痴迷闪亮之物的女高中生谷川瑠璃，对一枚水晶吊坠一见倾心。“我也能自己找到！”她当即进山，偶遇专攻矿物学的研究生荒砥凪，两人结伴开启矿物采集之旅。被自然伟力震撼的瑠璃沉醉其中，为寻找石榴石与凪一同前往河滩。

琉璃与凪一起来到山中拾金。当琉璃看到岩石的剖面泛着金光时兴奋不已，但凪却告诉她那并不是金，而是黄铁矿，这让她顿时泄了气。然而，当她发现了一块形状特殊的黄铁矿后，开始思考起“非金钱价值”的意义。随后两人前往河边采集砂金，但突如其来的大雨让他们面临采集中止的危机……

凪为了让瑠璃看有关黄铁矿的论文，把瑠璃叫到大学的研究室。瑠璃在那第一次遇见跟凪一样就读矿物研究所的伊万里。瑠璃在帮忙扫除时找到标示神秘矿山的旧地图，兴奋地大叫到“感觉好像会有宝藏耶！”于是三人以地图为线索前往矿山，在那里发现……？

在大学实验室的显微镜下，瑠璃与凪一同从河里采集的砂中寻找蓝宝石。那天只找到了一粒小小的蓝宝石碎片，因此两人决定日后再挑战一次。当瑠璃提出“现在可不是收集这种碎片的时候”，打算直接上山寻找蓝宝石时，凪则劝她，调查河砂才是找到真正产地的最短路径。为了找出蓝宝石真正的产地，两人持续进行着河砂的调查。

研究中的凪和伊万里向瑠璃提议休息。当凪说“要去海边吗？”时，三人决定去海边捡玛瑙。看到凪和伊万里顺利找到玛瑙，瑠璃感到有些懊恼，但在稍远的地方发现了多个玛瑙。之后，瑠璃向凪询问研究石头的理由。

将蓝宝石的产地范围缩小后，瑠璃与凪、伊万里一起前往山中。然而，想要调查的地点堆满了枯叶，于是她们决定改为调查川砂。之后，在大学实验室分析川砂的瑠璃意识到，自己的笔记记录可能有误，便再次确认。结果发现，有一个地方漏记了。

瑠璃的同班同学濑户从小就喜欢石头。但因无人理解而受到打击，自此封闭了心扉。另一方面，考试结束后与同学一同去海边游玩的瑠璃，在海中发现了一块漂亮的石头。带回研究室后才得知，那并不是石头，而是海玻璃。伊万里提议再次去寻找，濑户也顺势加入了采集的行列。

瑠璃决定和濑户一起做暑假的自由研究。濑户在河边发现了一块橙色的矿物，却因为脚下一滑把矿物弄丢了。瑠璃找凪商量之后，决定山林协助伊万里进行萤石的调查。调查内容是通过水质来追溯产地。最后，濑户丢失的那块石头也用同样的方法找到了。

琉璃和凪一起去采集蛋白石，但发现矿脉早就被挖空。濑户听说之后，为没能参加蛋白石采集而感到难过，琉璃便向她提议一起去淘砂金。她本来认为大雨后能采到许多砂金，想不到竟找到砂金以外的许多矿物而感到疑惑。问过凪才知道，原来暴雨说不定造成新产地出现，一行人便决定前往调查。

伊万里带着琉璃和濑户来到矿山，三人在依循地图找到通往矿山的废弃铁路找到锰矿石。之后抵达隧道却发现天花板崩塌没办法通过。三人觉得无法按计划前往矿山遗迹，便决定改为寻找以前蒸汽火车可能沿线掉落的矿石。

得知濑户和笠丸已经决定了自己未来的方向，琉璃受到打击，心中烦恼着：“……大家都是怎么思考未来的呢……”几天后，从伊万里那里得知“倾听自然的声音”的重要性后，琉璃对蓝宝石诞生的地方产生了兴趣，再次踏上了蓝宝石采集之旅。

琉璃在杂物间里发现了一个似乎属于祖父的旧木箱。里面有一捆已经破旧的电线、小小的矿石，以及陈旧的卡片。拿去向凪咨询时，被说可能是“自制的矿石收音机”。琉璃与濑户、笠丸一起尝试修理，但没有发出声音。于是三人决定用迄今为止收集到的宝石来制作一台原创的矿石收音机。

伊万里抽奖抽中了温泉旅行，琉璃一行人便一同前往。琉璃和濑户在旅馆里寻找凪发现的那个带着圆环状孔洞的白色石头，最后确定那其实是一截管道。之后，当琉璃看到凪、伊万里和濑户在温泉里谈论未来道路时，脸上露出了忧郁的表情。在凪的邀请下，琉璃跟着凪来到旅馆的屋顶。“想要得到流星吗？”在凪的提议下，她们决定去寻找陨石。