被丰富的自然环境围绕的小岛——鸟白岛，高中生鹰原羽依里受阿姨岬镜子之托，于暑假期间来鸟白岛整理外婆的遗物。「我就好像是一只受伤的候鸟吧……」羽依里在岛上遇见许多不同的人，例如在树荫下毫无防备睡觉的少女，裸着上半身大胆走在街上的少年，以及和他是亲戚关系的加藤羽未等等。除此之外，羽依里还在空无一人的夜晚游泳池里，看见一位正在游泳的神秘少女——鸣濑白羽。

在鸟白岛上，来自岛外的访客被称作「渡来之人」，热情款待他们已然成为岛上的传统习俗。岛上少年团的成员们——动不动就想脱掉上衣的三谷良一、用重型水枪狙击那些光着膀子的无礼之徒的野村美希、对乒乓球倾注热情的加纳天善——为羽依里举办了欢迎会。在那里，羽依里再次遇到了与在树荫下毫无防备地熟睡的少女空门苍……在鸟白岛这段热闹的日子里，羽依里感受到了前所未有的充实。唯一让他挂怀的，是那个不知为何总与岛民保持着距离的白羽……

在鸟白岛上那不变的日常里——羽依里又一次被镜子温柔地婉拒帮忙整理仓库，只好像往常一样在岛上散步。就在这时，他遇见了一位拖着大行李箱、充满好奇心的少女，久岛鸥。鸥在第一次见面时，居然就直接叫出了「羽依里」的名字——并坦率地说出她来到这座岛上的目的，是为了「寻宝」，并邀请羽依里一同踏上这段「寻宝」的冒险之旅。鸥说她小时候曾经在夏令营时来过鸟白岛一次。而当羽依里看到贴在鸥行李箱上的「胡子猫团」贴纸时，不禁感到一阵奇妙的既视感——

「为了十年后我们再度相聚之日，我们决定将今夏在这座岛上发现的秘密，封存于这个宝箱之中。」这个暑假，羽依里选择与鸥共同展开冒险。为打开在小学阁楼发现的宝箱，他根据手记记载的暗号，开始搜寻四把钥匙。在鸥的协助下，羽依里的寻钥过程进展顺利，逐一找到了钥匙——然而在获取最后一把钥匙时，他不慎从树上坠落负伤。于家中静养的羽依里，迎来了鸥的探访。而此刻出现在他眼前的少女，竟展现出出人意料的姿态——

羽依里与鸥依靠开启宝箱获得的地图，踏上了冒险的征程。地图上的标记指向一艘海盗船——这正是鸥十年前参加夏令营时与伙伴们共同发现的秘密。两人沿着现已废弃的轨道车线路前行，朝着当年发现海盗船的海岬洞窟进发。烈日炎炎中，羽依里恍然间做起了白日梦：五个孩童正在铁轨上嬉行，其中有个拖着行李箱的少女，身影竟与身侧的鸥重叠……

就在发现海盗船的那一刻，鸥就像幻影一般，从羽依里的眼前悄然消失了。为了寻找鸥，羽依里请求少年团的协助，再次踏入了那个洞窟。然而，在那里他只找到了鸥的手提箱。手提箱中放着一本名为《胡子猫团历险记》的陈旧儿童读物。正是这本书，唤醒了羽依里沉睡的记忆。羽依里前往住在鸟白岛离岛上的鸥的母亲处探访时，母亲让他进入那艘海盗船的船长室。「在那里，藏着那孩子最珍贵的宝物。」羽依里与鸥之间，竟有着如此意想不到的过去——

在反复上演的暑假中——鹰原羽依里受姨妈镜子的邀请，来到鸟白岛协助整理祖母的遗物。「说起来，你就像是忘了歌声的金丝雀吧。」在与各种人的邂逅中，羽依里过上了热闹而充实的岛上生活。某天，他在灯塔前看见正在歌唱的少女——䌷・文德斯，两人交换了几句对话。她说自己正在寻找「想做的事」，而羽依里却莫名地对她产生了兴趣。再度前往灯塔的羽依里面前，出现的却是——一对巨乳。

羽依里提出「剩下的暑假，全都给䌷」，而静久也完全赞同这个提议。于是，䌷决定她「想做的事情」，就是用吃完的薯片筒在灯塔上建一个阳台。就这样，羽依里、䌷和静久三人特别的暑假时光拉开了帷幕——在共同度过的时光中，羽依里渐渐喜欢上了䌷。得知羽依里的心意后，䌷一时间感到强烈动摇。就在某一天，为了和羽依里更亲近一些，䌷和静久一同造访了加藤家……

羽依里与静久眼前的少女——䌷，忽然失去了踪影。为了寻找她，两人开始向岛上的居民打听文德斯宅邸的所在。在询问过程中，他们从一位经营零食店的老奶奶口中，听到了一个古老的传说：据说，曾有一位灯塔看守人四处寻找一位金发女孩。原来，在鸟白岛上，曾多次发生所谓的「神隐」事件——而那位金发女孩失踪前最后留下线索的人，正是已经去世的羽依里的祖母。羽依里与静久心中隐隐升起不祥的预感，他们踏上前往文德斯宅邸的旅途。在那里，两人发现了一本日记——那是「䌷・文德斯」的日记本……

「新年快乐，䌷！」为了陪䌷度过最后的一周——在羽依里的提议下，一整年的节日活动接连展开。不仅是静久，连白羽、苍等少年团成员以及海也都来帮忙——羽依里和䌷一起体验了情人节、赏花、七夕、万圣节、圣诞节等各种季节错位的节日。最终，8月31日，也就是䌷「要回去」的那一天到来了。为了庆祝䌷的生日，羽依里准备了一个特别的惊喜……

反复重演的夏日假期——羽依里受姨妈镜子的邀请，前往鸟白岛帮忙整理外祖母留下的遗物。少年团还特地为他举办了欢迎会，羽依里也逐渐融入了这个小小的岛屿生活。在岛上，他和一个在杂货店打工的女孩——空门苍，关系尤其亲近。这个女孩有点闷骚色狼的气质，他们的默契程度，甚至被天善形容为：「就像是多年搭档的混合双打选手。」苍总是一副昏昏欲睡的样子。她来自守护岛屿的巫女世家——空门家，似乎肩负着某种特别的「使命」……

晚上的山里羽依里看到苍正在收集发光的七影蝶。隔天苍跟往常一样看起来很困，羽依里询问他前一晚的事，苍想敷衍过去说自己不知道，但他很显然有所隐瞒，羽依里想再进一步追问时，苍却警告他「晚上不要再跑进山里」，但是羽依里没有理会苍的警告，晚上又跑进山里。他在山里再次发现七影蝶，他像苍一样触摸蝴蝶后突然遭遇怪事……

未能释怀、带着执念离世之人的记忆残片——那就是「七影蝶」。苍所追寻的，正是自己那长年陷入昏睡状态的双胞胎姐姐——空门蓝的七影蝶。曾经的苍，对优秀出众的姐姐怀有深深的自卑。正是因为那一丝嫉妒，她一时冲动做出轻率之举，最终将姐姐卷入了那场事故——苍将这段过往向羽依里倾诉。羽依里接纳了苍的悔恨之情，恳切地表示自己想成为她的依靠。两人心意悄然交汇，在静谧的夜之森林中，彼此相拥，结下深深的羁绊。翌日清晨，沉浸在幸福中的羽依里与苍，耳畔却响起了全岛广播的通告——关于蓝的变化。

终于醒来的蓝，与苍实现了感动的再会，少年团的大家也前来祝福，安心下来的苍陷入沉睡，仿佛与蓝交换似的迟迟没有醒来。羽依里往返诊所，与蓝一起等待苍醒来并代替苍收集七影蝶，他看到神木的橘花几乎都掉光后，意识到夏天快要接近尾声，「在那之前你会醒来吧，苍……」。

不断重复的夏天——独自在夜间练习游泳的鸣濑白羽，遇到了为帮忙整理爷爷遗物而到访鸟白岛的鹰原羽依里。白羽因为“某个原因”，一直与岛上的人们保持距离，过着独来独往的生活。羽依里或有意或无意地，一点点地拉近了与她的距离，不知不觉中，白羽开始在意起他来。羽依里告诉白羽，他忘记了暑假该如何度过。来到鸟白岛后，他回想起了小时候的事情。听着羽依里的讲述，白羽也想起了自己小时候和朋友们度过的耀眼暑假——

羽依里从良一和天善那里得知，鸣濑家族掌管岛上所有神事与祭祀，而白羽似乎被迷信的岛民特别对待……也许正因如此，白羽与周围人保持距离，陷入了孤立状态。良一和天善希望羽依里能多关心白羽。某天，秘密基地的乒乓球台坏掉了。为了让变得无精打采的天善振作起来，大家打算买一张新的乒乓球台。然而在体育用品店看到价格后，羽依里他们顿时陷入绝望。就在这时，白羽萌生了摆摊赚钱的念头——

羽依里与白羽在不知不觉中被彼此吸引，终于成为了互相倾心的恋人。随后，白羽向羽依里坦白了她一直隐藏的事实：她曾预见到自己会在鸟白岛的传统仪式“夏鸟祭”中溺水，很可能会因此丧命——面对白羽的告白，羽依里下定决心要和她一起改变那个未来。为了能在“夏鸟之仪”上陪在白羽身边，羽依里向白羽的祖父小鸠恳求。而小鸠提出的条件是，要在鸟白岛传统的“水中格斗技”中战胜他！

周而复始的暑假，羽依里为了帮忙整理外婆的遗物来到鸟白岛，他在这里遇见自称是亲戚的年幼少女加藤羽未。羽依里认识岛上的人们并与他们交流，度过了愉快的暑假。但不知为何他非常在意孤立自己的少女鸣濑白羽。羽依里、白羽和羽未建立了宛如家人般的奇妙关系，结果某天晚上羽未突然从家里消失。

「我想和妈妈一起做这些事。」为了实现羽未的心愿，羽依里、白羽和羽未建立了像是家人般的关系。大家为羽未盖了有溜滑梯的游泳池，和䌷一起唱歌，在鸥的协助下制作绘本。羽依里、白羽和羽未三个人像真正的亲子般，一起度过无数快乐时光。「如果能扮演好妈妈这个角色，我应该会很开心」白羽一脸开心地这么说，但当她亲耳听到羽未说出像是能预知未来的话时，白羽突然说自己不会再扮演妈妈的角色。

羽未向羽依里坦白，自己是靠父亲藏起来的母亲照片来到鸟白岛的。为了不让父亲发现，羽未在逃跑的途中不慎从悬崖摔落。听完这些话后，羽依里才明白羽未是他来自未来的女儿，而羽未的母亲正是未来与他共结连理的白羽。为了帮羽未达成愿望，让她有一个快乐的暑假，羽依里再次鼓起勇气采取行动，请白羽继续扮演羽未的妈妈。