砂漠の中の国、クロウ国に住む小狼は、遺跡を発掘する仕事で生計をたてている。クロウ国の王女サクラとは幼なじみで、実は互いにひかれあっているのだが、どちらもまだその思いをはっきりと口にすることができない。ある夜、サクラが城のバルコニーで物思いにふけっていると、遺跡の方から不思議な音が聞こえてきた。一方、夜を徹する発掘作業のため遺跡に向かった小狼は、そこにいるはずのないサクラの姿を見つける。

「次元の魔女」侑子の元で出会う小狼、黒鋼、ファイ。侑子は三人に「異世界へ行くためには相応の対価が必要よ」と言い放つ。黒鋼が支払う対価は愛刀・銀竜、ファイの対価は背中の文様、そして小狼の対価はサクラとの関係性。それぞれが最も大切にしているものばかりである。三人三様の思いが込められた対価を侑子に託し、一行は異世界へと旅立つ。モコナが一行を送った先は、若者同士が戦っている、関西風の世界だった。

一行が転送された関西風の世界は「ハンシン共和国」。この国では若者たちがチームを作り、それぞれの「巧断」を使って、チームの勢力を争っている。「ここには確かにサクラの羽根の気配がある」と言うモコナ。侑子の知り合いである空汰と嵐の協力も得て、小狼はサクラの羽根を探し始める。黒鋼とファイも小狼の羽根探しに同行するが、その途中、知世によく似た女性を見かけた黒鋼は、彼女を追って姿を消してしまう。

クロウ国で全ての記憶を失って以来、眠り続けているサクラ。小狼たちが彼女の羽根を探している間に、空汰と嵐の家で眠っていたサクラがふと目を覚ます。何かに導かれるかのようにサクラは街をさまよい、笙悟と敵対するチームのリーダー、蟹夫に出会う。蟹夫は、サクラを使って小狼たち一行を自分のチームに引き入れようと画策する。一方、サクラがいなくなったことを知った小狼は、正義の協力を得て、彼女の居場所をつきとめる。

羽根の戻らないサクラは再び眠りこんでしまった。小狼たち一行がなおも羽根を探していると、誰のものともわからない巧断がやってきて、モコナと正義をさらっていってしまう。実はその巧断は、笙悟が遊んでくれないことに腹を立てたプリメーラが小狼をさらおうとして差し向けたものだった。ハンシン城の天守閣から吊るされた正義とモコナを助けるため、プリメーラの挑戦を受けてたつファイ。その戦いの最中、モコナはサクラの羽根の気配を感じて反応する。

笙悟からの巧断バトルの挑戦を受けて立つ小狼。二人の巧断の力は互角で、勝負は白熱する。しかし、バトルの最中、笙悟の巧断がハンシン城を壊してしまい、状況は一変。城にいたモコナ、正義、プリメーラのうち、正義は自分の巧断に救われるが、モコナとプリメーラは城にとり残されてしまうのだ。「一人で逃げちゃだめだ」と決意した正義は、モコナたちの救出に向かう。正義の巧断は巨大化しモコナたちを守るが、その直後、暴走をはじめてしまう。

ハンシン共和国を離れた小狼たちは、モコナの力で新たな世界「ナユタヤ国」に転送される。そこは、邪悪な領主タンバルとその息子ブルガルが、強い秘術の力で領民たちをしいたげている世界だった。ナユタヤ国の市場に転送された小狼たち一行は、そこでチュニャンという少女に出会う。チュニャンの母チェニャンも秘術師だったが、1年ほど前、なぜか突然力が強くなったタンバルたちに殺されてしまったのだという。

小狼たちは、チュニャンの案内で、タンバルたちの支配に不満を持つ人々と出会う。そこには、ハンシン共和国で世話になった空汰と嵐の姿もあったが、もちろん前の世界の二人とは全くの別人。チュニャンは空汰たちに「小狼たちの助けを借りて城を攻めよう」と提案するが、半年前の手痛い敗北が忘れられない人々は同意しない。しかたなくチュニャンの家に戻る途中、一行が城門の前を通りすぎようとしたとき、サクラが城の中に入っていってしまう。

「タンバルの秘術の力の源はサクラちゃんの羽根かもしれない」というファイ。だとすれば、サクラの羽根は城の中にあるはずだ。しかし城には秘術がしかけられていて、容易に入ることはできない。モコナの提案で侑子と取引し、城の秘術を破る玉を手に入れた一行は、ようやく潜入に成功する。城の中にもあちこち秘術が仕掛けられているが、ファイと黒鋼の力で突破。一番強い魔力を放っている部屋にいたのは、キィシムと名乗る謎の女性だった。

小狼とモコナを先に行かせ、キィシムと戦う黒鋼とファイ。利害の一致している二人は、力を合わせてキィシムに立ち向かう。一方小狼は、行く手をはばもうとするブルガルと対決することになる。小狼は、足を痛めていることをブルガルに見抜かれ苦戦するが、なんとかブルガルを倒し、タンバルの部屋にたどりつく。そこにはファイの言った通り、サクラの羽根があった。その羽根を使って小狼たちを撃退しようとするタンバルと、最後の戦いがはじまる。

タンバルが操る秘術の幻にたじろぐ小狼。タンバルは、空汰たちをも秘術で操り、小狼を攻撃する。一方チュニャンは、サクラの導きによって亡き母チェニャンの霊と言葉をかわす。チェニャンの言葉で秘術の正しい使い方を思い出したチュニャンは、母から託された鏡を持ってタンバルの城に向かう。タンバルの術をかけられた空汰たちの攻撃によって、小狼の体は痛めつけられるが、小狼はくじけない。そこに、母の鏡を持ったチュニャンが現れる。

ナユタヤ国を去り、次の世界へと向かう一行。モコナが転送した先は、森の中の湖のほとりだった。モコナは、「この水の中に羽根の気配がある」という。そこで小狼は、湖にもぐってサクラの羽根を探すことにする。サクラが小狼の帰りを待っていると、湖面に大きな魚が現れ、サクラに「おまえはなぜここにいる？」と問いかける。しかし、記憶の多くを失っているサクラはその問いに答えることができない。

舞台はジェイド国、スピリットの町。この町には、「金の髪の姫」と羽根にまつわる不思議な伝説が伝えられていた。一行は、この伝説がサクラの羽根と関係があるのではないかと思い、調べてみようとするが、町の人々の態度は冷たい。ただ一人、親切に一行を迎えた医師カイルは、「しばらく前から子どもが消えてしまう事件が続いている」と説明する。一行がカイルの家に泊まっている間にも、子どもが消える事件は続き、一行に疑いの目が向けられる。

消えた子どもといっしょにいずこかへと姿を消したサクラ。小狼はサクラを探すために、町の中で情報を集める。地主のグロサムの家にしのびこんだ一行は、グロサムも、カイルが持っていたのと同じ歴史書を持っていることを発見。二つの歴史書を見比べた小狼は、カイルの歴史書には欠落したページがあることに気づく。一方、囚われたサクラは脱出して子どもたちを助けだそうと懸命に努力する。

子どもたちを連れ去った犯人はカイルだった。子どもたちの力によってのみ取り出すことができるサクラの羽根。それをわがものとするために、子どもたちを古い城に集めたのだった。城の中で対峙するカイルと小狼たち。その時、水門が壊れ、川の水が怒涛となって城の中に流れ込んだ。落ちてきたガレキによってファイ、黒鋼らと別れ別れになった小狼とサクラは城の奥へと進むが、そのふたりにカイルの魔の手が迫る。

一行は新たな世界、シュトルム国にやってきた。その国では、「ゾラの雷（いかずち）」という謎の力を使って強さを競う試合が行われている。優勝者には、「聖なる宝物（ほうもつ）」が与えられるというが、モコナはその宝物が収められている神殿から、サクラの羽根に似た波動を感じるという。そこで、小狼と黒鋼とファイの3人は聖なる宝物を手に入れるため、試合に参加する。一方、試合場の外に出たサクラはキーファという傷ついた勇者に出会う。

一行がたどりついた世界は、桜都（おうと）国。この国ではまず市役所に行って住民登録をし、職業を決めなくてはならない。平和そうに見えた桜都国だが、着いたその晩、一行は謎の怪物に襲われる。翌日市役所へ行ってみると、怪物は「鬼児」と呼ばれ、それを倒したものには報奨金が出るという。サクラの羽根の情報を集めるのに好都合だと思った小狼は、黒鋼とともに「鬼児狩り」を自らの職業とすることにした。

「鬼児狩り」を職業に選んだ小狼は、同業者の草薙と護刃に出会う。彼らから、ファイが住民登録のときにつけた一行の名前を聞いた黒鋼は激怒。なぜなら、黒鋼は「おっきいワンコ」という名前にされていたからだ。新たな鬼児を退治し、報奨金をもらいに市役所を訪れた一行は、受付で「情報屋」の存在を知る。サクラの羽根について知りたい小狼はさっそく情報屋の絵里衣を訪ねる。絵里衣は、新種の鬼児が出現していると語り、その目撃者を紹介する。

新種の鬼児の目撃者、織葉に会うため、ファイと黒鋼は、歌声ラウンジ「白詰草・四」を訪れる。が、織葉に会うことはかなわなかった。一方、小狼とサクラが店番をしているカフェ「猫の目」には、小狼のウワサをききつけた鬼児狩りの龍王と蘇摩が訪ねてくる。草薙と譲刃も合流し、にぎやかになる「猫の目」。そこにまた鬼児が現れバトルとなるが、草薙たちは鬼児たちの様子がいつもと違うことに気づく。

小狼から「剣を教えてほしい」と頼まれた黒鋼。ふたりはまず剣を買いに武器屋「長庵」を訪れる。黒鋼は「蒼氷」、小狼は「緋炎」という名の剣を手にするが、黒鋼は小狼に「時が来るまで鞘から抜くな」と言い渡す。そしていよいよ黒鋼による厳しい訓練がはじまる。一方、サクラも羽根を取り戻すために自分でできることを考え、カフェ「猫の目」で働きながら、羽根に関係のありそうな情報を集めはじめる。