集结到空中舰〈佛拉克西纳斯〉舰桥的琴里与十香等人，得知狂三已经回溯时间并拯救了士道204次一事。另外，为了知道崇宫澪究竟是什么人，士道决定探索自己的记忆……

即将与DEM开战前，〈佛拉克西纳斯〉的船员们忙乱而士气高昂地准备迎战。为了帮士道及其他人加油，精灵们全心投入制作慰问品。决战时刻正一秒一秒逼近……

士道等人与拉塔托斯克和DEM展开全面对决。狂三和她的分身，以及日下部燎子率领的AST也加入了战局。就在战斗愈发激烈之际，士道面对了模拟精灵〈妮贝可〉大军。

某天在某个地方，崇宫真士遭遇了空间震，并在事发现场遇见一名女孩。真士为这个几乎不记得自己一切的女孩取名为澪，让她与自己跟妹妹真那在同个屋檐下一起生活。

面对突然现身的少女，士道想起许多事情。少女名为崇宫澪，是士道曾经身为崇宫真士时，彼此交心的对象。此时，〈佛拉克西纳斯〉的琴里等人也得知了令音的真实身分，现场一片哗然。

士道急忙赶往十香等人的身边，此时威斯考特出现在他的面前。另一方面，十香等人面对澪显现出的天使〈万象圣堂（Ain Soph Aur）〉的恐怖力量束手无策，逐渐被逼入绝境……

在澪的万象圣堂面前，精灵们一个个失去力量倒下。琴里指挥〈佛拉克西纳斯〉接近澪，并发射精灵灵力砲〈永恒之枪〉……

澪说出其他精灵都已死去的事实，士道因此感到错愕。当他呆站在原地，即将被澪抹去身为士道的所有记忆时，仅存的最后一个精灵出现了。

在与DEM的决战开始之前，士道回到了还没有人死去的时间。避免未来重蹈覆辙，士道邀请澪＝令音约会。琴里和精灵们得知了士道的情况，他们支持这两人的约会。

士道带令音去以前崇宫真士与澪约会时去过的海岸，令音的好感度也随之变高，士道终于成功与她接吻。全程都在观察的琴里等人，本来也确信这次约会即将成功……

因为DEM陷入绝境的士道等人，被本来以为已经死去的狂三所救，但是这次换澪现身了。士道为了拯救执着于真士的澪，想到某个方法。

威斯考特趁着士道对澪表达心意时，发动了可怕的术式。究竟士道与十香等人能否阻止他的企图呢──？