在离岛上一边上高中，一边负责消灭“入侵种”的猎人少女——久濑希奈。她原本与妹妹节奈两人过着平静的生活，却因一名神秘男子的袭击，被卷入了围绕“魔人”的命运漩涡之中。

被高町奈叶招募至“联合国调查机构EXCEEDS”的椎名，从EXCEEDS总督八神飒特那里听到了“拯救世界的方法”。另一方面，在地下世界，一个被称为“魔人猎人”的危险组织正横行无忌。

作为EXCEEDS的驱除队员开始活动的椎名，在消灭入侵物种的同时，实力也稳步提升。某天休息日，椎名发现一名少女正准备从桥上跳下，便上前施救，然而……

因偶然相遇而成为朋友的希伊娜和托瓦，在各自怀揣着秘密的同时继续着交往。在魔人化药研究设施中长大的托瓦，回望了自己的过去。随后，她再次坚定了必须完成的使命——“歼灭魔人与魔人化药”的决心。

为了根除导致入侵物种繁殖的原因之一——“原种”，奈叶、菲特、椎名等EXCEEDS前线成员出动前往海外。 与此同时，魔人猎人小队也赶往了现场，双方竟意外地相遇了……