にどう戦うのか!?

雪を失い精彩を欠く古代は艦長職を解任。そんなおり再びグロデーズがヤマトに陽動を仕掛け、デザリアムの情報部将校アルフォンが乗り込んでくる。目的は［イスカンダルの欠片］だった――!!