在离岛上一边上高中，一边负责消灭“入侵种”的猎人少女——久濑希奈。她原本与妹妹节奈两人过着平静的生活，却因一名神秘男子的袭击，被卷入了围绕“魔人”的命运漩涡之中。

被高町奈叶招募至“联合国调查机构EXCEEDS”的椎名，从EXCEEDS总督八神飒特那里听到了“拯救世界的方法”。另一方面，在地下世界，一个被称为“魔人猎人”的危险组织正横行无忌。

作为EXCEEDS的驱除队员开始活动的椎名，在消灭入侵物种的同时，实力也稳步提升。某天休息日，椎名发现一名少女正准备从桥上跳下，便上前施救，然而……

因偶然相遇而成为朋友的希伊娜和托瓦，在各自怀揣着秘密的同时继续着交往。在魔人化药研究设施中长大的托瓦，回望了自己的过去。随后，她再次坚定了必须完成的使命——“歼灭魔人与魔人化药”的决心。

为了根除导致入侵物种繁殖的原因之一——“原种”，奈叶、菲特、诗奈等EXCEEDS前线成员出动前往海外。 与此同时，魔人猎手小队也赶往了现场，双方竟意外地相遇了……

魔人猎手们将宿敌——魔人化药物的制造者篠宫真奈与藏木英司视为目标。 真奈对永远的能力产生了兴趣，委托藏木将其捕获。 在制定捕获永远的计划时，藏木回想起了与曾经瘦弱的「魔人」真奈的相遇。

西娜和托瓦卷入了一场利用寄生型侵略物种在公园和地铁发动的恐怖袭击。两人各自为解决事态而行动起来。然而，这场以地铁为舞台的事件，其实是藏木为确保托瓦而策划的。

作为“联合国的魔人”和“魔人猎人”相遇的茜娜和托瓦。因误会和分歧，托瓦与茜娜决裂。托瓦也离开了魔人猎人的同伴，下定决心独自前往藏木和筱宫那里。

向EXCEEDS求助的希奥里一行魔人猎人。诗奈等人了解了托瓦和魔人猎人们的成长经历与过去。被警方控制的托瓦成功遭遇宿敌筱宫玛娜，并向其发起挑战……。

EXCEEDS以搜查入侵物种为名，突入南极地下筱宫真奈的研究所。茜与魔人猎人一行人搜查了托瓦，但那时托瓦却…………

以南极地下研究所为舞台，筱宫玛娜与夜海托瓦、久濑诗音与筱宫玛娜、原种0号与EXCEEDS一同展开了激烈的战斗。筱宫玛娜与诗音之间存在着意外的因缘。南极的最终决战即将打响。

解除筱宫的束缚后，原种0号试图再次行动。希娜决定，哪怕耗尽剩余不多的时间和全部能力，也要消灭0号。在最后的战斗中，希娜找到的答案是——？